Отдельно надо сказать о попытках ликвидации («реструктуризации») Российской Академии наук — ядра всей национальной научной системы и той матрицы, на которой наша наука создавалась и выращивалась. Они ведутся еще со времен перестройки. В 1992 г., во время первой большой атаки на Академию, д-р филологических наук В. Иванов пишет в «Независимой газете»: «У нас осталась тяжелая и нерешаемая проблема — Академия наук. Вот что мне, депутату от академии, абсолютно не удалось сделать — так это изменить ситуацию, которая здесь сложилась. Академия по-прежнему остается одним из наиболее реакционных заведений». Этот «депутат от Академии» считает себя вправе уничтожать, оправдываясь идеологическим фантомом «реакционности», ядро всей русской науки, которое вовсе не он создавал.
Академик В. Л. Гинзбург сказал в интервью: «Недавно мы все с ужасом смотрели по телевидению, как министр экономического развития Герман Греф излагал свое понимание роли науки, ученых в рыночном „хозяйстве“. Вернее — хроническое, неизлечимое непонимание. И вот в этом непонимании, демонстрируемом людьми, от которых зависит государственная политика, — в нем главная опасность и для академии, и для страны».
Оговорки о «непонимании» не кажутся убедительными. Министры — люди образованные, в советниках у них ученые, несколько аналитических служб давали свои заключения на всех этапах реформы. В этих заключениях было сказано, что принципиальные положения доктрины реформированя науки являются ложными, они
Ведь реформа длится уже 17 лет. Разрушается наука, одна из несущих опор государства и страны. И за все эти годы не состоялось ни одного совещания или слушания с обсуждением причинно-следственных связей между действиями правительства и разрушительными результатами. На фоне приватизации и разрушения промышленности попытка устранения РАН многим кажется мелочью. Вице-президент РАН академик А. Д. Некипелов, выступая в МГУ, сказал, что в 2005 г. РАН получила 19 млрд рублей — меньше, чем в США выделяется одному университету. Вся Российская Академия наук, все ее 450 институтов, получила в год меньше денег, чем Абрамович истратил за два месяца на покупку «Челси» и яхт.
Осенью 2004 г. Министерство образования и науки представило «Концепцию» реформы РАН. К тому моменту в РАН было 454 научных института. Министерство предлагало государству прекратить финансирование большей их части, оставив к 2008 году «100-200 хорошо технически оснащенных, укомплектованных квалифицированными кадрами, достаточно крупных и финансово устойчивых научных организаций».
В октябре 2004 г. В. В. Путин подверг «Концепцию» критике и предложил руководству РАН самому составить план «модернизации фундаментальной науки». В Кремле он заявил ученым: «Ни у кого нет желания разрушить РАН — вопрос так не стоит, вопрос стоит по-другому… Наша задача — сохранить РАН, чтобы она не растворилась в бурном море, в водовороте событий, участниками и свидетелями которых мы являемся… Вопрос в том, как адаптировать ее к реалиям дня».
27 июня 2005 г. состоялась встреча Министра образования и науки А. А. Фурсенко с профсоюзами РАН, и он специально подчеркнул, что «реформирование РАН — это дело, прежде всего, самой Академии наук». А чуть раньше, в мае 2005 г. Администрация президента объявила открытый конкурс проектов реформирования РАН! Наконец, в начале 2006 г. Минфин подал в Госдуму поправки в Бюджетный кодекс РФ, согласно которым РАН лишается права распоряжаться средствами, выделенными ей федеральным бюджетом. Эти средства перейдут в распоряжение Агентства по науке и технологиям, подчиненного Министерству Фурсенко. Как сказал 7 февраля вице-президент РАН А. Некипелов, «это означает, что фактически рассыпается вся структура академии». К тому же, согласно этим поправкам, средства, получаемые РАН из внебюджетных источников (это около 40 % бюджета РАН), должны будут перечисляться в федеральный бюджет. «Это означает, что ни РАН, ни другие академии, ни государственные вузы автоматически не будут участвовать в выполнении заказов», — добавил Некипелов.