К обвинениям присоединилась и немецкая оппозиционная газета «Аугсбургер альгемайне цайтунг», поместившая в номере от 16 июля 1846 г. следующее упоминание о Толстом; «…Вне русского официального посольства, или скорее над ним, стоит некий Толстой. Он не занимает определенной должности, но известен как доверенное лицо двора. Он живет на широкую ногу, встречается со всеми, принимает всех, занимается всем, все знает и очень много устраивает. Кажется, что именно он является действительным русским посланником в Париже. Его заступничество производит чудеса — все поляки, которые просили помилования, обращались к нему. В посольстве все склоняются перед ним, а в Петербурге он пользуется большим влиянием. Переехав с улицы Труафрер в дом, принадлежащий академику Жуй на улицу Монтань, он содержит еще представительскую квартиру на улице Матюрэн, где принимает дипломатов».
В разгар скандала Толстой переехал в Лондон. В Париж он вернулся в 1847 году, когда шум вокруг его имени утих, а Бакунин и Анненков выступили в его поддержку. Анненков даже написал Марксу в октябре 1846 года, что Толстого, которого они оба знали, возможно, перепутали с одним из его многочисленных однофамильцев, и охарактеризовал его «честным, простым и прямым человеком», в чем Маркс усомнился.
В феврале 1848 года, когда во Франции началась революция, о приближении которой Толстой писал с 1844 года, ему пришлось срочно покинуть Париж и перебраться в Брюссель. При обыске в архивах МВД и префектуре Парижа новое революционное правительство обнаружило документы, косвенно свидетельствующие о контактах французской полиции с III отделением, которые шли через Толстого. Одновременно бывший посланник России в Турине и Штутгарте Обресков, воодушевленный развернувшейся в Европе революцией, опубликовал во французской прессе «анекдот» о Якове Толстом, разгласив доверенные ему по службе сведения о подлинной роли Толстого при посольстве.
Однако, когда схлынула первая волна революционной активности, оказалось, что в министерства и парламент Франции пришли многие прежние друзья и помощники Толстого, прежде всего из просветительских и газетных кругов. Поэтому в марте 1848 года Толстой вернулся в Париж и снова развил активную деятельность. Он почти ежедневно направлял в Россию информацию — краткие шифрованные послания с посольской почтой через посла Киселева и пространные отчеты через Брюссель, где он успел наладить, запасной канал связи, поскольку его собственная корреспонденция из Парижа перлюстрировалась.
С марта по декабрь 1848 года Толстой вел постоянное визуальное наблюдение за событиями на улицах Парижа — рабочими демонстрациями, выступлениями польских и немецких эмигрантов, парадами войск, предвыборными митингами, о которых слал подробные сообщения. Кроме этого, он активно задействовал агентуру. Например, в письме к своему куратору Сагтынскому от 20 февраля 1848 г. он упомянул некоего Анри Мюриса, сына портье в доме Толстого, которого он принял на службу переписчиком, а затем пристроил курьером в две крупные редакции. За 100 франков (25 рублей по тогдашнему курсу) в месяц тот не только осведомлял Толстого о наиболее интересных событиях, но и передавал ему черновики из бумажных корзин, по которым Толстой получал некоторые дополнительные сведения о политической обстановке.
Уже в марте 1848 года Толстой отправил в Россию подробный список членов нового республиканского правительства, приложив пространные описания их личных качеств и политических амбиций. Такие же материалы он выслал по расстановке политических сил в парламенте. В сентябре 1848 года, когда Россия планировала военные действия в Венгрии по подавлению разгоравшейся там революции, Толстой через своих агентов в Военном министерстве сумел достать и переслать в Россию полный обзор по французской армии, включавший ее численный состав и размещение — до батальона включительно, а также вооружение, материальную часть, политические настроения и бюджетные затраты на ее финансирование. Полученная от него информация помогла военному министру графу Чернышеву четко спланировать предстоящие военно-политические акции в Венгрии.
В декабре 1848 года во Франции состоялись президентские выборы, на которых победил внучатый племянник Наполеона Луи-Наполеон Бонапарт. Еще за два месяца до выборов Толстой, оперируя имеющейся у него парламентской информацией, спрогнозировал победу Наполеона, выслав в Петербург подробное описание его политической программы и предвыборной стратегии.
Победа Луи-Наполеона, завершившая период французской революции, заставила Толстого вернуться к рутинным обязанностям. Поскольку состоявшиеся разоблачения затруднили его работу в среде эмигрантов из России, он сосредоточил внимание на добывании политической информации, сочетая это с деятельностью публициста. В 1849 году он издал вторую часть биографии Паскевича, предварив ее рассуждением о вреде революций вообще. Критикуя события 1848 года в Европе, он прославлял русскую армию, «разрубившую драму венгерского восстания тупой стороной меча».