Учитывая стратегическое значение прибалтийского направления для безопасности СССР, советское правительство осенью 1939 года предложило правительствам Эстонии, Латвии и Литвы заключить договоры о взаимопомощи. В результате последовавших переговоров такие договоры были заключены. Согласно их условиям, Советский Союз получил право содержать на территории Эстонии, Латвии и Литвы некоторое количество войск и создавать в определенных пунктах военно-морские базы и аэродромы. Советско-литовский договор предусматривал, кроме того, совместную защиту литовской границы.
Вместе с тем сохранилось много свидетельств того, что правительства Латвии, Эстонии и Литвы стали нарушать свои обязательства по договорам с Советским Союзом, затягивая переговоры о сроках ввода советских войск на территорию Прибалтийских стран, создавали препятствия для их размещения там, не пресекали провокации местных фашистов против советских граждан и учреждений.
Зимой 1939/40 года враждебная Советскому Союзу деятельность фашистских сил в Прибалтийских странах усилилась в связи с тем, что Англия и Франция, несмотря на войну с Германией, решили вмешаться на стороне Финляндии в советско-финский военный конфликт и в этих целях направить англо-французский экспедиционный корпус в Финляндию. Полагая, что дело идет к общей войне всего капиталистического мира против СССР, правительства Прибалтийских государств активно готовились принять в ней участие. Одновременно с военной подготовкой шла обработка общественного мнения. Активизировала свою деятельность Балтийская Антанта. Она была превращена в антисоветский военный союз Литвы, Латвии и Эстонии. К латвийско-эстонскому военному союзу, заключенному еще в 1923 году, теперь присоединилась и Литва. О военном сотрудничестве Прибалтийских государств, направленном против СССР, свидетельствовали и другие факты, в частности установление более тесных связей между штабами их армий.
Особенно обострилось положение в Прибалтике к лету 1940 года. Опьяненные быстрыми победами на Западе, гитлеровцы снова стали обращать свои взоры на Прибалтийские страны. Как стало известно нашей разведке, латвийский посланник в Берлине Криевинь в своих донесениях от 27 и 29 мая 1940 г. сообщал, что в Германии получили распространение карты «новой Европы», на которых государства Балтии включены в состав гитлеровского Рейха.
Внешняя разведка располагала также данными о том, что германские разведывательные органы интенсивно забрасывали в Литву, Латвию и Эстонию свою агентуру со шпионскими и диверсионными заданиями, а также направляли эмиссаров с целью создания повстанческих и диверсионных организаций из местных националистов.
Немцы серьезно готовились к захвату Прибалтики и войне с Советским Союзом. Основными кадрами создававшихся германской разведкой антисоветских формирований были члены националистических партий и организаций: «Шаулю саюнга» и «Яунои Лиетува» в Литве; «Крестьянская партия», «Айзсарги» и «Перкокруст» в Латвии; «Изамаалиит», «Кайтселиит» и «Вабс» в Эстонии.
В таких условиях правящие круги Литвы во главе со Сметоной, Латвии во главе с Ульманисом и Эстонии во главе с Пятсом все более открыто становились на путь сотрудничества с гитлеровцами. При этом допускались грубые нарушения договоров о взаимопомощи с СССР. Литовское правительство пошло на оказание содействия спецслужбам гитлеровской Германии в переброске агентуры на нашу территорию. Как явствует из сообщения НКИД СССР от 30 мая 1940 г., бесцеремонная антисоветская деятельность прибалтийских властей дошла до организации похищения советских военнослужащих, которые подвергались истязаниям, а некоторые были убиты. Проводились провокационные военные учения вблизи военных объектов и мест расквартирования войск Красной Армии.
Угроза германской агрессии в Прибалтике была реальной. Примеры Австрии и Чехословакии подтверждали это. Ведь там тоже все начиналось с активизации деятельности местных фашистов. Советское правительство поставило перед правительствами Литвы, Латвии и Эстонии вопрос об удалении из их состава лиц, открыто сотрудничающих с фашистской Германией, и о сформировании правительств, которые были бы готовы обеспечить честное проведение в жизнь договоров о взаимопомощи, подписанных этими странами с Советским Союзом.
Перед лицом надвигающейся угрозы немецкой агрессии в соответствии с договорами о взаимопомощи части Красной Армии вошли на территории Прибалтийских стран. Вступление советских войск изменило соотношение политических сил в Прибалтийских странах и привело к восстановлению в них советской власти и воссоединению с СССР. Это был болезненный процесс. Он проходил не без давления со стороны СССР и сопровождался острой политической борьбой, необоснованными массовыми репрессиями и высылками части населения этих стран в отдаленные и малонаселенные районы Советского Союза.