В конце 1940-го и в начале 1941 года Парпаров с легальных позиций выполнял задание Центра в Прибалтике. Война застала его в Литве. Вместе с ним находилась и его семья. Эвакуироваться пришлось под непрерывными бомбежками и под огнем немецких танков. С большим трудом добрались до Москвы. Пройдя военные сборы, он получил новое задание. Ваш фронт, сказали ему руководители разведки, находится за линией фронта. Ему предстояло отправиться в Швейцарию и с территории этой страны организовать работу по сбору информации в Германии.
В Европу было решено следовать через восточные государства, в частности через Иран. Предполагалось использовать для этого приобретенный им в свое время паспорт одной из латиноамериканских стран. Разведчик должен был продлить документ, так как срок его уже истек. Однако в посольстве отказались продлить документ. Использовать другие возможности для выезда в Швейцарию тоже не удалось. Запасные варианты разработаны не были.
В апреле 1943 года Парпаров был отозван в Москву и направлен на работу в 4-е управление НКГБ СССР, которое занималось ведением разведки и организацией диверсионной работы на территории, занятой противником.
В 1944 году Федор Карпович как крупный специалист по Германии был переведен в Главное управление по делам военнопленных и интернированных. Особое место отводилось работе с бывшим командующим 6-й немецкой армии фельдмаршалом Паулюсом.
Фельдмаршал принадлежал к элите германского генералитета, участвовал в разработке плана «Барбаросса», был знаком с военнотеоретическими концепциями и практическими замыслами высшего немецкого командования. Парпаров сумел установить нормальные отношения с фельдмаршалом, обсуждал с ним различные военные вопросы, что учитывалось при выработке прогнозов развития событий на различных участках советско-германского фронта.
Важное значение работе с Паулюсом придавалось после окончания войны, во время подготовки к Нюрнбергскому процессу, на котором Паулюс должен был выступить свидетелем обвинения. К этому времени он вступил в Антифашистский союз немецких офицеров, а затем в Национальный комитет свободной Германии.
Готовясь к процессу, фельдмаршал много работал над материалами, касавшимися разработки планов развязывания войны в Европе, захватов Франции, Бельгии, Голландии, Дании и др., разработки и осуществления плана «Барбаросса».
Федор Карпович помогал в подборе интересовавших Паулюса материалов. Это позволило последнему успешно выступить на Нюрнбергском процессе.
В знак благодарности за эту помощь и содействие в ознакомлении с жизнью народов Советского Союза, его культурой и историей он подарил Федору Карповичу две написанные им самим картины. Мало кто знает, что Паулюс был не только крупным военным деятелем, но и неплохим художником. Одна из этих картин, переданная сыном Федора Карповича, находится сейчас в музее Русской армии.
В связи с репатриацией немецких военнопленных из СССР 24 октября 1953 г. фельдмаршал Паулюс выступил с заявлением в адрес советского правительства, где были такие слова: «Прежде чем я покину Советский Союз, я хотел бы сказать советским людям, что некогда я пришел в их страну в слепом послушании как враг, теперь же я покидаю эту страну как ее друг».
Читая в семейном кругу в газете заявление Паулюса, Федор Карпович заметил, что рад перемене, которая произошла с фельдмаршалом, и доволен, что в это дело он внес посильную лепту.
После войны Парпаров участвовал в составе рабочих групп в подготовке Потсдамской конференции, Нюрнбергского процесса и мероприятиях, связанных с организацией деятельности оккупационных властей.
Здесь он встретился с сыном, которого не видел с 1941 года. Война разбросала их по разным фронтам. Лев Федорович воевал под Сталинградом, был ранен, а к концу войны оказался в Берлине. Здесь во время Потсдамской конференции и произошла их встреча.
Долго отец с сыном ходили по улицам Берлина, по знакомым местам, вспоминали тревожные довоенные дни. Ведь вместе с родителями Лев находился в Германии и выехал в Москву в 1938 году, когда ему уже шел четырнадцатый год. Хотя он и не знал, что его отец является советским разведчиком, но догадывался, что тот занят какой-то опасной антифашистской работой.
Вспоминая о своей встрече с отцом в Берлине, он говорил: «Представляете, какая радость светилась в глазах у отца. Пройти через такой ад и остаться живыми — это невероятно. И где встретиться — в Берлине, в фашистском логове, где схватка с фашистами у отца началась еще в начале 30-х годов».
Федор Карпович был не только талантливым разведчиком, но и хорошим другом, с большой нежностью относился к жене Раисе Иосифовне. Он не был поэтом, но часто писал ей стихи о любви. В семейном архиве они не сохранились, но судить о них можно по последнему стихотворению, написанному им за несколько дней до кончины.