Отзыв в Союз закончился для Ахмерова относительно благополучно. Правда, его вызывал Берия и пытался обвинить в предательстве. Однако отрицательных последствий за этим на сей раз не последовало. Исхака Абдуловича направили на работу в центральный аппарат разведки. Но работать пришлось недолго. Началась Великая Отечественная война. Принимались срочные меры к активизации работы всех имевшихся тогда разведывательных звеньев и созданию новых нелегальных резидентур за границей.
Руководство внешней разведки приняло решение вновь направить Исхака Абдуловича на нелегальную работу в Соединенные Штаты Америки. Ему поставили задачу организовать работу по добыванию сведений, касающихся Германии и ее союзников, вскрытию истинных целей политических и военных союзников СССР, и прежде всего США и Англии. Разведчику предлагалось осесть в одном из городов недалеко от Вашингтона, чтобы можно было регулярно встречаться с наиболее важными источниками, большинство из которых работало в столице.
На этот раз Исхак Абдулович отправлялся в США вместе с женой Еленой, американкой по происхождению, которая приняла в 1939 году советское гражданство и стала сотрудницей внешней разведки.
Елена приехала в Нью-Йорк в 1935 году из другого американского города и работала секретарем в одной из промышленных фирм. Придерживалась левых взглядов, принимала участие в деятельности прогрессивных организаций. В 1936 году ее привлекли к работе резидентуры в качестве связника, в дальнейшем она выполняла и другие разведывательные обязанности и показала себя смелой и дисциплинированной работницей. В 1939 году, по предложению резидента, ее зачислили техническим секретарем резидентуры. Она стала активной помощницей Исхака Абдуловича. В дальнейшем они стали мужем и женой. Вместе с мужем она прибыла в 1939 году в Союз.
Теперь им предстояло возвратиться в Соединенные Штаты для продолжения работы. В сентябре 1941 года их перебросили в Китай, а затем в Гонконг. Отсюда на пароходе прибыли в США. Для осуществления этой поездки им подготовили соответствующие документы. В Соединенных Штатах Америки они перешли на свои надежные старые паспорта.
Имея опыт нелегальной работы в Соединенных Штатах Америки и хорошо зная оперативную обстановку в стране, Ахмеров сразу же по прибытии к месту назначения приступил к выполнению задания.
В качестве прикрытия разведчик-нелегал с согласия Центра использовал небольшую коммерческую фирму, владелец которой еще в первой командировке оказывал ему помощь. Человек он был надежный, и поэтому решили провести некоторую реорганизацию этого предприятия, расширить и поставить его деятельность на более солидную основу.
Ахмеров стал компаньоном фирмы и на первом этапе много времени уделял организации ее работы. Это позволило вывести фирму в число благополучных и серьезно закрепить положение разведчика, поскольку в окружении он выглядел вполне преуспевающим бизнесменом.
Каждый день к 10 часам он приходил в контору и садился за финансовые и различные хозяйственные дела. После 14 часов, а иногда и позже, возвращался домой, внимательно читал прессу и литературу по международным вопросам, готовился к предстоящим встречам с источниками. Два-три раза в месяц из Нью-Йорка он выезжал в Вашингтон, где приходилось задерживаться большей частью на субботу и воскресенье. Несколько раз в месяц ездила в Вашингтон Елена, она выполняла в основном задания по связи. Через некоторое время она поступила в университет, где начала изучать педагогику.
Условия для работы в США в этот период серьезно осложнились. Шла война. Контрразведывательные органы и полиция усилили наблюдение за носителями секретов и людьми, которые вызывали хотя бы малейшее подозрение.
Центр писал Ахмерову: «Мы прекрасно понимаем, что условия для работы в стране стали более сложными, чем они были в мирное время, особенно для нелегалов. Совершенно естественно, что спецслужбами принимаются меры предосторожности. Поэтому надо перестроить работу применительно к новым, более сложным условиям в стране».
Дело осложнялось еще и тем, что появилась опасность призыва Исхака Абдуловича в армию, так как по возрасту и как гражданин США он подпадал под мобилизацию.
В начале 1942 года разведчик прошел военную регистрацию. Ему пришлось заполнить анкеты на 13 листах с детальным описанием своего прошлого и настоящего. После того как члены комиссии подробно опросили Ахмерова, его привели к присяге. Затем председатель комиссии заявил, что, как человеку женатому, ему, возможно, предоставят некоторую отсрочку от призыва, но при необходимости он будет вызван в призывную комиссию.
С учетом такой перспективы разведчик по указанию Центра начал готовить источников для передачи на связь Елене, одновременно изыскивая возможности для освобождения от призыва.