24 декабря 1940 года возвратившийся в Лондон уже в качестве резидента советской разведки А.В. Горский восстановил связь с Кимом Филби, который подробно рассказал о происшедших изменениях в его жизни, характере работы в школе и появившихся у него знакомых из числа кадровых сотрудников СИС, МИ-5 и УСО. Подытоживая свой рассказ, Ким высказал мнение, что его разведывательные возможности весьма ограничены и вообще у него складывается впечатление, что он попал в организацию, весьма далекую от разведки. Резидент внимательно выслушал Кима и не мог не согласиться с ним, что его работа в школе не представляет большого интереса для нас. Вместе с тем, чтобы поднять настроение Кима, отметил его усилия по заведению новых связей среди сотрудников спецслужб, которые в перспективе смогут сыграть положительную роль в его карьере. Резидент обратил особое внимание Кима на необходимость закрепления и углубления складывающихся у него дружеских отношений с Томми Харрисом. Расставаясь, Горский попросил Кима к следующей встрече подготовить подробную информацию об организации диверсионной работы англичан на континенте, структуре и руководящих работниках Управления специальных операций, личном составе «Станции 17» и осторожно собирать данные на агентов, забрасываемых англичанами на территорию противника.
Учитывая, что продолжительность встречи не позволила им подробно обсудить складывающуюся военно-политическую обстановку, резидент попросил Кима, зная его аналитические способности, подготовить информацию по этому вопросу со своими оценками. Центр согласился с предложением резидента о том, что Киму следует подыскивать более интересную в разведывательном плане работу, но подойти к этому взвешенно и проявлять осторожность, чтобы не остаться в конечном счете вообще не у дел. На следующей встрече Ким передал подготовленную информацию и продолжил обсуждение вопроса о его будущей работе. Горский сообщил Киму мнение Центра по этому вопросу, и они решили использовать возможности Харриса, который к этому времени основательно закрепился в МИ-5. Предпринятые Кимом через Харриса практические шаги к переходу на работу в СИС не пропали даром. К1941 году обострились противоречия между СИС и МИ-5 по вопросу объема задач и компетенции контрразведывательного отдела СИС, который отвечал за всю контрразведывательную работу за границей. Чтобы умерить аппетиты и притязания МИ-5 на свое участие в этом деле, СИС решила расширить аппарат контрразведывательного отдела и, в частности, увеличить штат испанского сектора. Томми Харрис, работавший в испанском отделении МИ-5 в июне 1941 года, предложил кандидатуру Филби как специалиста по Испании, имевшего опыт работы в этой стране, на должность руководителя испанского сектора в СИС. При этом Харрис упомянул, что отец Кима является другом Валентина Вивиана, заместителя директора СИС по внешней контрразведке. Узнав от начальника 5-го контрразведывательного отдела Феликса Каугилла, что им рекомендуют на работу Кима Филби, Вивиан пожелал лично встретиться с ним. Во время беседы Ким произвел на него хорошее впечатление и в дальнейшем Вивиан внимательно следил за его работой и способствовал его служебному росту. В июле 1941 года Каугилл предложил Филби занять эту должность. С согласия Центра Ким предложение принял и возглавил сектор, который вел контрразведывательную работу в Испании, Португалии и частично во французских североафриканских владениях в плане пресечения проникновения иностранных разведок с территории этих стран в Англию.
На очередной встрече с Горским Филби сообщил, что оформлению на работу в СИС предшествует проверка кандидата по учетам СИС и МИ-5. Филби было известно, что в контрразведке на него имеются незначительные материалы о том, что в 1930 году он состоял членом социалистического общества Кембриджского университета, являлся подписчиком «Рабочего ежемесячника», его жена антифашистски настроена и что его отец придерживался крайних взглядов. Поскольку Филби был принят на работу, видимо, этим материалам в то время не придали значения, ограничившись рутинной и чисто формальной проверкой по учетам.
Ким активно включился в работу по борьбе с немецкой агентурой на Пиренейском полуострове и получил доступ к важной для советской разведки информации, в том числе к дешифрованным англичанами телеграммам немецкого абвера. Именно тогда Киму удалось добыть первую информацию о взаимном стремлении к установлению контактов между английской разведкой и начальником абвера адмиралом Канарисом и привлечь к этому вопросу внимание Центра. Позднее, в 1944 году, от Кима поступит информация о сепаратных переговорах американцев и англичан с немцами.