Прошло в мире не более года. B июле 1567 г. царь начал производить страшные пытки и казни по поводу перехваченных писем польского короля к некоторым из бояр. Гонимые искали заступничества у митрополита, и он решил обратиться к царю с пастырским увещанием. Тайная беседа его с царем не усмирила последнего, а только убедила, что митрополит сторонник бояр. Гнев царя на митрополита получил огласку. Как и всегда нашлись оппортунисты, готовые выслужиться пред сильнейшей стороной за счет своего ближнего. Новгородский архиепископ Пимен, Пафнутий Смоленский, Филофей рязанский и царский духовник, сингелл Благовещенский Евстрафий, занялись наушничеством на митрополита. Митр. Филипп, поняв, что потерял доверие царя, решил нарушить свой обет молчания в виду непрестанных казней жертв царской подозрительности. В марте 1568 г. митрополит обратился к Ивану Васильевичу в Успенском соборе с открытым обличением в несправедливых жестокостях. «Филипп»!, — пригрозил митрополиту царь, — «не прекословь державе нашей, да не постигнет тебя мой гнев». Но Филипп уже твердо встал на дорогу героя и в один из ближайших воскресных дней в том же Успенском соборе снова разразился обличениями против царя, выведшего его из терпения. Царь Иван и придворный штат опричников были одеты в свою раздражающе маскарадную форму: черные кафтаны и высокие шлыки. Царь подошел к митрополичьему месту и ждал благословения. Митр. Филипп, как бы не замечая его, пристально смотрел на образ Спасителя. Придворные обратили внимание святителя на смиренную фигуру царя: «Владыко, Государь пред тобою, благослови его». Тогда, взглянув на Ивана Васильевича, Филипп с пастырским дерзновением и гневным пафосом произнес: «В сем виде, в сем одеянии странном не узнаю царя православного! Не узнаю его и в делах государственных. Кому поревновал ты, приняв сей образ и изменив свое благолепие? Государь, убойся суда Божия: на других ты закон налагаешь, а сам нарушаешь его. У татар и язычников есть правда: на одной Руси нет ее. Во всем мире можно встречать милосердие, а на Руси нет сострадания даже к невинным и к правым. Мы здесь приносим бескровную жертву за спасение мира, а за алтарем без вины проливается кровь христианская. Ты сам просишь у Бога прощения в грехах своих, прощай же и других, погрешающих пред тобою…» «Филипп, — воскликнул царь, — ужели ты думаешь изменить нашу волю? Лучше бы тебе быть единомысленным с нами». «Тогда суетна была бы моя вера», возразил митрополит; «я не о тех скорблю, которые невинно предаются смерти, как мученики; я о тебе скорблю, пекусь о твоем же спасении». С каждым словом гнева и правды. св. Филипп все более и более рисковал своим положением и даже жизнью, но вместе с тем все более и более выигрывал в своем нравственном авторитете пред лицом предстоявшего народа. Царские угодники постарались было сокрушить эту духовную броню, окружавшую личность митрополита. Врагами митрополита оказались, по евангельскому выражению, «домашние его». Вышепоименованные недруги святителя из иерархии подготовили для него эффектную сцену позора. Тут же в соборе, выдвинули заранее подученного благообразного отрока, чтеца домовой митрополичьей церкви, с гнусной клеветой на митрополита. «Царя укоряет, а сам творит такие неистовства», язвительно заметил Пимен Новгородский. Зная, чего добивается этот честолюбивый плебей (из постриженников Белозерских), митрополит отвечал Пимену: «Ты домогаешься восхитить чужой престол, но скоро лишишься и своего», а отрока, который вслед затем признался, что говорил все по принуждению и из страха, простил и благословил. Все же после этого падение Филиппа было только вопросом времени. Допросы и пытки митрополичьих бояр не дали царю достаточных оснований для его свержения. Пришлось ждать нового повода.
28-го июля, во время крестного хода в Новодевичьем монастыре, св. Филипп заметил пред чтением Евангелия одного опричника стоящим в тафье и выговорил за него государю. Царь оглянулся, но виновного не нашел, так как тот успел снять свою шапку. Услужливые языки тотчас же подсказали государю, что митрополит говорит неправду, издеваясь над его царской державой. Как это было ни нелепо, но и большие люди под влиянием аффекта способны делать глупости. Царь, взбешенный самим фактом выговора, потерял по обычаю всякое равновесие и начал всенародно бранить святителя, называя его лжецом, мятежником, злодеем. После этого Грозному во что бы то ни стало нужно было подыскать какие-нибудь канонические основания для свержения Филиппа. Не находя их в Москве, отправили следственную комиссию в Соловки. Там всякими мерами — подкупом, обещаниями почестей и т. п. — посланные достигли своей цели: сумели завербовать в клеветники несколько мелких душ, в том числе самого игумена Паисия, и с ними возвратились в Москву.