Главные и подробные обвинения на этом судбище были сосредоточены на личности Артемия. Сам Артемий все обвинения против него считал по существу ложными и себя не признавал виновным ни в чем, кроме тех фактических случаев, где он дал повод своим клеветникам по недоразумению обвинять его. Как открытый нестяжатель, Артемий никогда не держал язык за зубами и дал обширный материал своим обвинителям-»стяжателям». Обвинителем Артемия выступил и Башкин, который в период своего увлечения протестантизмом, вероятно, услаждался свободными суждениями Артемия. Из Троицкой братии против Артемия выступили и бывший игумен Иона, и келарь Адриан Ангилов, и монах Игнатий Курачев. Достали свидетелей и из Белозерья: Кирилловского игумена Симеона и бывшего игумена Ферапонтова монастыря, Нектария. В то время как Башкин обвинял Артемия в отрицании преданий свв. отец и иконного поклонения и в необязательности всего, чего нет в Евангелии и Апостоле, сам Артемий снисходительно смотрел на заблуждения Башкина, называя их «не ересями, а простыми его глупостями, говорил, будто ныне еретиков нет и что не следует предавать еретиков казни». Симеон слышал от Артемия: «не ведают того, что ересь. Сожгли Курицына да Рукавого и нынеча того не ведают, про что их сожгли». Артемий пояснял: «Не про других говорил, а про себя, что не знаю: за что сожгли?» Нектарий свидетельствовал: «Да Артемий же новгородских еретиков не проклинает и латин хвалит и поста не хранит». — Артемий: «не отвергал поста, а когда случалось быть в миру, нарушал». Иона показывал, что Артемий хулу говорил о крестном знамении: «нет-де в том ничего прежде-де сего на челе своем знамение клали, а нынеча своим произволением большие на себе кресты кладут, да и на соборе-де о том крестном знамении слово было, да не доспели ничего». Арсений пояснял, что говорил Ионе не про крестное знамение по существу, а про нынешний собор, разумея Стоглавый Собор, действительно беспомощный в его богословско-историческом невежестве. Келарь Адриан слышал от Артемия: «петь обедни и панихиды по покойникам бесполезно, этим они от муки не уйдут». Артемий разъяснял: «я говорил про тех, кои жили растленным житием и люди грабили, а после смерти начнут по них петь панихиды, и что Бог приношений о таких не приемлет, тем не избыть им муки». Монах Игнатий писал об Артемии, что он смеялся над любителями акафистов, «что-де только и знают выкрикивать: таки Иисусе, таки Иисусе; радуйся да радуйся». Артемий отвечал: «да, говорил про тех, кои поют каноны и акафисты, а об исполнении заповедей Божиих не заботятся».
В числе других обвинений Нектарий доносил, что Артемий ездил из Псковско Печерского монастыря в немецкий Новый Городок (это Нейхаузен, всего в 17 верстах от монастыря). И там веру немецкую восхвалял. Разьяснения Артемия записаны невразумительно: «на уме у него было, что было ему говорити: как хрестьянский закон с римским законом? По тому ли, как у нас?» Значит, заинтересовавшись новоявленной у немцев протестантской верой, а именно ее противолатинизмом, Артемий, естественно, заинтересовался вопросом: не единомышленники ли и не друзья ли мы в чем-то по вере с протестантами? Протестантизм в это время шумно процветал в Литве и захватывал русских.
Бесспорно, Артемий (это типично для нестяжателей) был захвачен критикой русской церковной действительности и был модернистом на фоне официального обрядоверия. Но никаким духом еретического противления он не был одержим, что и доказал всей своей последующей светлой деятельностью. Это он сам хорошо осознал и точно формулировал. Осужденный церковным судом и сосланный в Соловки, Артемий оттуда бежал в свободную в ту пору Литву. Отрезвленный печальным опытом, он круто перестроился на полемику со всеми крайностями и еретическим духом развернувшегося там Феодосия Косого. B личном письме к ученику Феодосия, Фоме, Артемий писал: «неправедным наукам приложился еси, их же иногда и мы сами, не ощутивше сущая в них прелести антихристова духа, не дерзнухом хулити, но в некиих речах не разнствовахом. Для того попустил нам Бог пострадати таковая ко обращению лучшему и своему познанию».
В Литве Артемий встретил другого знаменитого беглеца из Москвы, князя Андрея Курбского. Оба нашли здесь исход для их русской и православной энергии в служении своему родному народу и родному православию, в новой обстановке. Оказалось, что уровень их общей и богословской культуры значительно выше весьма элементарного уровня православного сознания русских масс в Литве, и оба они душа в душу начали работать на поприще церковного просвещения. Курбский в своих дружеских отзывах об Артемии, узнав его только теперь, уже внутренне созревшего и преображенного, утверждает его полную невиновность и объясняет гонение на Артемия клеветой и одной злобой стяжателей. Как мы видели, Артемий сам судит о своем прошлом более точно и беспристрастно.