Происшедший при освящении инцидент, разыгравшийся в целое дело, не лишен характерности в истории русской митрополии. Московский великий князь, все возраставший в собственном самосознании, особенно под влиянием идей о переходе к нему власти византийских кесарей, что и фактически до некоторой степени произошло через брак его в 1472 г. с племянницей последнего из императоров, Зоей Палеолог — все чаще и смелее начинал вмешиваться в церковные дела. А митрополит, поставляемый князем, начинал понемногу терять свою прежнюю силу и независимость, какую в оно время сообщала ему связь с КПльским патриархом… После торжества освящения нового собора, недоброжелатели митрополита Геронтия — ростовский архиепископ Вассиан и чудовский архимандрит Геннадий, внушили князю, будто бы митрополит нарушил церковное предание, совершил крестный ход вокруг храма «не по солнечному всходу». Убежденный наушниками, князь заспорил с митрополитом. Спор, затихший в 1480 г. по случаю нашествия на Москву золотоордынского хана Ахмата, в 1481 г. снова возобновился. Князь прямо нападал на митрополита. Тогда последний удалился в Симонов монастырь и объявил, что оставит свой сан, если князь «не побьет ему челом» и не дозволит ему невозбранно продолжать совершать церковные хождения против солнца. За князя стояли только два вышеуказанных единомышленника, а на стороне митрополита Геронтия — большинство духовенства. B виду такого положения, великий князь нашел себя вынужденным, наконец, смириться перед митрополитом. Он отправил к последнему своего сына с приглашением — вернуться на покинутый святительский престол. Митрополит нашел этот шаг недостаточным для извинения великого князя и не принял высокого посла. Князь уступил до конца. Он отправился к митрополиту сам, извинился во всем и обещал в будущем полнейшее сыновнее послушание митрополиту. Митрополит Геронтий после этого вернулся на свой стол. В этом столкновении бросается в глаза, как смелое желание московского князя — быть хозяином даже в чисто духовных делах своей церкви, так, с другой стороны, и превосходящее в этом отношении значение авторитета митрополитов, еще не покоренного окончательно под власть своего государя.
Правда, в другом столкновении Геронтия с Иваном III Васильевичем еще в 1478 г. сторона, на которой стоял великий князь, осталась победителем. Дело было так. Личный враг Геронтия, ростовский архиепископ Вассиан, задумал подчинить своему полному ведению находившийся в его епархии Кириллов Белозерский монастырь, который исстари относился по делам административным, судебным, хозяйственным и вообще ктиторским к местному удельному князю верейско-белозерскому, каковым тогда был Михаил Андреевич. Митр. Геронтий, после судебного разбирательства возникшего недоразумения, выдал белозерскому князю «правую грамоту» на традиционное заведывание монастырем. Грамота эта открыта проф. Η. К. Никольским и в первый раз дает возможность представить данное дело в надлежащем освещении, которого не находим в тенденциозной записи летописцев. Архиеп. Вассиан написал к митрополиту протестующую челобитную против его решения. Митрополит стоял на своем. Вассиан апеллировал к великому князю. Личная просьба вел. князя не была уважена митрополитом. Тогда князь принял более энергичные меры. Приказал своим уполномоченным отобрать «правую грамоту» у Михаила Андреевича, а в Москве собрал епископов и архимандритов для пересмотра митрополичьего решения. Собор высказался против митрополита. Князь изодрал митрополичью грамоту и вместе с собором указал находиться Кириллову монастырю во власти ростовского архиепископа.