Однако нам известен из времени правления митр. Симона еще один частный факт, который показывает, что великий князь — уже преемник Ивана III, Василий III (1505-1533 г.) — пользовался своим царским авторитетом в делах церкви достаточно широко. Разумеем историю столкновения знаменитого Волоколамского игумена Иосифа Санина со своим епархиальным владыкой, новгородским архиепископом Серапионом. Удельный Волоколамский князь Феодор Борисович начал бесцеремонно, под всякими предлогами, эксплуатировать и грабить достояние основанного и благоустроенного Иосифом монастыря, чем наконец вывел строгого и честного игумена из терпения; Иосиф решился перейти со своим монастырем под гражданский патронат великого князя. Приняв такое намерение, Иосиф отправил одного из своих старцев к своему владыке Серапиону за благословением на задуманное предприятие. На несчастье, в новгородской области тогда свирепствовало моровое поветрие. По дорогам расставлены были кордоны с строгим приказом никого не пропускать к Новгороду, и посол Иосифа должен был возвратиться обратно, дойдя только до Торжка. После этого Иосиф обратился с ходатайством к митр. Симону, чтобы он склонил великого князя принять его под свое покровительство, а разрешение на то у своего архиепископа обещался выхлопотать тотчас же по прекращении в Новгороде болезни. Великий князь Василий Иванович, ревнивый поборник прерогатив своей власти, был очень расположен к ее защитнику и панегиристу — игумену Иосифу и немедленно согласился взять его монастырь под свое ведение. Дело было оформлено приговором митрополичьего собора и боярской думы (1507 г.). При этом великий князь сам обещался исхлопотать Иосифу благословение епархиального архиепископа. Полагаясь на слово государя, Иосиф замедлил с извинением пред Серапионом, а между тем Волоцкий князь в компании с врагами Иосифа успел подкупить новгородских архиерейских чиновников и крайне вооружили против него Серапиона. По прекращении моровой язвы в новгородской области, Иосиф все-таки поспешил было отправить к Серапиону инока для объяснений. Но разгневанный архиепископ не хотел даже и разговаривать с последним. А великий князь не исполнил данного Иосифу обещания; отговариваясь забывчивостью, он, конечно, в действительности просто не хотел никому давать отчета в принятом им на себя патронате над Волоколамским монастырем. Такое принятие монастырей под свое покровительство он причислял к своим земским делам. Следствием всего этого было то, что Серапион наложил на Иосифа и его монастырь церковное отлучение. Иосиф апеллировал на суд Серапиона к митрополиту и великому князю. Самолюбивый Василий Иванович почувствовал, что архиепископским отлучением задевается его самодержавная воля. Немедля приказал он собраться собору, на который вызван был Серапион. Еще до прибытия последнего, т. е. до выслушания его объяснений, вопреки правилам, вероятно, по настояниям князя, собор разрешил наложенную на Иосифа клятву. Явившийся на собор Серапион высказывал одно оправдание себе, что он волен в своем чернеце; волен вязать его и разрешать; великому князю также отвечал дерзновенно и неуважительно. Собор наложил на него самое строгое наказание, лишив его архиерейства и передав самого отлучению (со ссылкой на 134 пр. Карфаг. собора) за неправильно учиненное отлучение Иосифа. Общественное мнение на Москве было решительным образом настроено против такой жестокой кары, постигшей Серапиона, и, обходя главного ее виновника — великого князя, обрушилось на Иосифа, который будто бы силой своей казуистической диалектики умел так направить дело. Иосифу приходилось оправдываться в особых посланиях даже пред своими друзьями, причем он откровенно ссылался, как на последнее оправдание, только на авторитет московского государя: «Яз бил челом тому государю, который не точию князю Феодору Борисовичу да архиепископу Серапиону, да всем нам общий государь, — ино всея русския земли государем государь, которого Господь Бог устроил в свое место и посадил на царский престол, и суд и милость предасть ему, и церковное и монастырское и всего православного христианства всея русския земли власть и попечение вручил ему, И чтобы яз иному государю бил челом, ино бы то яз не гораздо учинил. И яз того ради такого государя нашел, которого суд не посужается».
Живейший вопрос для Московского богословия.