Так называемые царские вопросы были, следовательно, результатом работ подготовительной к собору комиссии, в которой главным участником являлся без сомнения митр. Макарий. Но внутренний характер очень многих «вопросов» ясно свидетельствует, что программа собора вырабатывалась не вполне в духе митрополита, т. е. при участии лиц другого направления. Митрополит своим благовременно выраженным протестом против посягательств царя на церковное недвижимое имущество отнял у него надежду достичь этого через собор и при выработке программы собора, конечно, всячески отклонял внимание царя от вопроса о церковно-монастырском землевладении. Несмотря на это, нежелательная для Макария тенденция проявилась очень настойчиво во многих пунктах программы и проявилась в такой форме, которая явно выдает своих виновников — советников царя, принадлежавших к партии «нестяжателей». Последние (в данном случае в лице прот. Сильвестра и игумена Артемия) в имущественных и владельческих правах высшей иерархии и монашества видели главный источник нравственных недугов, которыми страдал и тот и другой институт. На эту же почву становится в своей затаенной борьбе с церковными имуществами и царь Иван Васильевич. Резкие обличения монашества и архиерейства, заявленные в царских вопросах, в большинстве случаев подчеркивают злоупотребления черного духовенства, связанные именно с их имущественно хозяйственными отношениями. Поэтому нужно думать, что и недостатки в жизни высшей иерархии и монашества не были бы обнаружены со всей откровенностью, если бы проект соборных деяний составлялся под влиянием только одного митрополита и единомысленных с ним епископов-консерваторов, известных под названием «иосифлян», т. е. последователей идеи преп. Иосифа, игумена Волоколамского, и если бы не был заинтересован этими недостатками сам царь по мотивам государственно-экономическим. Между тем, как безобидные вопросы о литургических непорядках выдвигаются главным образом митрополитом Макарием, как видно из ссылок на практику новгородско-псковских церквей и из таких выражений, как: «нам пастырям об этой небрежности нужно будет дать ответ», обличения моральных и бытовых пороков, даже по букве соборных деяний, принадлежат царю, и, разумеется, скрывающимся за его спиной советникам — «нестяжателям». Так, напр., никто иной как царь обличает монахов, игуменов и архимандритов в привольном житье на счет растраты монастырской казны, когда выражается, что «иные угодья у меня припрашивают», между тем монастыри скудеют. «Где те прибыли и кто ими корыстуется?» В монастырях пьянство, разврат, бесчиние; «если там все делается не по Богу, то какого добра ждать от нас, мирской чади?» По поводу таких заявлений государю удалось достигнуть, чтобы контроль за целостью монастырской казны был поручен собором государственной власти; было запрещено монастырским властям без нужды выпрашивать у царя лишние угодья и льготные грамоты; был урегулирован и ограничен отпуск царской руги бедным церквам и монастырям. Но критика царя имела в своем основании интересы государственно-общественные прежде всего. Поэтому он в своих вопросах не ограничился требованиями внутреннего порядка в церковном хозяйстве. Выходя из написанного в канонах положения, что «церковное богатство — нищих богатство и прочим на потребу», царь обращался к святителям с приглашением помочь своими средствами его казне государевой в благоустройстве городских богаделен и в выкупе русских пленников из татарских орд. Но святители не соблаговолили определить какую-нибудь со своей стороны жертву на эти предметы, а рассудили по-прежнему содержать богадельни «царскою милостию и приношениями боголюбцев», а пленных выкупать также известной уже общекрестьянской податью «полоняничною». Таким образом, святители, заседавшие на соборе, ревниво относились к своим имуществам и подозрительно к малейшим посягательствам на них со стороны царя, видя в этом, вероятно, интригу противоосифлянской партии. А партия нестяжателей, при всей своей малочисленности, продолжала действовать, опираясь на государя. Благодаря ее стараниям была устроена посылка соборной книги на просмотр своему единомышленнику, уже отрешенному от власти, бывшему митр. Иоасафу. Вот, напр., какое замечание (характерное для нестяжателя) сделал последний против соборного постановления о способе выкупа пленных: «брать бы тот выкуп не с сох, а из казны митрополита, архиепископов, владык и со всех монастырей, как ты, государь, пожалуешь, на ком что велишь взять. А крестьянам, государь, и так много тягли в твоих податях. Государь, покажи им милость, как тебе Бог положит на сердце. При твоем отце брали с митрополита, с архиепископов и владык пошлину на смоленского владыку, ради его недостатков, и они о том не тужили. А полоняники, государь, нужнее того». Хотя это замечание оставлено было без последствий, тем не менее вообще следует заметить, что борьба партий благоприятно отразилась на характере постановлений соборных, сглаживая их односторонности. Само собой разумеется, что недостатки белого духовенства и мирян были изобличены и осуждены монашествующей иерархией со всей подобающей строгостью. Но заслуга партии, группировавшейся около царя, заключается в том, что благодаря ей была в равной мере подвергнута суду собора и сама эта иерархия вместе с воспитавшими ее монастырями.