Сама борьба царя и архиереев с Никоном была косвенной поддержкой вдохновленным тоже враждой к Никону, обиженным и озлобленным им, бывшим друзьям: Аввакуму, Неронову и проч. У обиженных протопопов особенно развязались руки для агитации против Никона с момента его нетактичного ухода с патриаршества. Но сама агитация, как мы видели, началась немедленно после указа Никона об отмене 12-ти земных поклонов в 1654 г. Это Аввакумово восстание и приходится считать историческим началом всего старообрядческого раскола.
Сосланный в Сибирь Аввакум по дороге, как сам пишет — «везде и в церквах и на торгах ересь Никонианскую обличал». И. Неронов, едучи в ссылку, в Вологодском соборе после литургии держал речь: «Завелись новые еретики, мучат православных, творящих поклоны по отеческим преданиям, а также о сложении перстов толкуют развращенно». В самом месте ссылки, на Каменном Острове, Неронова навещали «боголюбцы от всех стран». Жители Мурома ходатайствовали пред Рязанским епископом за протопопа Логгина, охранителя «апостольских и отеческих преданий». Неронов с дороги посылал московским друзьям послания. Осев в Спасокаменном монастыре, при тайном сочувствии властей и стражников, вел переписку с царским духовником, с боярами, по-видимому, о своем бегстве из ссылки, что и удалось ему осуществить не без сговора с московскими кругами, при молчаливом попустительстве самого царя. Прибывший в Москву Неронов находит приют у бояр, отсюда отбывает в Игнатьеву пустынь, где и постригается с именем Григория. Никон понимал это попустительство, но решил анархию пресечь, изловить беглеца и церковно судить за непослушание. Посланцы Никона не могли схватить старца Григория, крестьяне их встретили враждебно, скрывая опального инока. Но Никон произвел беспощадно формальный суд. В воскресенье 18-го мая 1656 г. пред литургией в Крестовой палате, с участием восточных иерархов, провозгласил старцу Григорию отлучение от церкви: 1) за укорение греческого православия, 2) за смуту в народе, 3) за побег из монастырской ссылки. На самой литургии во время малого входа архидиакон с амвона объявил эти вины Неронова, а священнослужители и дьяки с певчими по очереди пели: «да будет проклят». Григория снова увезли, а через полгода мы видим его 4-го января 1657 г. опять в Москве. Явно, что сила престижа патриарха уже значительно ослабела, а влияние на царя враждебной Никону партии возросло. Показательна дерзость инока Григория и неожиданное долготерпение Никона. Патриарх шел к литургии. Ему навстречу Григорий с вызывающим видом: «Я тот, кого ты ищешь». И пошел рядом с патриархом, продолжая говорить: «что ты один ни затеваешь, то дело не крепко»… Никон молчал. Более того, после литургии он позвал бунтовщика к себе в крестовую палату. Неронов продолжал изливать на Никона укоризны. Никон почти на все отмалчивался. Неронов попросил дозволения жить ему на патриаршем Троицком подворье, и эту неожиданную милость Никон ему оказал. Из дальнейшего видно, что Неронов просит патриарха избавить его от тяготы наложенной клятвы совместно с восточными иерархами. Вскоре после одной из воскресных литургий Никон читает иноку Григорию разрешительную молитву, причащая из своих рук, угощает трапезой и даже благословляет его служить по старому Служебнику. Все это говорит о большом переломе в тактических взглядах Никона, о назревающей скорби его от потери прежней любви царя и о готовности ради ее приносить большие жертвы своим самолюбием. Останься Никон на патриаршем месте, может быть, он, ради мира с царем и для достижения своей главной теократической мечты, и возымел бы смелость сделать генеральную уступку всей обрядовой оппозиции. Но боярская оппозиция спровоцировала и взорвала его на другом пункте. Рушилась ставка Никона на любовь и безграничное доверие царя, и Никон прибег к ультиматуму своего ухода. Это превратилось в несчастье и для него самого и для русской церкви. Всеобщая борьба с Никоном неожиданно санкционировала фанатизм вождей старого обряда и закрепила болезнь раскола.