Это как будто цепляние Никона за власть только повышало активность враждебного ему лагеря, который усиливался рыть поглубже пропасть между Никоном и царем. Никон все более раздражался и все более говорил лишнее, собирая этим угли на свою голову. Царю писал в конце июля 1659 г.: «ты велел взять мои худые вещи, оставшиеся в келии и письма в которых находятся многие тайны. Как первосвятитель, я имел у себя многие твои — государевы тайны. Много и от других, которые, прося у меня разрешения своих грехов, писали их своими руками, чего никому не подобало ведать, даже и тебе, государю. Удивляюсь, как скоро дошел ты до такого дерзновения! Прежде боялся судить и простых церковных причетников, а ныне не только сам захотел ведать грехи и тайны бывшего архипастыря, но и попустил то другим мирским людям. Слышим, что это было для того, чтобы не оставить у нас писания твоей десницы, которые ты писал, жалуя нас либо почитая великим государем. Слышу ныне, что вопреки законов церковных ты и сам изволишь судить священные чины, которых судить не поверено тебе от Бога»… Все это — идеологические и назойливые стрелы в Уложение, в Монастырский Приказ и вообще во все новое анти-теократическое отношение государства к церкви. Но вся скрытая, только подразумеваемая теократическая программа Никона, архаически связанная с отжившей государственно-экономической формой также устаревшего старомосковского быта, заранее обречена была на неуспех. Колесо истории повернулось в сторону секуляризации. Скрытая, половинчатая, широким кругам непонятная тактика Никона была бездейственна. Он атаковал не в лоб, а двигался тайными обходами. Одиноко думал и оказывался всегда в бессильном одиночестве. Все его заявления на фоне всеобщего признания нормальности нового курса взаимоотношений церкви и государства звучали как неразумный бунт и нестерпимое упрямство. Ускоряя развязку, царь, пользуясь присутствием на Москве случайных гостей из иерархов Востока, в феврале 1666 г. на очередном соборе, ставит вопрос о неопределенном положении Никона и как бы экспериментирует окончательный суд над ним. Боясь наступательных претензий и жестов Никона, этот суд очередного собора ставится формально корректно и в нем предоставляется даже адвокатская роль всеми уважаемому ученому южно-русскому иноку Епифанию Славинецкому. Но резолюция собора, явно желанная царю и усмирительная для Никона, звучала так:»…Никону чужду быти патриаршего престола и чести, вкупе и священства, и ничем не обладати»
. И сверх того еще: «избрать ему преемника».Но внешнее положение осужденного ничуть не изменялось. Никон продолжал жить в своем Новом Иерусалиме, как некий магнат в своем уделе. А царь все мечтал о каком-то великом всевосточном соборе, который избавит его своим всемогущим судом от тяжелой тени Никона. Напряженное положение длилось. Раздраженный Никон давал поводы враждебной партии собирать против него самый разнообразный, отягчающий судебный материал. В его новоиерусалимских владениях происходили банальные столкновения с соседями землевладельцами Бабарыкиным и Сытиным. Те жаловались царю на незаконные потравы их территорий со стороны Никоновых крестьян. Светские судьи решали дело не в пользу Никона. Никон негодовал, апеллировал к царю, опираясь на свою теократическую доктрину. «Откуда ты, — пишет он царю, — принял такое дерзновение сыскивать о нас и судить нас? Какие тебе законы Божии велят обладать нами, рабами Божиими? Не довольно ли тебе судить в правду людей царствия мира сего, о чем ты мало заботишься. В наказе написано твое повеление: взять крестьян Воскресенского монастыря. По каким это уставам?… не найдешь здесь ничего, кроме беззакония и насилия. Послушай, что было древле за такую дерзость над фараоном в Египте, над соломлянами, над царями Ахавом, Навуходоносором и другими. Страшно молвить, но терпеть невозможно. Мы слышим, что по твоему «указу» и владык посвящают и архимандритов и игуменов и попов поставляют и в ставленых граматах пишут тебя равночестным Св. Духу так: по благодати Св. Духа по указу великого государя. К тому же повсюду по свв. митрополиям и епископиям и монастырям берешь насилием нещадно веши движимые. Все законы св. отцов и благочестивых царей и князей, греческих и русских ты обратил в ничто. Судят и насилуют мирские суд и архиереев и все духовенство».