Другого человека это убило бы на смерть. Даже сам Паисий подумывал уже спасаться бегством. Написал царю просьбу отпустить его домой, ибо в Москву ведь он прибыл не для этих дел, а «просто ради дел милостыни». Сам царь был очень смущен скандалом и боялся его широкого разглашения. Поставив ставку в суде над Никоном на патриархов Антиохийского и Александрийского, царь Алексей, решил поправить репутацию Лигарида через этих патриархов. Гипотеза была рискованная, но она неожиданно царю Алексею удалась. Царь (а с ним, конечно, и вся боярская антиниконовская партия) послал навстречу едущим через Кавказ иАстрахань патриархам Паисию и Макарию Лигаридиева друга, греческого иеродиакона Мелетия справиться: «нет ли патриаршего гнева какого на Газского митрополита Паисия? Да будет они гнев на него держат, и ему (Мелетию) всячески говорить патриархом, чтоб они, не розыскав, гневу на него не держали». Но помимо благоприятной для Лигарида роли Мелетия, сами патриархи были расположены сделать все угодное царю. Закрывание глаз на Лигарида было для них второстепенной деталью в их расчете на великие и богатые московские милости. Паисий Л. опять воскрес. Увлеченные корыстью патриархи взяли Лигарида себе в друзья и соучастники в суде над Никоном.
Приезд патриархов (1666 г.)
К великой радости царя, наконец-то 2-го ноября 1666 г. патриархи прибыли в Москву и приняты с великой честью. Сразу же началось их ознакомление с делом Никона через «переводчика» (!) Паисия Лигарида. Паисий приготовил для патриархов записку о деле, в которой он сплошь обвинял Никона в том, «что он дерзнул поставить свой трон выше других, стал поражать благодетелей своих и терзать, подобно ехидне, родную мать — церковь. Но тот, кто смиряет надменных, развеял, как паутину его замысел именоваться патриархом и папой (!), нарушая должное почтение к истинному папе и патриарху Александрийскому, которому принадлежит это титло искони и поныне канонически. И Иерусалимского патриарха оскорбил он, наименовав себя патриархом Нового Иерусалима, (ибо он бесстыдно и невежественно назвал новую обитель свою Новым Иерусалимом) забывая, что Софроний разделяет Иерусалим на древний — христоубийственный и новый, порождающий благочестие. Никон хотел подчинить себе и Антиохийский престол, где впервые послышалось название христиан, стараясь обманчивой подписью быть третье-престольным. Он обидел и вселенский трон захватом престола Киевского, сего первопрестольного града равноапостольного Владимира, желая, чтоб его торжественно поминали так: Божиею милостию Никон, архиепископ Московский и всея Великия и Малыя и Белыя Руси патриарх. Он придумал, что так как Александрия вследствие обстоятельств опустела и не служит более жилищем патриархам, и Антиохия тоже распалась, то патриархи Александрийский и Антиохийский незаконно именуются патриархами. Таким образом, он по-иудейски прикрепляет власть к месту. Но благодать Духа не ограничивается местом, но всюду свободно расширяется». Вот снижающийся до пошлости стиль записки и вовлечение в него патриархов на протяжении всего суда над Никоном.
Начали с чернового, так сказать, предсоборного заседания в царской столовой в течение двух дней: 28-го и 29-го ноября. Собрание было многолюдное: патриархи, митрополиты, епископы, архимандриты, игумены, бояре, окольничие и думные дьяки. Решено было формально пригласить Никона на соборный суд. По прочтении дела, все участники заседания были предварительно допрошены об их мнениях по существу дела. В результате получилось раньше суда единогласное решение: «Бывший Никон патриарх повинен во всем и от патриаршества имеет быти отлучен».
Так, раньше суда все было предрешено, и интересы партии царя и бояр были обеспечены.
Суд
Заседания суда опять открылись в той же дворцовой столовой царя 1-го декабря. Никон в ночь приехал из Воскресенска. Пред поездкой «исповедывался, причащался и маслом освящался». Никон приехал в санях с преднесением креста. Хотел было зайти к литургии в Успенский собор. Но пред ним захлопнули двери. Не пустили его и в Благовещенский собор. При приближении Никона к дверям соборной залы и эти двери были закрыты, и его заставили ждать. Когда подсудимого впустили, ему указали сесть на обыкновенную скамейку справа от царя. Никон сесть не захотел, сказав: «места де я себе, где сидеть, не вижу, а с собой места не принес, а пришел проведать, для чего меня звали». И простоял весь день на ногах свыше 8-ми часов!
Царь также встал, подошел к столу, где сидели патриархи и стоя начал свои обвинения: а) самовольный уход с патриаршества, б) бесчестья государю в письмах к патриархам, с) укоризны Уложению и царской деятельности по делам церкви, д) упреки русской церкви, что она через Паисия Лигарида от кафолической церкви отлучилась и от римских костелов начаток прияла, и е) многое другое.