В результате смутного времени сам боярский и служилый класс переживал кризис перехода всей государственной системы с почвы вотчинного управления к управлению бюрократическому. Мелкопоместный класс «худородных маленьких людишек» занял количественно преобладающее место и в военном и в гражданском аппарате государственной службы. Старомодное магнатство епископата казалось новым людям несоответствующим духу времени. Царско-боярский проект предлагал разбить 11 русских епархий на 72 епископии. Епархии группировались бы по территориальным округам, возглавляемым митрополитом округа. Количество митрополитов возглавителей округов проектировалось увеличить до 12. Епископский собор, не вмещавший в свое сознание такой чуждой ему реформы, но не будучи в силах и возражать и против нее на канонической почве, реагировал вслепую, просто уменьшая предлагаемую цифру новых епархий с 72-х до 34-х. На очередном соборе в следующем году (1683 г.) епископы, ссылаясь на свои трезвые расчеты и вычисления, соглашались довести число епископий до 22-х. Но после долгих размышлений, уже после сессии собора, епископы заявили, что, по недостатку средств, они могут подъять на свои плечи открытие максимум всего до 14-ти новых епархий. При этом все-таки вынули из всего проекта его древне-каноническую черту старшинства митрополичьей власти в пределах каждого митрополичьего округа. С неубедительной мотивировкой: «дабы не явилось в архиерейском чине распрей и превозношения». Весь проект сводился на нет. Но интереснее всего то, что из намеченных будто бы к открытию 14-ти новых епархий, епископы решили открыть всего только 4: на пустынном севере — Устюжскую и Холмогорскую и на полу инородческой юго-восточной окраине — Тамбовскую и Воронежскую. Итак, к концу патриаршего периода на обширной территории московского государства, раскинувшегося в Азию уже за Байкал, было скромное число, всего 23-х кафедр: 1 патриаршая, 13 митрополичьих, 7 архиепископских и 2 епископских. Причисляя к этому 4 епархии присоединенной в 1686 г. Киевской митрополии, получалось бы общее число 27 кафедр. Но его в действительности надо свести к 24-м, ибо только одна кафедра Киевская вошла в состав русского патриарха. Кафедры Могилевская, Луцкая, Галицкая, Львовская, Перемышльская уступлены были польским правительством русскому патриархату только на бумаге. Эти епархии оставались в границах Польши и лишь номинально в зависимости от отдаленной и пространством и границей Киевской митрополии. Поэтому не получили возможности иметь своих епископов. Польское правительство указывало им, как на законных возглавителей, на своих униатских епископов.
На почве бытовых недостатков в жизни духовенства и монастырей усиливалось до пугающих размеров старообрядчествующее раскольничье движение. В царском правительственном докладе Собору 1682 г. указывалось на необходимость какого-то контроля над продажей книг богослужебных и учительных, ради подрыва продажи писаний раскольничьих. Безмерное размножение крестцового духовенства требовало сокращения его излишков, равно сокращения и излишних часовен. Собор действительно постановил генерально упразднить маленькие пустыни и монастырьки, сводя их насельников в большие общежительные монастыри. Собор повторил изданные еще в 1667 г. ограничения хаотической свободы монашеских пострижений вне стен монастырей. Собор постановил выселить из монастырей неуместно поселившихся и проживавших там мирян, в то время как часть монахов и монахинь бродила в миру, проживала в мирских семьях, и превращалась в уличных нищих — попрошаек. Постановлено ловить весь этот бродячий элемент и свозить в особо отведенные для того монастыри для перевоспитания и возвращения на путь трудового монашества. Постановлено также прекратить беспорядочное сообщение монашествующих с миром под предлогом вести хозяйство вотчин. Для последней цели указано нанимать для управления вотчинами доверенных лиц из мирян. В который уже раз предписано в хаотическую монашескую жизнь вводить уставное общежитие.
Стрелецкий бунт