Но ни галликанство, ни протестантский территориализм не исключали еще нежелательных трений между церковью и государством, пока церковь, по азбуке православных канонов, возглавлялась «первым епископом», которого другие «признают яко главу и ничего не творят без его рассуждения» (l-е апостольское правило). Надо было скопировать какой-то другой, не православный образец, где такого церковного примата и возглавления не существовало бы. Оставалось обратиться только к безглавому, без иерархическому, плюралистическому протестантизму. Петр еще до Феофана хорошо знал, что для управления церковью в протестантских странах существует, наряду с другими бюрократическими аппаратами, такой же одноименный с ними аппарат для управления и церковными делами. Термина «министерств» еще не существовало. В моде был термин «коллегия». Коллегии это вариант бюрократии, где управляющий чиновник внутренне ограничивается голосами сочленов. Эта модная конституционная форма бюрократии очень рано заинтересовала Петра. И он, со времени своего первого путешествия в Англию в 1698 году, заказал там одному специалисту Фрэнсису Ли (Lее) составить проект коллегий на случай применения его в Московском государстве. В проекте Ф. Ли среди семи коллегий есть и коллегия, называемая «для пропаганды христианской религии» (fоr thе рrораgаtiоn оf thе Сhristiаn Rеligiоn). Петр, непрерывно занятый с тех пор мыслью о введении коллегиальной системы у себя дома, и во время своих путешествий непосредственно и через посредство специально посылаемых на разведку в разные государства лиц, не переставал собирать материалы для коллегиальной реформы. В 1711 году Петр познакомился с Лейбницем и консультировал его по этому вопросу. Сохранился проект под именем Лейбница девяти коллегий, среди которых имеется и Rеligiоns-Коllеgium. Петру не было необходимости далеко ходить за примерами государственно-протестантских форм управления церквами. У себя в Москве в немецкой слободе он имел и Кirсhеn Коllеgium и в нем Кirсhеnrаth, где заседали и пасторы — Кirсhеn vоrstеhеr и миряне — Кirсhеn ältеstеn. И статут этого учреждения был издан «с утверждения Его Царского Величества» в 1715 г. В завоеванной Лифляндии Петр нашел еще со времени Густава Адольфа управляющую церквами Обер-Консисторию. С 1712 г. Петр начал уже вводить коллегии для отдельных ведомств, начиная с торговой коллегии. С 1715 года Петр сделал выбор образца реформы в виде шведской системы. Для окончательного сравнения и возможного усовершенствования, он даже взял на службу для этой специальной задачи голландца Фика, который после двухлетней работы должен был совместно с Брюсом конкретизировать детально весь план работы. По возвращении своем из заграницы в октябре 1717 г. Петр назначил президентов в десять спроектированных коллегий, приказал президентам «сочинить свои коллегии» и вступить в действие. Характерно для осторожной тактики Петра, что среди десяти коллегий нет и помину о коллегии церковной. Под возглавлением местоблюстителя продолжали вести дела прежние патриаршие приказы. Разные штатные чины бывшего патриаршего двора продолжали еще существовать, и тогдашнее духовенство не без наивности по временам надоедало Петру напоминаниями, что пора бы выбрать и патриарха. Это было полным непониманием тогдашнего анти патриаршего настроения Петра, в 1717—1718 гг. переживавшего трагический процесс царевича Алексея. Мысли Петра после введения системы десяти коллегий вплотную уперлись в очередное дерзновение — учинить и для церковных дел такое же государственное министерство — «коллегию». Обнаружил это Петр как бы случайно.