Через неделю, по следующему рассказу Аввакума, Никон расстригал Логгина в соборной церкви во время великого выхода на литургии. «Остригше сняли с него однорядку и кафтан. Логгин же разжегся ревностию божественного огня, порицая Никона, через порог в алтарь в глаза Никону плевал. Распоясался, схватя с себя рубашку, в алтарь в глаза Никону бросил. И — о чудо! — растопырилась рубашка и покрыла на престоле дискос будто воздух». Также осужден был и Даниил Костромской, сослан в Астрахань и там заморен «в земляной тюрьме». В сентябре Никон собирался тем же судебным порядком расстричь и Аввакума. Лишь царь Алексей заступился за безупречного ревнителя, и он в сущем сане с женой и детьми был увезен в сибирскую ссылку, сначала в Тобольск.
Убрав с московской сцены своих передовых противников, Никон с поспешностью и решительностью продвигал начатую правку книг и обрядов. Взяв в начале 1654 г. Печатный Двор в свое ведение, он все приказы ему направлял от своего имени. Но пострадавшая оппозиция требовала соборного пересмотра конфликта. И Неронов писал из ссылки, чтобы собор был полным, чтобы кроме архиереев были архимандриты, игумены и простые попы. Вскоре же весной 1654 г. именно такой собор и собран в царских палатах и под председательством царя. Патр. Никон держал вступительную речь. Он открыто развивал свою исходную идею о наступившей необходимости полного согласия во всем московской церкви с греческой. Он заявлял, как об открытии, о подлиннике акта КПльского собора 1593 г., скрывавшегося до сих пор в патриаршей библиотеке. Определяя права и обязанности русского патриарха, акт требует полного согласия с греками и в догматах и в уставах. И дальше Никон перечислил длинный ряд уставных отличий русской церкви от греческой. В приведенных им примерах Никон специально подчеркнул случаи совпадения греческих текстов с русскими рукописными еще до печатных книг и поставил пред собором обобщающий вопрос: какого метода следует держаться впредь при новых изданиях книг всего богослужебного круга? «Новым ли нашим печатным книгам следовать, или греческим и славянским старым, которые купно обои согласно един чин и устав показуют?» Такое обобщение увы, далеко не оправдываемое всей сложностью этого вопроса, научно археологического и статистического, и никем тогда еще неизученного, конечно, подавило соборную мысль, и постановление собора записано так: «достойно и праведно исправить противо старых харатейных (т. е. пергаменных) и греческих». Значит мерилом признаны из русских и славянских текстов только тексты до бумажного периода, т. е. не старше ХV века. А греческие никак не ограничены, т. е. и новопечатные как критерий уравнены с древнерусскими. Столь уязвимое постановление не обещало стать бесспорным. Когда дело дошло до вопросов обрядовых, раздалось решительное возражение со стороны епископа Павла Коломенского. Дело шло об отмене русской практики всех 16-ти земных поклонов на молитве Ефрема Сирина. Павел Коломенский в оправдание этой практики указал на два древних рукописных устава: один был пергаменный, другой бумажный. Против этих фактов, однако, могли быть приведены и противоположные факты. Собор с этой сложностью не справлялся и предложил к подписи уклончивую формулу: быть в этом вопросе «согласными с древними уставами». Епископ Павел подписал соборное деяние, но в данном пункте с оговоркой своего особого мнения в пользу господствующей московской практики. Никон как самодержавный церковный монах применил к оппозиционному епископу свое начальническое иерархическое обычное право. Он запретил в священнослужении еп. Павла и сослал его в Новгородско-Олонецкий край в заточение. Там Павел сошел с ума и погиб безвестно. Через 12 лет деяния собора 1666 г. сообщают нам об этом глухо: «и никто не видел как погиб бедный, зверями ли похищен, или в реку упал и утонул». Впоследствии расколоучители распространяли миф, будто Павел прямо был сожжен на костре.