Как выяснилось, в рамках кампании по дезинформации относительно своих намерений напасть на СССР немцы устроили в своем посольстве прием с участием солистов балета Берлинской оперы, и Федотов попросил Зою Ивановну «оценить обстановку, настроение, учесть всякие детали, интересующие нашу контрразведку».
Танцуя с послом графом фон Шуленбургом, Зоя Ивановна обратила внимание на то, что «на стенах остались светлые, не пожелтевшие квадраты от снятых картин. Где-то в конце анфилады как раз напротив открытой двери возвышалась груда чемоданов… Возле моего дома меня ждала другая, служебная машина, на которой я поехала на Лубянку и, как была, в вечернем бархатном платье со шлейфом, пришла к генералу Федотову. Мои наблюдения в германском посольстве и всякие подмеченные детали вполне удовлетворили специалистов нашей контрразведки. Из моего доклада было ясно, что германское посольство готовится к отъезду и вся эта “культурная” акция с Берлинским балетом сфабрикована для отвода глаз. Шуленбург и его аппарат готовились покинуть Москву».
На основе этих и других данных 13 мая 1941 года Генштаб распорядился о переброске на запад четырех армейских управлений и дивизий. Они должны были прибыть к новым местам дислокации в период с 10 июня до 3 июля 1941 года. Однако к моменту начала войны из 939 эшелонов с войсками к месту назначения пришли только 83, тогда как 455 находились в пути, а 401 еще не приступал к погрузке.
Тем не менее именно эти дивизии сыграли решающую роль в стабилизации ситуации на смоленском направлении в июле – августе 1941 года после того, как войска Западного фронта были практически полностью разгромлены в первые дни войны. О причинах этой трагедии речь еще впереди.
Николай Кузнецов с началом войны был направлен в распоряжение диверсионной разведки Судоплатова, прошел подготовку на базе ШОН НКВД в Балашихе и лагерях для немецких военнопленных и 24 августа 1942 года был заброшен в немецкий тыл в составе отряда специального назначения «Победители» 4-го Управления НКВД СССР. А уже 18 сентября по главной улице оккупированного Ровно – столицы рейхскомиссариата Украина, размеренным шагом, неторопливо шагал немецкий офицер с Железным крестом первого класса и «Золотым знаком отличия за ранения» на груди, ленточкой Железного креста второго класса, продернутой во вторую петлю ордена, в лихо сдвинутой набекрень пилотке – само олицетворение победоносного вермахта, обер-лейтенант Пауль Вильгельм Зиберт. Он же «Пух». Он же Николай Васильевич Грачев. Он же Рудольф Вильгельмович Шмидт. Он же «Колонист».
9 марта 1944 года, пробираясь к линии фронта, группа Кузнецова наткнулась на украинских националистов УПА. В ходе завязавшейся перестрелки его товарищи Каминский и Белов были убиты, а Кузнецов подорвал себя гранатой. При нем был обнаружен пакет с донесением о проделанной разведывательно-диверсионной работе – а больше него, как говорил Алексей Николаевич Ботян, никто не сделал. На пакете стояла надпись: «В случае моей гибели не вскрывая передать в ближайший советский штаб. А оттуда передать в Москву генералу Ф.». Этим генералом был Пётр Васильевич Федотов…
После войны командир отряда специального назначения «Победители» Герой Советского Союза полковник Дмитрий Николаевич Медведев подарил Петру Васильевичу Федотову свою книгу «Это было под Ровно» с надписью: «Дорогому Петру Васильевичу Федотову о подвигах его воспитанника Н.И. Кузнецова. Автор (подпись: Д. Медведев). 15.XII. 1948, г. Москва».
Федотов обеспечивал безопасность трех важнейших межсоюзнических конференций глав государств антигитлеровской коалиции в Тегеране, Ялте и Потсдаме, на которых решались вопросы совместных действий против общего врага и обустройства послевоенного мира. 9 сентября 1946 года Федотова назначают на то место, которое еще недавно занимал Фитин – начальником 1-го Главного управления МГБ СССР и одновременно, 7 сентября – заместителем министра госбезопасности СССР. Таким образом, связка Берия – Фитин – Федотов сохраняется и играет ключевую роль в контрразведывательном и разведывательном обеспечении Атомного проекта.
После смерти Сталина на совместном заседании пленума ЦК КПСС, Совета Министров СССР и Президиума Верховного Совета СССР 5 марта 1953 года было принято решение об объединении МГБ СССР и МВД СССР в одно министерство – МВД СССР. Фактически речь шла о воссоздании НКВД СССР. Соответствующие законы были приняты 15 марта. Министром внутренних дел СССР и заместителем председателя Совета Министров СССР был назначен Лаврентий Павлович Берия. Соответственно Пётр Васильевич Федотов возвращается в свой кабинет начальника контрразведки на Лубянке.