За следующие три дня водолазы полностью удалили с корпуса поврежденный металл. Однако еще до того, как заплата была наложена, ремонтные работы были приостановлены из-за печального события. 29 декабря матрос Херманн умер в лазарете от многочисленных ран. (В большинстве книг, включая книгу Моора «Atlantis: Kaperfahrt unter 10 Flaggen» называется неправильная дата смерти Херманна — 23 либо 24 декабря.) Экипаж завернул умершего в морской флаг Германии и перенес его на берег. Рогге сам руководил церемонией военных похорон. Бернхард Херманн, молодой муж и отец, упокоился в могиле, под крестом, сделанным из дубовых досок с «Атлантиса». Он был захоронен неподалеку от покинутого селения на пустынном и разоренном штормами береге одного из островов Кергелен. (Бернхарду Херманну был 21 год. С помощью французского правительства в мае 1965 года его могила была перенесена на другое место. Германская комиссия по военным захоронениям подтверждает, что могила матроса Херманна, расположенная в бухте Порт-Кувре в заливе Газелле, является самым южным погребением немецкого солдата или моряка за всю Вторую мировую войну. Когда Атлантис покинул острова Кергелен в январе 1941 года, команда удалила надпись на могиле и замаскировала ее, чтобы не рассекретить свою миссию.)
Первые моменты очарования и возбуждения от плавания давно уже отошли в прошлое. Одни люди были сыты по горло жизнью под давлением бесконечной угрозы гибели, другие скучали по дому и своим семьям, третьи стали бояться, что война окажется долгой и ужасной, а остальные просто отчаянно устали. Каковы бы ни были причины, экипаж все больше и больше думал об окончании плавания и пути домой. Рогге и другие офицеры не оставляли попыток ободрить людей, однако бремя командования становилось все более тяжелым с каждым прошедшим днем.
Рогге понимал, что людям нужен перерыв от унылой изматывающей рутины. Несмотря на то, что ремонтные работы предъявляли повышенные требования к дисциплине, капитан пообещал, что каждый человек получит разрешение как минимум на двухчасовой отдых на берегу. Люди использовали отведенное им короткое время на суше для того, чтобы прогуляться и впервые уйти друг от друга почти за год плавания. Они охотились на уток, собирали раковины, дразнили морских львов, наблюдали за пингвинами. Некоторые моряки собирали дикую капусту или делали что-нибудь еще, что им нравилось. Маленький скотч-терьер взволнованно визжал и суетился на берегу, пробуя уловить все новые запахи, переполнявшие его нос В конце концов проделки собаки привлекли к ней внимание стаи чаек, которые со всех сторон налетели на бедного пса, чтобы защитить свои территории от злоумышленника. Повторяющиеся атаки птиц и их громкие крики так напугали бедную собаку, что люди вынуждены были вернуть ее на корабль.
Рогге приказал гидросамолету каждый день подниматься в воздух, опасаясь, что какой-нибудь корабль противника может приблизиться с направления, находящегося вне видимости наблюдательных постов. Булла внимательно исследовал море с той стороны, которая осталась без внимания наблюдательных постов, а заодно исправил некоторые ошибки картографов.
Первый день нового года закончился небольшим праздником, однако капитан не приостанавливал ремонтные работы даже на время тренировочных стрельб, проведенных для уверенности в том, что команда окажется готова к возможным сражениям Но в конце концов, как раз тогда, когда люди были уже совсем близки к полному изнеможению, водолазы закончили работы с заплатой и с наружной обшивкой корабля.
Ремонт корпуса закончился, но наступило время решать другую трудоемкую задачу. «Атлантису» требовался новый облик. Маскировка под британский корабль без проблем провела крейсер через несколько рискованных ситуаций, однако «Атлантис» в таком облике уже неоднократно видели, и эта маскировка себя изжила. Рогге не без оснований полагал, что отныне она принесет больше неприятностей, чем пользы.
В итоге командир «Атлантиса» взял за образец норвежское судно «Тамесис» — 7256-тонный теплоход, построенный на верфи «Шихау» менее года назад. «Тамесис» еще не был внесен в международные регистры, что давало Рогге дополнительные гарантии от разоблачения.
Снова моряки взялись за свои пилы, леса и кисти, дабы придать «Атлантису» новый облик. Рабочая команда удалила с верхней надстройки крышу и расширила трубу, чтобы придать кораблю более приземистые очертания. Моряки также передвинули раструбы вентиляторов, укоротили мачты и перекрасили надстройки в другой цвет. Рогге проверил свои обновленные владения и остался доволен сходством корабля с судами линии «Вильгельмсен».