Успешные испытания «Дельфина» доказали возможность строительства подводных лодок на отечественных заводах. И в 1903 году морское министерство решило начать разработку проекта подводной лодки увеличенного водоизмещения с более высокими, чем у «Дельфина», мореходными качествами и более мощным торпедным вооружением.
«Касатка», первая подводная лодка нового типа, была заказана Балтийскому заводу 15 января 1904 года, а ровно через 24 дня грянула русско-японская война. Морское министерство поспешило дать заказ заводу еще на пять лодок этого типа, а также купить и заказать лодки у иностранных судостроительных фирм Лэка, Голланда и Круппа.
Балтийский завод, форсируя работу по постройке подводных лодок, блестяще справился с заказом. Все шесть лодок в августе 1904 года были спущены на воду, а в канун 1905 года два железнодорожных состава доставили во Владивосток четыре подводные лодки.
К концу лета 1905 года во Владивосток было переброшено по железной дороге 13 подводных лодок.
По свидетельству Ризнича, известного впоследствии подводника, «во Владивостоке с тех пор, как в нем появились плавающие подводные лодки, блокада была снята, и только изредка, и то очень далеко от порта, появлялись миноносцы, которые действовали очень осторожно и моментально исчезали, как только подводные лодки выходили из порта».
Иными словами, японский флот, осведомленный о нахождении подводных лодок во Владивостоке, так и не рискнул блокировать дальневосточное побережье России.
К работе над «Миногой» Бубнов приступил еще во время русско-японской войны. Не ставя перед собой цели спроектировать серийную лодку, он в конструкцию «Миноги» ввел несколько радикальных новшеств.
Существенным недостатком подводных лодок того времени была установка на них опасных в пожарном отношении «двигателей внутреннего сгорания взрывного типа». «Минога» стала первой в мире подводной лодкой с дизель-электрической установкой. Впервые в практике мирового кораблестроения Бубнов применил концевые сферические переборки. Запас плавучести у «Миноги» был почти в три раза больше, чем у «Дельфина». Будучи дальнейшим развитием бубновского типа лодки, «Минога» в то же время была первой лодкой этого конструктора не с решетчатыми, а с трубчатыми носовыми торпедными аппаратами и выносным пулеметом на ходовом мостике. Оригинальным у «Миноги», как и у всех лодок русского типа, было расположение цистерн главного балласта в оконечностях легкого корпуса, что давало возможность значительно увеличить глубину погружения.
Длина подводной лодки составляла 32,0 метра, ширина — 2,75 метра, а надводное водоизмещение — 123 тонны.
Почти одновременно с «Миногой» Бубнов приступил к проектированию подводной лодки, способной совершать дальние переходы и наносить удары противнику вблизи его берегов. О необходимости создания подобной лодки говорил печальный опыт русско-японской войны. «Акула» имела водоизмещение втрое большее, чем первая лодка Бубнова «Дельфин», а ее трехвальная дизель-электрическая установка и большой запас плавучести позволяли ей плавать в Балтике даже в штормовую погоду. Зачисленная в списки флота в 1907 году, «Акула» с ее 8 торпедными аппаратами вплоть до начала первой мировой войны оставалась самой мореходной и самой мощной по вооружению лодкой в мире. Правильно оценивая значение минного оружия, Бубнов еще в 1907 году предлагал приспособить «Акулу» для скрытой постановки мин заграждения. Но мысль о специальном подводном минном заградителе принадлежала не Бубнову, ее долго и упорно разрабатывал другой русский изобретатель — М. П. Налетов. Эта мысль окончательно окрепла 15 мая 1904 года, когда на русских минах, поставленных у Порт-Артура, подорвались два японских эскадренных броненосца.
Разработанная Налетовым для защиты порт-артурской гавани лодка не была достроена, и изобретатель был вынужден ее взорвать, чтобы она не досталась японцам. И лишь спустя десять лет, после долгих мытарств и волокиты, изобретателю удалось осуществить свой проект. 8 июля 1915 года минным заградитель «Краб» вышел на свое первое боевое задание — минирование Босфорского пролива.
В окончательном варианте надводное водоизмещение его равнялось 560, а подводное — 740 тоннам. Четыре двигателя внутреннего сгорания общей мощностью 1200 лошадиных сил обеспечивали ему 11-узловую скорость хода в надводном положении. При движении под водой, когда гребные винты вращались двумя электромоторами, скорость «Краба» доходила до 7,5 узла. Предельная дальность плавания с полным запасом топлива составляла около 2500 миль.
«Краб», вооруженный 60 минами, двумя носовыми торпедными аппаратами, 70-миллиметровой пушкой и двумя пулеметами, оказался ценным боевым кораблем и оправдал возлагавшиеся на него надежды.
В 1911 году, разрабатывая так называемую «малую» судостроительную программу, морское министерство опросило офицеров-подводников, большинство из которых сочло наиболее удачной лодкой «Акулу».