Однако движение к миру идет сложно — не хватает средств для преодоления последствий военных действий. Дают о себе знать отчужденность, недоверие и подозрительность, которые затягивают решение военных вопросов — расформирование, разоружение вооруженных отрядов ОТО и реинтеграция их личного состава в силовые структуры республики. Имеют место вспышки очагов насилия. Несмотря на очевидные успехи мирного урегулирования, внутренняя консолидация субэтносов ведет к формированию тяготеющих к самоизоляции субэтнических территорий со своими системами власти, культурой, экономикой. Все это блокирует процесс этнической консолидации среди таджиков и чрезвычайно осложняет межэтнические отношения в стране, а также отношения с соседними странами.
Дальнейшая ситуация в Таджикистане может развиваться по трем возможным сценариям.
1. Достижение устойчивого консенсуса между субэтносами таджиков, соблюдение прав национальных меньшинств и постепенный переход к гражданскому обществу.
2. Формирование относительно стабильной пирамиды субэтносов и этносов, основные из которых окончательно установят границы своих территорий и сферы влияния, что обеспечит в целом мирное развитие республики.
3. Эскалация напряженности между субэтносами, а также между таджиками и узбеками, которая приведет к формированию хронически нестабильной обстановки в стране.
О возможности последнего сценария свидетельствует несколько военных инцидентов, в которых затрагивались интересы безопасности обеих стран. Так, в ноябре 1998 г. таджикский полковник М. Худайбердыев поднял мятеж в северном Таджикистане. (Ленинабадская область). Тогда официальные власти Таджикистана заявили, что мятеж был подготовлен при помощи Узбекистана. По сообщениям СМИ, М. Худайбердыев вместе со своими боевиками скрылся на территории Узбекистана. А вскоре после этого в Душанбе произошла встреча лидера таджикской оппозиции Абдулло Нури с одним из лидеров осевших в горном Таджикистане узбекских исламистов Джумой Намангани. Вслед за этим и последовала попытка в августе 1999 г. возвращения с оружием в руках узбекских исламистов на родину.
Осенью того же года было совершено вторжение в Ошскую область Киргизии с целью создания плацдарма для дальнейшего распространения влияния радикальных исламистов. Накануне вторжения Исламское движение Узбекистана сделало заявление в адрес правительств Киргизии, Казахстана и Таджикистана о джихаде против Узбекистана, в результате которого начнется отторжение Ферганской долины, воссоздание Кокандского ханства, создание исламского государства Туристан в Центральной Азии. Тогда киргизской и узбекской армии так и не удалось разгромить исламистов, и они практически без потерь отступили на свои базы в горный Таджикистан, где благополучно пережили зиму, накапливая силы для нового похода. В августе 2000 г. ситуация развивалась примерно по той же схеме. Группа вооруженных исламистов вторглась в Узбекистан с территории Таджикистана.
Считается, что для достижения своих целей ИДУ может вновь воспользоваться острой межклановой борьбой в Таджикистане. Поэтому опасность боевых действий на границах Таджикистана с Киргизией и Узбекистаном является весьма высокой. В настоящее время у власти в Таджикистане находится южный клан (Курган-Тюбе, Куляб), который ориентирован на сотрудничество с Россией. Однако уровень экономического сотрудничества между двумя странами, по оценкам таджикского руководства, не соответствует его усилиям по продвижению российских интересов в Центральной Азии. В этой связи весьма показательно, что помощь США Таджикистану в 2003 г. составила 108 млн долл., а товарооборот этой республики с Россией— 100 млн.
Таджикистан предпринимает меры для налаживания связей с США, другими западными странами, а также с Китаем, Ираном, Турцией — для решения многочисленных проблем. Таджикские власти охотно пошли на сотрудничество со странами НАТО и предоставили воздушное пространство (аэродромы Куляб, Курган-Тюбе, Пархар). Кроме того, военнослужащим США и Франции предоставлены права, соответствующие статусу дипломатических работников. Все это ведет к корректировке традиционного курса Душанбе. По мере расширения сотрудничества Таджикистана со странами НАТО, и в первую очередь с США, нарастает давление на Москву со стороны официального Душанбе, который стремится использовать ее геополитические интересы в качестве предмета торга для получения дополнительных финансовых вливаний.
В преддверии президентских выборов в Таджикистане в 2006 г. обстановка в стране стала обостряться, что проявилось в попытках действующей власти оттеснить от участия в борьбе представителей ОТО. Возможно, что уже свершившиеся революции в постсоветских странах заставляют предпринимать превентивные меры, чтобы не допустить повторения событий, имевших место, например, в Киргизии.