С подписанием «Хартии» сотрудничество между НАТО и Украиной значительно интенсифицировалось. В Киеве стали осуществлять свою деятельность офицеры связи НАТО. 11 ноября 1998 г. на заседании «Комиссии НАТО — Украина» получила большую поддержку государственная программа сотрудничества между Украиной и НАТО, ранее одобренная президентом Л. Кучмой. В конце ноября того же года украинская делегация представляла программу сотрудничества с НАТО на 1999–2001 гг. В декабре 1998 г. эта программа получила поддержку со стороны НАТО. В мае 2002 г. был принят новый документ, призванный еще больше активизировать двусторонние связи. В настоящее время эти отношения, действительно носят всесторонний характер, охватывая не только наиболее важные стороны военно-политического взаимодействия, но также касаются и ряда других областей.
Сотрудничество Украины и НАТО, становясь все теснее, не может не затрагивать интересов безопасности России. В 2000 г. было ратифицировано совместное соглашение, в соответствии с которым разрешалось присутствие иностранных военнослужащих на территории Украины во время военных учений. В 2002 г. во время визита Дж. Робертсона в Киев между Украиной и НАТО подписан меморандум о поддержке операций и учений НАТО на украинской территории. Оценивая тогда весь комплекс отношений с Украиной, Робертсон заявил, что для НАТО эти связи более существенны, чем с Россией, особенно в военной сфере и миротворческой деятельности.
17 марта 2004 г. Верховная рада ратифицировала Меморандум о взаимопонимании между правительством Украины и штабами верховных главнокомандующих объединенных вооруженных сил НАТО в Атлантике и в Европе, который предоставляет право быстрого доступа войск альянса на территорию страны. Это соглашение допускает транзит всех видов войск НАТО через украинскую границу и временное размещение военных баз альянса на территории страны. Согласно документу, Украина обязалась предоставить силам НАТО всю необходимую техническую информацию, медицинскую и другую помощь. Военная техника альянса в случае необходимости может передвигаться по территории страны на основании общего разрешения, что не предусматривает осуществления специального контроля за ее передвижением. После этого решения украинского парламента войска НАТО фактически получили доступ к границе с Россией. По этой причине существует опасность того, что Украина может стать плацдармом для ведения военных операций НАТО против соседнего государства.
7 июня 2004 г. в кулуарах неофициальных консультаций НАТО и Украины на высоком уровне в Варшаве министр обороны Украины Евгений Марчук и адмирал Мигель Фернандес, представляющий в Европе верховного главнокомандующего ОВС НАТО, подписали меморандум о понимании по стратегическим средствам воздушной переброски. Речь идет об использовании силами НАТО украинской военно-транспортной авиации. Генеральный секретарь НАТО Яап де Хооп Схеффер, председательствовавший на церемонии подписания соглашения, высоко оценил важность этого документа, который упростит рассмотрение вопроса об использовании Североатлантическим союзом украинских средств для воздушной переброски военных грузов.
Проведение военной реформы на Украине осуществляется при самом активном участии НАТО. Более того, согласно положениям Белой книги МО Украины военное строительство в республике будет вестись согласно требованиям и стандартам НАТО. Судя по официальным сообщениям, «Комиссия НАТО — Украина» обращает особое внимание на повышение оперативной совместимости между войсками альянса и украинскими ВС и проведение военной реформы в стране. Совместная рабочая группа по военной реформе входит в общую структуру партнерства НАТО — Украина. Эта группа дает НАТО и Украине возможность обсуждать широкий круг проектов, направленных на содействие Украине в проведении военной реформы.
Предполагается осуществить постепенный перевод ВСУ на стандарты НАТО. Достигнута договоренность о том, что с помощью Израиля и Болгарии Украина осуществит модернизацию по натовским стандартам 217 самолетов «Миг-29», хотя Россия выступает категорически против этого. Согласно планам проведения военной реформы, к началу 2006 г. численность вооруженных сил будет сокращена до 200 000 военнослужащих. Кроме того, предполагается осуществить формирование новой, современной оборонной инфраструктуры. Возможно, что после проведения всех этих мероприятий начнется новый этап сотрудничества между Украиной и НАТО, который будет опираться на общие стандарты военной политики Киева и Брюсселя.