Возможности, которыми располагал тот или иной агент, рассматривались в динамике, когда возникала необходимость их изменить или расширить, проводилась так называемая «ликвидация». "Полиция… только выжидала самого удобного для неё момента облавы, нарочно давая кружку достаточно развернуться, чтобы иметь осязательный "состав преступления", и нарочно оставляя всегда несколько известных ей лиц "на разводку" (так гласит техническое выражение, употребляемое, насколько мне известно, и нашим братом, и жандармами)"1. Более точно суть выражена в параграфе 12 «Инструкции»: "Сотрудники, находящиеся в низах организации, могут быть путем постоянной совместной работы с лицом, ведущим розыск, а равно арестами более сильных работников, окружающих его, переведены выше". И "никогда не следует арестовывать всех окружающих сотрудника лиц, оставляя его одного на свободе, но надлежит оставлять около него несколько лиц, более близких и менее вредных, или дать ему возможность заранее уехать по делам партии, в крайнем случае арестовать, но вскоре выпустить по недостатку улик. О предстоящем аресте сотрудника всегда нужно войти с ним в соглашение" (параграф 23). Кроме того, в случае угрозы расшифровки или уже расшифрованных, если они считались "наиболее ценными" и «способными», переводили в другие местности, где их никто не знал. Но от провалов агентов старались все же уберечь. Не рекомендовалось форсировать добывание сведения, после «ликвидаций» с агентом на время прекращалась активная работа и он прерывал сношения с товарищами по партии. Обыски и аресты требовалось проводить с осторожностью, чтобы не провалить агента, на основании чьих материалов они проводятся. "Ликвидации следует начинать с тех мест и лиц, где могут быть серьезные вещественные доказательства, т. к. поличное дает возможность привлекать по обвинению в участии в революционном сообществе лиц, даже застигнутых без вещественных доказательств на их квартире и дает возможность прикрыть агентуру" (параграф 25).
Секретные сотрудники редко представляли в охранку написанные доклады. Обычно их доклады на встрече с работником охранки записывались жандармским офицером и поступали в отдел уже переписанными на бланке, где в заголовке указывалось, к какому отделению это донесение относится ("общественное движение", «РСДРП» и др.) и кличка агента (так называемые "агентурные записки"). На полях записок начальник Охранного отделения делал пометки о том, какие мероприятия необходимо провести. 1-й экземпляр приобщался к соответственным делам по данной партии или движению за соответствующий год. 2-й экземпляр — в дело сотрудника. На основании агентурных записей составлялись доклады в Департамент полиции и по особо важным — для правительства.
Все материалы Департамента полиции, особого отдела и охранных отделений можно подразделить на 4 вида:
1. "Агентурные записки". Это запись сведений, полученных на конспиративных встречах офицера полиции с агентом или письменное сообщение самого "сотрудника".
2. «Записки». Они составлялись в охранных отделениях для Департамента полиции на основании ряда "агентурных записок" и представляли собой сводку по какой-либо теме.
3. «Циркуляры» Департамента полиции. Вырабатывались на основе вышеуказанных материалов и рассылались на места. В «циркулярах» все разыскиваемые Департаментом полиции лица делились на 5 категорий, в зависимости от мер, какие нужно было принять к ним. Характерно, что «циркуляры» имели особую графу "Преступная специальность".
4. «Обзоры» писались в Департаменте полиции на основании поступающих материалов и анализа революционной литературы. Представляя собой высшую форму работы Департамента полиции, «обзоры» в некотором отношении являлись не только розыскными, но и претендующими на «научность» документами, поскольку они анализировали деятельность отдельных партий1.
Специфика юридического положения Департамента полиции и агентурного аппарата, как составной его части, использование негласных форм и методов деятельности требовали соблюдения строгих мер конспирации. Так, по существующим правилам, "никто, кроме лица, заведующего розыском, и лица, могущего его заменить, не должен знать в лицо никого из секретных сотрудников. Фамилию сотрудника знает только лицо, ведущее розыск, остальные же чины учреждения, имеющие дело со сведениями сотрудника, могут в необходимых случаях знать только псевдоним или номер сотрудника.
Чины наружного наблюдения и канцелярии не должны знать секретного сотрудника и по кличке. Он им должен быть известен лишь как действительный революционный деятель по кличке наружного наблюдения, если он вошел в сферу последнего" (параграф 17).