Предоставленный самому себе, подросток с головой ушел в революцию. Стал милиционером, участвовал в стычках с казаками. А когда весной 1906 года партия перешла к партизанской войне, Кюзис вступил в отряд «лесных братьев», действовавший в Мадленском районе. Прикрывая отход товарищей, он был ранен и попал в руки стражников. Потерявшие в бою нескольких человек стражники хотели на месте расстрелять пленного, но его спас подоспевший отряд казаков. Петер предстал перед военно-полевым судом, но из-за малолетства и «в целях раскрытия всей организации» казнь не состоялась, и его направили в Венден для продолжения расследования. Новый процесс состоялся в июле 1907 года в Ревеле. Военный суд города приговорил Петера Кюзиса к смертной казни, но через две недели, проведенные в камере смертников, ему объявили, что смертная казнь заменена восемью годами каторжной тюрьмы ввиду его несовершеннолетия. В тюрьме (все по той же причине) он провел лишь два года. Работал в тюремной аптеке, научился разбираться в лекарствах, что позднее немало пригодилось в жизни.
Может быть, другого человека суровые испытания заставили бы изменить взгляды на жизнь, но с Петером этого не произошло. Более того, общение в заключении с профессиональными революционерами только укрепило его веру. Выйдя осенью 1909 года из тюрьмы, он немедленно включается в нелегальную партийную работу. Под несколькими псевдонимами, среди которых и «Павел Иванович», он занимается агитационно-пропагандистской работой в Риге. В августе 1911-го — новый арест, ссылка на поселение в Иркутскую губернию, откуда весной 1914 года он бежал, использовав чужие документы на имя Яна Карловича Берзина. С тех пор за Петером Кюзисом закрепилось это имя, хотя иногда его называли, даже и в официальных документах, Павлом Ивановичем Берзином.
Во время войны, в 1915 году, Ян призван в армию и работает окопным агитатором на Северо-Западном фронте. Спасаясь от царской охранки, он в 1916 году перебирается в Петроград, устраивается на завод слесарем и продолжая революционную работу. В октябрьские дни вместе с латышскими красными стрелками участвовал во взятии Зимнего дворца, входя в состав партийных комитетов Выборгского района и Петрограда. После Октября работает в ВЧК у Ф. Дзержинского, участвует в подавлении выступления эсеров в Москве, в разгроме мятежа в Ярославле. Затем — работа в наркомате внутренних дел секретарем местного отдела управления делами, членом редколлегии «Вестника НКВД РСФСР».
В марте 1919 года он вернулся в ставшую советской Латвию на пост товарища наркома внутренних дел, но проработать ему пришлось лишь два месяца: в мае Ригу захватили интервенты. А в июле началась служба Берзина в Красной армии. Он назначается начальником политотдела 11-й Петроградской стрелковой дивизии, затем начальником Особого отдела ВЧК Армии Советской Латвии, ставшей позднее 15-й армией (август 1919 — ноябрь 1920). С этой армией он участвовал в боях на петроградском направлении, а с весны 1920 года в составе Западного фронта под командованием М. Тухачевского дошел почти до Варшавы. При отступлении Красной армии выполнял задание Дзержинского по эвакуации войск из Белостока. Незадолго до расформирования 15-й армии в 1920 году Ф. Дзержинский рекомендовал его на работу в Регистрационное управление Полевого штаба РВСР.
В течение года он возглавлял ключевой — агентурный — отдел управления, называвшийся тогда оперативным, а в декабре 1921 года стал заместителем начальника военной разведки, курируя агентурную разведку. Именно тогда на работу в центральный аппарат пришли люди, имеющие опыт подпольной партийной и разведывательной работы в период Гражданской войны; постепенно стабилизируется личный состав. Новая работа Берзину нравится, и он с энтузиазмом берется за дело. Уже в начале 20-х годов он и сам побывал нелегально за рубежом — в Германии, Чехословакии, Польше, Англии.
1 марта 1924 года, когда Зейбот получил наконец долгожданную отставку, по его рекомендации Ян Берзин становится начальником Разведотдела, преобразованного в апреле в Управление. К тому времени он уже, наверное, и сам забыл свое настоящее имя. По документам он теперь уже навсегда числился Яном Карловичем, называли его и партийной кличкой — Павел Иванович. Для более близких людей он был «Стариком» — так прозвали его за раннюю седину, появившуюся, когда он мальчишкой провел две недели в камере смертников. Что интересно — в московской телефонной книге он числился и как П.И., и как Я.К. Берзин при одном и том же адресе и телефоне.