Поправившись, Алексей включился «в работу». В декабре 1905 года самым важным городом, где Революция могла победить, с точки зрения и социал-демократов, и социалистов-революционеров, стала Москва.
Практическую подготовку вооружённого восстания в Москве осуществлял МК (Московский комитет) РСДРП, при котором летом 1905 была создана Боевая организация, ведавшая организацией боевых дружин. Соперничавшие с этой партией эсеры, не могли оставить без внимания Москву. Они не могли допустить того, чтобы все лавры победы достались социал-демократам, поэтому большую часть своих сил перебросили туда. Так в Москве оказался и Алексей.
Вот как оценивали ситуацию в Москве историки:
«Решение Совета рабочих депутатов и воззвание революционных партий до предела накалили обстановку в Москве. Вечером 8 декабря эсеровская боевая дружина под командованием двадцатилетнего студента А. Яковлева (Гудкова) открыла огонь по частям, получившим приказ разогнать митинг в саду "Аквариум". Срочно созванный в 11 часов вечера городской комитет эсеров решил ответить "ударом на удар" – взорвать Охранное отделение. У эсеров и не только у них было какое-то неистребимое, сродни психической мании, желание крушить в первую очередь именно Охранные отделения. В.М. Зензинов и два "метальщика", в их числе СН. Слетов, в 3 часа 20 минут ночи нанесли бомбами серьёзные повреждения зданию ненавидимого учреждения. Вечером следующего дня правительственные войска подвергли артиллерийскому обстрелу училище Фидлера, где в это время находились дружины эсеров и железнодорожников, решавшие, какими маршрутами направиться для разоружения полиции.»
Алексей принял самое живое участие в сражениях с правительственными войсками на баррикадах Москвы. Он стрелял в драгун. В него стреляли. Рядом со стоном падали раненные и безмолвно валились убитые дружинники. Азарт, вот что сейчас чувствовал Арцыбашев. Азарт и большой душевный подъём. Ну, наконец-то он вошёл в лад со своей совестью. Все сомнения были отброшены. Его целиком захватила стихия сражений, революционной борьбы.
«15 декабря в Москву из столицы прибыл гвардейский
Семёновский полк. На следующий день началась операция по зачистке Пресни от дружинников. 21 числа последний очаг сопротивления был ликвидирован. За день до того войска подавили восстание на Казанской железной дороге. Многих революционеров расстреливали без суда. Ожесточение с обеих сторон достигло предела. Патрули стреляли в спину, проводили бессудные расстрелы и революционеры. Правительственными войсками, зачищавшими Пресню, руководил командир Семёновского полка Георгий Мин, к которому присоединился ещё один полк – Ладожский. Сопротивление восставших было отчаянным. Каждый дом приходилось брать штурмом».Считая, что восстание в Москве потерпело поражение, эсеры переключились на провинции Империи. Там надо было поддерживать, а иной раз и воспламенять «пожар революции». Ведь главное для них было ДВИЖЕНИЕ! БОРЬБА! Остальное – не важно. Поэтому Алексей с группой товарищей был послан в Киев, на помощь местной ячейке Боевой организации.
Ранение Алексея