Прежде чем принять предложение работы в Принстоне, Оппенгеймер первым объявил Льюису о том, что на него имеется «порочащая информация». Вначале Стросс отмахнулся от предупреждения. Однако, согласно недавно принятому Закону Макмахона, ФБР начало пересмотр секретных допусков всех сотрудников Комиссии по атомной энергии, и поэтому все члены комиссии были обязаны прочитать досье Оппенгеймера. По выражению одного из помощников Дж. Эдгара Гувера, это давало Бюро возможность «проводить расследование дела Оппенгеймера широко и открыто, потому что нам больше не требовалось таиться и осторожничать…». К Оппенгеймеру приставили агентов внешнего наблюдения, на беседы вызвали больше двадцати его коллег, в том числе Роберта Спраула и Эрнеста Лоуренса. Все они подтвердили благонадежность ученого. По свидетельству Спраула, Оппенгеймер в разговоре с ним заявил, что ему «стыдно» за свое левацкое прошлое. Лоуренс сказал, что у Оппи «была красная сыпь, но теперь он приобрел иммунитет».
Несмотря на уверения в благонадежности Оппенгеймера, ФБР вскоре дало понять Строссу и другим членам комиссии, что выдача нового секретного допуска Оппенгеймеру отнюдь не простой вопрос. В конце февраля 1947 года Гувер отправил в Белый дом выписку из личного дела Оппенгеймера на двенадцати страницах, перечисляющую связи физика с коммунистами. В субботу 8 мая 1947 года копия доклада была направлена главному юрисконсульту КАЭ Джозефу Вольпе. Вольпе запомнил, что Стросс был «заметно потрясен» прочитанным. Они вдвоем проштудировали документ. Наконец, Стросс спросил Вольпе: «Джо, что вы об этом думаете?»
«Ну, – ответил Вольпе, – если кто-то опубликует все, что есть в этой папке, и заявит, что это имеет касательство к ведущему гражданскому советнику Комиссии по атомной энергии, поднимется жуткий шум. Его биография просто ужасна. Вы сами должны определить, представляет ли этот человек угрозу безопасности
В понедельник члены КАЭ собрались для обсуждения вопроса. Все понимали: лишение Оппенгеймера секретного доступа повлечет за собой серьезные политические последствия. Джеймс Конант и Ванневар Буш сообщили членам комиссии, что утверждения ФБР были рассмотрены и опровергнуты много лет назад. При этом они понимали, что выдача Оппенгеймеру секретного допуска требовала согласия ФБР. 25 марта Лилиенталь отправился на прием к директору Бюро. Гувера по-прежнему тревожило то, что Оппенгеймер долго медлил, прежде чем сообщить о разговоре с Шевалье. Тем не менее он неохотно признал: «Хотя Оппенгеймер какое-то время колебался на грани коммунизма, свидетельства говорят, что он уже давно и стабильно отходит от этих позиций». Услышав, что собственная служба безопасности КАЭ не считает улики достаточными для отказа Оппенгеймеру в секретном допуске, Гувер дал понять, что не будет противиться его выдаче. Он даже счел удобным переложить решение вопроса на бюрократов из КАЭ с тем, чтобы развязать ФБР руки для продолжения внутреннего расследования. Гувер, однако, предупредил, что Фрэнк Оппенгеймер – совсем другой случай и что он не даст разрешения на возобновление допуска для Фрэнка.
После этого Стросс заявил Оппенгеймеру, что «внимательно изучил» досье ФБР, но не нашел в нем ничего, что препятствовало бы назначению Роберта директором Института перспективных исследований. Официальное разрешение со стороны членов комиссии, естественно, заняло больше времени. Допуск к совершенно секретной информации категории Q был выдан Оппенгеймеру только 11 августа 1947 года. Комиссия проголосовала единогласно. Даже Стросс, самый консервативный из членов комиссии, проголосовал «за».
Первую послевоенную проверку Оппенгеймер выдержал. Однако у него сохранялись все основания полагать, что о нем не забыли. Гувер продолжал вести подкоп, хотя и объявил Лилиенталю о прекращении дела. В апреле 1947 года, всего через месяц после того, как члены КАЭ решили обновить секретный доступ Оппи, директор ФБР направил новую справку «с конкретными доказательствами фактов существенных пожертвований средств братьями Оппенгеймерами Коммунистической партии Сан-Франциско вплоть до 1942 года». Новая информация была добыта ФБР путем кражи со взломом финансовых документов из офиса КП в Сан-Франциско.