В том же 1923 году Оптина была закрыта, а братия распущена (в том числе арестована и выслана). Монастырь продолжал существовать под видом сельскохозяйственной артели, кое-кому из престарелых монахов удалось остаться, а остальные были вынуждены покинуть обитель. Еще в течение года продолжалось богослужение в Казанском соборе, в котором и был назначен служить и окормлять приходящих преподобный иеромонах Никон — последний духовник Оптиной пустыни. Подвиг старчества он принял на себя тоже за послушание, как это и было заведено в Оптине. Архимандрит Исаакий II, последний настоятель обители, вынужденно покидая ее, сказал: "Отец Никон! Мы уходим, а ты останься. Благословляю тебе служить и принимать на исповедь". В те страшные годы верные чада Церкви особенно нуждались в укреплении и утешении, и именно такой духовной опорой стал для многих из них преподобный Никон.
В 1924 году последний храм Оптиной был закрыт, и преподобный Никон переселился в Козельск, где и жил вплоть до своего второго ареста и ссылки. В Козельске он служил в Успенском соборе, окормлял чад, приходивших к нему, а также уцелевших шамординских монахинь. В трудных случаях батюшка Никон советовался с преподобным Нектарием Оптинским, который после своего ареста передал своих духовных детей отцу Никону.
Вторично его арестовали 1/14 апреля 1927 года, в день памяти преподобного Варсонофия Оптинского, и сослали в Архангельскую область. Три года провел преподобный Никон в лагере "Кемперпункт". В ссылке он вел обширную переписку как с чадами, так и с некоторыми оптинскими отцами. Чад он всячески утешал, поддерживал и укреплял духовно, ни минуты не поддаваясь ни унынию, ни духовному расслаблению, грозившим в нелегких условиях ссылки. Вот строки из его писем духовным чадам, написанные из тюрьмы и из ссылки: