К концу 1916 года из-за затянувшейся войны в монастыре ощутимо чувствовался недостаток во всем жизненно необходимом. Несмотря на это, обитель Оптинская охотно отзывалась на все просьбы о помощи пострадавшим от войны, сокращая свои собственные потребности.
Преподобный Исаакий не имел ни минуты отдыха: свет в его келлии, как правило, угасал только под утро… Мир душевный источала вся фигура преподобного, его неторопливые движения, его умные и добрые глаза. Он никогда не спешил и не суетился, во всем полагался на Бога. И Господь никогда не оставлял его.
В 1916 году государь император Николай II наградил архимандрита Исаакия орденом святой Анны III степени.
В "Летописи скита" говорится о том, что преподобный Исаакий участвовал во Всероссийском Церковном Соборе 1917–1918 годов.
23 января 1918 года декретом СНК Оптина пустынь была упразднена, но монастырь еще держался под видом сельскохозяйственной артели.
Монахи постепенно стали изгоняться из обители и заменяться наемными рабочими, которые уносили все, что плохо лежало. Когда в 1919 году отец Исаакий выразил возмущение по поводу развала хорошо налаженного хозяйства, он был арестован ЧК вместе с другими отцами и провел в козельской тюрьме несколько недель.
В 1921–1922 годах в Оптину пустынь прислали беженок из Эстонии — их поселили прямо в келлии к монахам по нескольку человек.
Весной 1923 года закрыли и сельхозартель, обитель перешла в ведение "Главнауки" и как исторический памятник была названа "Музей Оптина пустынь", к которому отошли храмы, трапезная и скит. Заведовала музеем Лидия Васильевна Защук (преподобномученица схимонахиня Августа; †26 декабря 1937 /8 января 1938)
— преданная старцу Нектарию бывшая петербургская журналистка, владевшая шестью иностранными языками. (Впервые она приехала в Оптину в 1917 году. В 1923 году ей удалось спасти некоторые монастырские здания.) Сотрудниками музея были М. М. Таубе (монах Агапит), духовная дочь преподобного Нектария Н. А. Павлович.В том же 1923 году все храмы обители были закрыты — служить в храмах запретили. Но вскоре последовала просьба жителей села Стенино, и слово директора музея Лидии Защук оказалось решающим — разрешили продолжить богослужения (до 1924 года). Монастырские корпуса были переданы под общежитие служащим местного совхоза, лесозавода и музея, под контору музея и детский дом. Библиотека монастыря была передана музею, а при его закрытии в 1928 году редкие книги, экземпляры оптинских изданий, а также весь рукописный отдел были перевезены в Государственную библиотеку им. Ленина в Москве. Очевидцы вспоминают, что в дождливую, слякотную погоду книги монастырской библиотеки кидали на повозку и увозили. Многие из них погибли.
Настоятеля преподобного Исаакия власти отстранили от дел и поручили преподобному Никону передачу имущества монастыря музею. При этом отец Исаакий благословил отца Никона выкупить 50 комплектов облачений из монастырской ризницы, которые впоследствии распределились по приходам. Эту покупку власти припомнили отцу Никону как одно из многочисленных обвинений при его аресте.
В Вербное воскресенье 1923 года арестовали некоторых из братии монастыря — архимандрита Исаакия II, иеромонаха Пантелеимона (Аржаных), отца Макария (Чельцова), отца Петра (Швырева), а на следующий день и иеромонаха Никона. В качестве музейных рабочих и сторожей в монастыре оставили 15 человек братии, а остальным приказали убираться куда глаза глядят. Из окон своих "камер" (под тюрьму была приспособлена монастырская башня) отцы видели, как 300 монахов вышли из монастыря и уныло побрели в сторону Козельска…
На следующий день всех арестованных, кроме преподобного Нектария, отпустили, а Л. В. Защук перевели в городскую тюрьму. В монастыре оставались преподобный Никон с несколькими братиями. Изгоняемый из обители архимандрит Исаакий II благословил его служить в Казанском храме и принимать на исповедь народ.
Преподобный Исаакий и старшая братия, с великой скорбью покинув обитель, поселились на квартирах в Козельске.
В то время в Георгиевском храме Козельска освободилась вакансия священника, и чудесным образом устроилось так, что в храме этом все должности заняли оптинские иноки во главе с преподобным Исаакием.
Оптинцы были разбросаны по Козельску и другим местам, но при каждой возможности они старались поддерживать связь со своим отцом архимандритом и на все перемещения брать его благословение и всегда просить его святых молитв.
Монахиня Амвросия (Оберучева) вспоминала об отце Исаакии: "Это был замечательный человек и идеальный монах. Большого роста, мудрый, но в то же время простой, искренний, как дитя. Он обладал особыми способностями к пению и даже составлял ноты. И эта простота и искренность и, наконец, любовь к пению сблизили его с нашим батюшкой (преподобным Никоном). Придет, бывало, батюшка благословиться к отцу архимандриту и там задержится непременно: побеседуют и попоют где-нибудь в саду…".