На призыв откликнулись поморские области Вик, Гариана, а также Гервен, Вирония, Саккала, и Унгавия и вскоре восстание охватило всю Эстонию. Были перебиты братья-рыцари, фогты и другие немцы в замках Вильянди, Дерпте и Отепя, жители Виронии и Гервена пощадили своих священников и отправили их невредимыми в Ревель. «По всей Эстонии и Эзелю прошел тогда призыв на бой с датчанами и тевтонами, и самое имя христианства было изгнано из всех тех областей» – пишет Генрих Латвийский. Правители Саккалы отправили в Ригу посольство о мире, но с условием, что «веры христианской впредь не примут никогда, пока останется в стране хоть годовалый мальчик ростом в локоть», предлагая также обмен заложниками. Эзельцы, виронцы и гервенцы осадили Ревель, однако, взять его не удалось: осада была отбита вышедшими из замка датчанами.
Как следует из немецкой хроники, восстание эстов не было спровоцировано Новгородом. Оно началось с приморских областей и Сааремаа, а не из традиционно контактировавшими с Русью Уганди и Саккалы. Основные опорные пункты крестоносцев эсты захватывали сами. Лишь затем, когда сорвалась осада Ревеля, а меченосцы вновь втянули в войну латгалов и ливов, восстановленная Эстонская конфедерация обратились к Новгороду в поисках могущественного союзника. «Русских же из Новгорода и Пскова эсты призвали к себе на помощь, закрепили мир с ними и разместили – некоторых в Дорпате, некоторых – в Феллине, а других – в других землях, чтобы сражаться против тевтонов». Хронист добавляет немаловажную деталь, что при призвании русских в основные отбитые у немцев крепости эсты разделили с ними «коней, деньги, все имущество братьев-рыцарей и купцов, все, что захватили». Такой обычай преподнесения богатой захваченной добычи в средние века существовал в отношении сеньора или того, кому предлагались вассальные отношения. Становится виден политический замысел эстов: выйти из вассалитета Ордена и Дании и стать вассалами Новгорода. Отбитые замки были сильно укреплены. Генрих Латвийский сообщает о патереллах и баллистах (механических самострелах), размещенных на стенах крепостей. По его свидетельству, техника была захвачена у немцев. Однако часть этой техники вполне могла быть привезена русскими, имевшими на вооружении самострелы и баллисты уже со второй половины XII века.
В начале 1223 года восставшие начали ответное наступление на ливские земли Метсеполе и Торейду и латгальскую Трикату. Вместе с эстами в походе участвовали приведенный в Вильянди русский гарнизон. Его воевода Варемар погиб в одной их мелких стычек. Имя этого воеводы неславянское, вполне возможно, он мог быть родом из подвластных Новгороду финно-угорских земель.
Епископ Альберт дождавшись прибытия пилигримов, собрав меченосцев из Вендена и Зигевальде, а также мобилизовав дружины подвластных ливов и латгалов, начинает ответное наступление. В сражении на реке Имере крестоносцы и их союзники взяли реванш за поражение 1210 года. Хронист отмечает, что эсты «сопротивлялись весьма храбро», но вскоре побежали под напором рыцарского войска. Остатки разбитой дружины ушли в свою землю.
Епископ Альберт объявил новую мобилизацию и 1 августа 1223 года крестоносцы осадили Вильянди. Чуть более двух недель продолжалась оборона замка. Осаждавшие «соорудили малые осадные машины и патерэллы; построив крепкую и высокую башню из бревен, продвинули ее ко рву, чтобы можно было снизу вести подкоп под замок. Сильно им мешали, однако, баллистарии, бывшие в замке, ибо против христианских баллист у осажденных была масса баллист, отнятых у братьев-рыцарей, а против осадных машин христиан они и сами соорудили машины и патерэллы. И шел бой с обеих сторон много дней».