Уездные города были образованы из бывших крепостей. Чувашские и мордовские поселения — Бугульма и Бугуруслан, селение Белебей и Челябинская, Верхне-Уральская, Троицкая, Орская крепости были обращены в города.
С учреждением наместничества Уральское казачье войско было отчислено к Астраханской губ.
Наместником края был назначен барон Игельстром, управление которого было переведено из г. Оренбурга в Симбирск, а в 1784 г. в Уфу; с 1781 г. край стал называться Уфимским наместничеством.
Оренбург стал областным городом, но в нем по прежнему сосредоточивалось пограничное управление Краем.
Покончив с Пугачевским восстанием, правительство стремилось восстановить нормальную жизнь в крае и возобновить прерванные смутой торговые сношения с киргизской степью и средне-азиаткими странами. За время Пугачевского восстания казаки воспользовались ослаблением пограничной охраны и стали опустошать своими набегами башкирские и русские поселения. Они углублялись до самой Волги, массами уводили жителей и отгоняли у них скот. По сведениям Оренбургского губернатора, за время восстания казаки увели в неволю до 3-х тыс. человек русских, калмыков и башкир. Правительство потребовало от Нурали-хана прекратить набеги на русские границы и возвратить пленников. Но Нурали-хан не в состоянии был выполнить этого требования, т. к. казаки не подчинялись его власти, почему он обратился за помощью к Оренбургскому губернатору. В течение 1775—1776 г. в киргизскую степь были посланы несколько отрядов из русских казаков и башкир, которые разгромили аулы мирных казаков, кочующих вблизи границ, выручив ничтожное количество пленников.
Для управления казаками в Оренбургской области была учреждена Экспедиция Пограничных Дел под председательством начальника области и обер-коменданта Оренбургской крепости. В 1799 г. Экспедиция Пограничных Дел была преобразована в Оренбургскую Пограничную Комиссию.
При Экспедиции Пограничных Дел был учрежден Пограничный суд, состоящий из представителей местного управления и Казакской орды. Пограничному суду было поручено разбирать все пограничные столкновения и улаживать конфликты — между русским населением, башкирами и населением Казакской орды, однако суд не оправдал своего назначения, т. к. никто не обращался к суду, а скорее расчитывал на свою силу.
Ни Экспедиция Пограничных Дел, ни Пограничный суд не могли умиротворить край, так как в 80-х годах XVIII в. в Казакской орде начались внутренние междоусобия. Против ставленника России Нурали-хана восстал известный вождь народной партии Сырым батырь, который стремился к свержению ханской власти в орде. Наместник края барон Игельстром, убедившись в бессилии хана установить порядок в орде, поддержал движение батыря Сырыма. В 1785 г. в орде состоялся народный съезд, который провозгласил упразднение ханской власти. Во главе орды был поставлен Сырым батырь, как главный старшина и председатель Народного Собрании. В степи наступил мир. Набеги казаков на русские границы прекратились. Движение торговых караванов было восстановлено. Для внутреннего управления орда была разделена на три части, во главе которых были учреждены Расправы, — коллегии из казакских старшин. Однако мир продолжался недолго. Султанская партия продолжала борьбу против батыря Сырыма. Скоро барон Игельстром, заподозрив Сырыма в измене, стал на сторону султанской партии. В 1790 г. ханская власть в орде была восстановлена, но борьба народной и султанской партий продолжалась В 1797 г. Сырым батырь убил казакского хана Ишима и, в свою очередь, пал от руки предводителя султанской партии султана Каратая.
Под влиянием смут и междоусобий часть казаков Малой орды под предводительством султана Букея перешла на правый берег Урала и основала здесь Внутреннюю или Букеевскую орду. Сторонники батыря Сырыма откочевали в хивинские пределы. Волнения в орде продолжались всю первую четверть XIX в., что вынудило русское правительство принять ряд решительных мер для окончательного покорения казакского народа.
Восстановление Оренбургской губ. в 1796 г.
В 1796 г. Оренбургская губ. была восстановлена вновь в тех пределах, в которых она существовала до 1782 г. В ее состав вошли все 13 уездов Оренбургской и Уфимской областей. Во главе губернии был поставлен военный губернатор — все тот-же барон Игельстром, пользующийся правами Оренбургского и Уфимского генерал-губернатора. Военный губернатор объединял в своих руках военное и пограничное управление Оренбургского края, в помощь ему по гражданским делам был назначен гражданский губернатор, проживающий в г. Уфе, где были сосредоточены общегубернские учреждения Края.
Губернским городом был назначен Оренбург, куда и были переведены все губернские учреждения из г. Уфы.