Согласно положения об управлении войском от 12-XII—1840 г. войско, оставаясь под главным управлением начальника Оренбургского края, было изъято из ведения невойсковых властей и получило свое военно-административное устройство. Территория войска была разделена на 2 военных округа и на 10 полковых округов; к каждому полковому округу было приписано 2500 казаков. Полковыми округами командовали полковые командиры, которым войсковое население подчинялось как в военном, так и в гражданском отношениях.
Общее управление войска по прежнему было сосредоточено в лице войскового атамана, который был переименован в наказные атаманы Оренбургского казачьего войска. Военным управлением, т. е. учетом строевых частей и их службой, заведывало Войсковое Дежурство. Для гражданского управления в войске было учреждено Войсковое Правление, которое приняло на себя все функции гражданской власти, осуществляя ее через полковые округа и местные станичные правления. Местное управление было сосредоточено в полковых и станичных правлениях. В каждом из этих правлений имелись соответствующие отделы и столы, которые ведали хозяйственными, полицейскими, судебными и военными делами полковых округов и станиц.
Не вдаваясь в детальное описание нового административного аппарата войска, можно подчеркнуть, что он имел вполне определенный военный характер, и все гражданские и хозяйственные интересы войскового населения были подчинены требованиям военной службы. Вся система казачьего управления была построена в духе царствования Николая I, насадившего в России казарменно-бюрократический режим.
По штату 1840 г. Оренбургское войско, весь строевой состав войска определялся в 9694 человека, которые числились на постоянной военной службе, что от 62 тыс. населения войска составляло свыше 16%. Таким образом войско по прежнему оставалось военным лагерем.
Кроме военной повинности население войска несло все натуральные земские повинности, сопряженные с оседлостью, наравне с гражданским населением губернии.
Через 14 лет после этой реформы, т. е. в 1854 г. население войска возросло до 91780 муж. душ, почему правительство нашло возможным увеличить число строевых частей.
По проекту генерал-губернатора Перовского в этом году в войске было сформировано еще 6 пеш. батальонов, которые были предназначены для занятия гарнизонов во вновь построенных укреплениях в киргизской степи.
С наделом войска собственной территорией казачество получило материальную базу для своей военной службы. Каждый казак, достигший строевого возраста, стал получать 30 десятин земли в душевой надел. В распоряжении войскового правления и в распоряжении станичных обществ оставались свободные запасы земли, которые приносили значительные доходы, но главные доходы войско получало от эксплуатации своих лесов. Кроме того, правительство, начиная с 1837 г., стало выплачивать в доход войска ежегодно по 150 тыс. рублей за добычу на территории войска металлов и минералов. Эти деньги послужили фондом для образования войсковых капиталов.
Для обеспечения войскового населения на случай неурожая хлебов и трав в станицах были учреждены общественные хлебные и сенные запасы и общественная запашка хлеба.
Заботясь об улучшении породы лошадей, администрация войска заводила конские заводы и конно-плодовые табуны. Тогда же положено начало распространению грамоты среди казачьего населения.
За свою военную службу войско было освобождено от воинских постоев, от подушного оклада и рекрутского набора; оно получило право свободной торговли и промышленности в пределах своей территории и право устраивать на войсковых землях фабрики и заводы и продавать изделия их повсеместно на линии, за исключением городов. Для развития торговли внутри войска далее учрежден был класс «торговых казаков».
Положение 1840 г. просуществовало до 1865 г. За этот период войсковое население находилось под ближайшей опекой строевого начальства, которое распространило военную дисциплину на весь уклад как гражданской, так и хозяйственной жизни войскового сословия. Режим казачьих станиц в эту эпоху напоминает режим аракчеевских военных поселений, где розга и шпицрутены внедряли «военный дух». Тем не менее под влиянием этого военного режима Оренбургское войско, составленное из разноплеменных и разносословных элементов Оренбургского края, получило стройную и законченную военную и хозяйственную организацию, вполне приспособленную для той исторической роли, для которой служило линейное казачество, охраняя границы империи от весьма воинственных кочевников, населяющих в то время киргизскую степь.
Развитие колонизаторской политики в Оренбургском крае в XIX веке