Во время постройки города подступили с войском Сибирские царевичи — Тевкей и Аблай, чтобы помешать русским укрепиться в сердце Башкирии. В сражении, разыгравшемся в 15 вер. от Уфы, войско татар воеводой Нагим было разбито, и оба предводителя попались в плен и были отвезены в Москву.
После постройки гор. Уфы русские построили в Башкирии ряд других городов: город Самару в 1586 году, Острожек и Мензелинск в 1584 г., Челябинск в 1658 и другие.
Возникновение русских городов и крепостей в Башкирии дало толчок к развитию в крае правительственной и вольной колонизации.
Русская колонизация в крае имела земледельческий характер и первые русские колонии стали распространяться в Башкирии по восточному склону Уральских гор, богатому глубоким черноземом и дремучими лесами, которые имели притягательную силу для колонистов.
Собственно тяга русских людей в Приуралье началась еще в XI—ХII веке, когда новгородская вольница проникала в бассейн Камы и оттуда далее в «Заволоцкую чудь», до Уральского хребта. В погоне за азиатскими товарами, главным образом за шкурами зверей, новгородцы перешли «увалы» (Уральские горы) и вступили в меновую торговлю с местными народами.
Наряду с движением на восток «новгородских гостей» возникло и другое движение — это бродяжничество новгородской вольницы, «утекавшей» в далекий край в поисках счастья от домашних обид и неурядиц. Новгородские ушкуйники положили начало тому вольному колонизационному потоку, который предшествовал организованной правительством колонизации края, и который не прекращается и до сих пор в виде переселенческой волны.
Все, кто был недоволен сначала татарскими насилиями, потом московским правежом, тяжелыми налогами, неправдой крепостных порядков, рекрутчиной, гонением за «старую веру», — все это широким потоком шло на восток и юго-восток России, в Оренбургские степи и Сибирь.
Вольная колонизация совершалась без ведома государственной власти и даже вопреки ее желаниям. Власть шла уже по следам завоевателей — ушкуйников, казаков и мирных колонистов — монахов и раскольников и прибирала к рукам новые места, даже не всегда понимая значение новых завоеваний[3]
.После завоевания Казани колонизация Оренбургского края развивалась по двум направлениям: со стороны северо-востока из Пермской губ. и с юга, с низовьев р. Урала.
С северо-восточного направления колонизация края шла главным образом окско-волжскими инородцами — татарами, мещеряками, тептярями, были вытеснены из своих мест русскими колонистами. Эти народы поселившиеся в Башкирии, стали известны под общим названием ново-башкир. Немало среди этих новых посельщиков в крае было и выходцев из Азии — бухарцев, хивинцев, кара-калпаков, персов, туркмен. Поселившись среди башкир, ново-башкиры арендовали у коренного населения их землю и платили им оброк. Русское правительство, утвердившее за башкирами их земельные привилегии, вначале было склонно рассматривать это пришлое население чуть-ли не крепостными крестьянами вотчинников башкир.
Из Казанской и Симбирской губ., по мере их заселения, сюда двигались русские поселенцы, основавшие город Осу.
После завоевания Казанского царства правительство создало и укрепило новую пограничную Камскую линию, куда были переселены смоленские шляхтичи и пленные поляки, из которых здесь были сформированы драгунские и ландмилицкие полки для охраны этой линии. Еще позднее в Башкирию стали переселяться государственные крестьяне, которым правительство отводило в надел свободные земли, известные под названием «диких полей».
С постройкой военных крепостей в крае образовалось русское служилое население — воеводы, чиновники, солдаты, которые за свою службу стали получать в надел башкирские земли. По мере укрепления русского владычества в крае, в него устремился и русский торговый капитал. Русские помещики начали приобретать покупкой башкирские земли и переселять на них своих крепостных крестьян из внутренних губерний. Тобольские митрополиты и архиереи основали Митрополичью и Воскресенскую слободы в Челябинском уезде на башкирских землях; за помещиками и церквами мало-помалу были закреплены вотчинные башкирские земли, что вызвало огромное недовольство в народе.
После Стрелецкого бунта в 1698 г. в Уфу были переселены московские стрельцы с их семьями, где также получили в надел башкирские земли.