Под административным контролем главного белого евнуха, при содействии Имперского казначейства, с одной стороны, и хозяйственной службы султанского двора, с другой, школа формировалась, в соответствии с возрастом учеников, из двух подготовительных школ и двух школ профессиональной подготовки. На раннем этапе ученики разделялись на тех, кто имеет высокий интеллект, и тех, кто склонен к работе руками. На всю подготовку отводилось четырнадцать лет, причем период ученичества длился семь-восемь лет. Большинство пажей после периода ученичества не становились личными слугами султана, а после предварительной подготовки назначались на младшие военные и правительственные посты. В более поздние годы своего правления Мехмед учредил третью школу профессионального обучения, Зал султанской опочивальни, в которой занимались примерно сорок пажей под началом четырех чиновников — оруженосца, конюшего, смотрителя гардероба и мастера тюрбанов. В каждой школе был свой первый чиновник, ответственный за порядок и дисциплину, и второй чиновник, управлявший хозяйством, наряду с библиотекарем, регистратором, казначеем и имамом, а также тремя муэдзинами. Много внимания уделялось индивидуальным способностям учеников, выявлению их инициативности и лидерских качеств. Ученики поощрялись к изучению выбранных ими предметов. Поощрения внутри дворцовой школы, как и в государственных учреждениях, опирались на жесткую систему, при которой пажи «награждались за малейшую услугу своему господину и наказывались за малейшую провинность».
Целью дворцовой школы, после создания возможностей для изучения Корана и ознакомления с принципами исламской теологии и права, было, по сути, гражданское образование, с акцентом скорее на мастерство государственного управления и военную науку, чем на религию. Ничего подобного не было в исламе. Несмотря на это, преподавательский состав привлекался в первую очередь из улемы, мусульманских «священников» и профессоров священного права. Но к ним Мехмед добавил учителей, ученых и писателей, взятых из лиц, принадлежавших к его двору. Благодаря им имелась возможность вести обучение по греческой и латинской модели, так что Османское государство даже сравнивали с Республикой Платона. В эту «республику» вскоре начали возвращаться византийские греки, бежавшие в Италию во время захвата Константинополя.
Учебный план дворцовой школы, идея которого принадлежала Мехмеду, сочетал в себе в равной мере гуманитарное образование, физическое воспитание, подготовку к физическому труду и профессиональное обучение. Гуманитарное образование включало изучение турецкого, арабского и персидского языков с акцентом на турецкий язык, которым при всех его сложностях нужно было досконально и быстро овладевать. Также велось глубокое изучение арабского алфавита, грамматики и синтаксиса, персидской литературы с ее поэзией и вниманием к рыцарству и романтизму. Преподавали историю Турции и математику — арифметику и, вероятно, геометрию. Ученики применяли на практике те искусства, ремесла и науки, к которым, по наблюдениям специалистов, имели наибольшие способности. Среди этих предметов была турецкая музыка, как военная, так и вокальная. Хор дворца устраивал для султана регулярные концерты, а также приветствовал его песней за полчаса до рассвета и через полтора часа после захода солнца и обращался к нему с музыкальными приветствиями по всем торжественным случаям.
Физическая подготовка состояла из гимнастических упражнений, помогающих пажам поддерживать отличное здоровье, силу и ловкость. Они занимались практически всеми видами спорта: стрельбой из лука, борьбой, фехтованием, метанием дротиков и ранней формой поло, с мячом, прикрепленным к шнуру. Большую важность имело искусство верховой езды, так как многие из пажей направлялись на службу в кавалерию, и, чтобы лучше соответствовать армии, они становились искусными не только в верховой езде, но и в других видах ратного мастерства.
Наконец, все, кроме янычар, осваивали на практике избранный ими вид деятельности или ремесла из числа преподававшихся в различных школах профессиональной подготовки. Сами султаны поступали так же. Мехмед II стал искусным садовником, посвящавшим значительную часть своего досуга уходу за дворцовыми садами, где он любил выращивать не только цветы и деревья, но и овощи. Существует предание, что он однажды вырастил гигантский огурец, которым особенно гордился, но тот исчез. В бешенстве он вспорол живот одному из садовников и обнаружил остатки огурца в его желудке. Селим I и Сулейман I были искусными ювелирами, Абдул-Хамид II — столяром-мебельщиком, умевшим изготавливать сложные инкрустации. Другие представители правящей династии занимались такими ремеслами, как вышивка, изготовление луков, заточка ножей и мечей. Пажи учились готовить напитки и любимые блюда султана, стирать льняные изделия, изготавливать тюрбаны, стричь волосы, брить, делать маникюр и исполнять различные функции в турецкой бане.