С самого начала он проявил энергию и боевой настрой. Он вставал в четыре утра, проверял казармы, инспектировал войска и снаряжение. После быстрого завтрака в девять часов встречался с министрами и в течение пяти часов обсуждал государственные дела. За этим следовали легкая закуска и сиеста. В четыре он обычно катался верхом, а в шесть он предавался музыкальным занятиям вместе с Леопольдиной. Если позволяли официальные приемы и государственные дела, он ложился в девять, но часто выскальзывал позже — навестить какую-нибудь любовницу. Жуан не удрал с золотом своей страны, но все же прихватил из бразильской казны около семисот пятидесяти миллионов фунтов стерлингов (в сегодняшних ценах). Педру решительно взялся за преодоление критической финансовой ситуации. Он отменил налог на соль, чтобы стимулировать животноводство и рыболовство, урезал зарплаты и пенсии гражданским служащим и сократил вдвое собственное содержание. Хотя Педру и прибегал порой к авторитарным жестким методам управления, но был во многих отношениях либералом и просвещенным человеком. Была отменена цензура и провозглашена его поддержка свободы личности. Темницы, принудительный труд, кандалы, телесные наказания были запрещены. «Тюрьмы, — говорил он, — предназначены для содержания заключенных, а не для избиения их или лишения здоровья».
Сильно страдая от недостатка образования, он открыл несколько школ и других образовательных учреждений, обсерваторию, способствовал распространению научных трудов, возможно, под влиянием своей жены, и велел историкам заняться написанием «Истории Португальской империи». Но бунтарские настроения продолжали медленно закипать в радикально настроенных городах Северной Бразилии.
Тем временем в Португалии король Жуан превратился в марионетку, оказавшись неспособным противостоять либеральному большинству в кортесах, которое назначало министров в Лиссабоне. Они решили, что должен быть положен конец квазинезависимости, которую Бразилия получила в 1807 году с приездом королевского двора. Был также принят ряд декретов, отменяющих бразильские торговые привилегии. Португальскому командующему гарнизоном Рио-де-Жанейро, известному как Легион, было приказано стать гарантом португальской власти в колонии.
Эти проявления высокомерия Лиссабона способствовали объединению бразильцев вокруг энергичной фигуры молодого регента. Начало формироваться тайное движение сепаратистов за независимость. Оно основывалось на масонских ложах, разбросанных по всей стране, и объединялось вокруг графа ду Аркуша, премьер-министра Педру, известного своими симпатиями к сторонникам создания собственного бразильского правительства.
Правда состояла в том, что за четырнадцать лет независимости Бразилия выросла в основного партнера Португальской империи и не отдала бы своих достижений без борьбы. Покидая Рио, король наказал сыну: «Если Бразилия решит стать независимой, то пусть это произойдет под твоим руководством, а не под предводительством кого-либо из этих авантюристов, так как ты обязан уважать меня». В своих секретных письмах из Лиссабона теперь Жуан рекомендовал Педру сопротивляться поглощению Португалией, предвидя, что это неминуемо приведет к радикальной революции, подобной тем, волна которых прокатилась по всей Испанской Америке.
5 июня 1821 года Легион захватил власть в Рио-де-Жанейро и в предъявленном Педру ультиматуме потребовал, чтобы Аркуш был смещен и была создана выступающая против независимости хунта, которая явилась бы правительством де-факто. Первым побуждением Педру было поднять на борьбу с Легионом бразильцев, но португальские войска имели превосходство и в численности, и в вооружении. Подчинившись требованиям Легиона, Педру подвергся обструкции своих соратников, обвинивших его в предательстве интересов бразильцев. Два месяца спустя кортесы в Лиссабоне приказали ему вернуться в Европу, «чтобы завершить политическое образование». На самом деле они боялись, что он попытается сам возглавить движение за независимость. В ответ Педру запросил мнение населения. Во все основные города Бразилии были направлены эмиссары с соответствующими вопросами. Ответ был ошеломляющим: он должен остаться. В январе 1827 года вокруг королевского дворца в Рио собралась огромная толпа. И политические лидеры города, опасаясь, что волна анархии захватит страну, попросили его остаться. Он ответил: «Если это пойдет на пользу всем и послужит благоденствию нации, я согласен. Передайте народу, что я остаюсь». «Fico» — «Я остаюсь» — стало одним из лозунгов бразильских борцов за независимость.