Окрыленный победой, герцог Терсейра оставил Алгарви и направил свои войска на север. Мигелисты же, полагая, что их целью должен стать город Бежа, который выступил в поддержку королевы Марии, сконцентрировали там свои силы, оставив дорогу на Лиссабон открытой. Терсейра их обошел и направился к столице. Мигелисты бросились в погоню за ними, но к 22 июля Терсейра уже достиг Сетубала, который располагался на противоположной стороне реки Тежу. Там он атаковал мигелистов, разбил их и обратил в бегство. Бежавшие с поля боя солдаты донесли весть о его приближении к Лиссабону. Неожиданное появление Терсейры вкупе с поражением португальского флота испугало министров дона Мигела, и ранним утром 24 июля они решили оставить Лиссабон. Около двенадцати тысяч солдат в строгом порядке покинули город, а вместе с ними и вся знать Лиссабона, включая духовенство и судей.
Когда солдаты отбыли, один человек на пристани в Содри выкрикнул ставший знаменитым лозунг: «Да здравствует дона Мария! Да здравствует конституционная хартия!» Народное восстание против мигелистов охватило столицу, и появление Педру в городе 28 июля было встречено жителями с ликованием.
В середине июля король Мигел поставил во главе своих войск ветерана наполеоновских войн Луи де Гэня, графа де Бурмона, маршала Франции, отправленного в ссылку Карлом X. Однако наступление на Порту, предпринятое маршалом 29 июля, было отражено. Потери составили четыре тысячи человек. На следующий день осада закончилась: узнав о падении Лиссабона, король и де Бурмон переместили основную часть своей армии на юг, чтобы соединиться с мигелистами, находящимися в Коимбре, и приготовиться к наступлению на Лиссабон. Но двигались они слишком медленно. У Педру было достаточно времени, чтобы организовать защиту города и использовать это время с максимальной пользой: «Были дни, когда рассвет заставал его среди укреплений, и во дворце он не появлялся до самого захода солнца». Педру сформировал новый кавалерийский полк, три пехотных подразделения и двадцать батальонов ополченцев. Также из Порту морем были переброшены подкрепления. Мигелисты считали, что Лиссабон остается беззащитным, однако это было не так: теперь «ощерившиеся 184 пушками мощные укрепления, расположенные полукругом, венчали высоты от Шабрегаса до Алькантары. Таким образом, оба берега Тежу оказались защищенными, а на самой реке выстроилась линия военных кораблей — от Жункейры до Белена и от Беату до Вила-Франки». Многие солдаты из его девятнадцатитысячной армии были плохо вооружены и первый раз шли в бой, однако энтузиазм этих людей с лихвой компенсировал их неопытность. Симпатии народа оставались на стороне Педру, и боевой дух поддерживался на должной высоте. Начавшаяся 5 сентября атака, во время которой Терсейра был ранен, была отбита; однако на редуте генерал лично защитил Педру, но и сам чудом избежал смерти от пули снайпера. Ночная атака, предпринятая Бурмоном 14 сентября, также провалилась, и его заменил шотландец Макдонелл.
К концу октября удачная вылазка Салданьи заставила мигелистов отступить к Сантарену. В январе 1834 года Салданья захватил Лейрию, тем самым отрезав мигелистов от Коимбры, затем от Пернеша, а в феврале — от Алмостера. В Асейрсейре в мае мигелисты потеряли убитыми и захваченными в плен около двух с половиной тысяч солдат и офицеров.
Король с остатками армии попал в окружение в Сантарене; Мигел приказал своим людям отступать через Тежу на юго-восток — к городу Эвора, где 26 мая 1834 года сдался. Мигел был приговорен к пожизненному изгнанию из Португалии, а его люди получили помилование. Солдатам Педру пришлось защищать короля от гнева разъяренной толпы на протяжении всего пути к Синишу. Там его ждал фрегат «Стег», который должен был доставить Мигела в Италию.
Однако у судьбы был припасен еще один, последний, удар для Педру. В день, когда условия его соглашения с Мигелем стали известны, он решил посетить театр. По дороге туда его экипаж забросали грязью и камнями, а в самом театре толпа зрителей встретила Педру неодобрительным гулом и свистом: так народ выражал недовольство тем, что ненавистный Мигел оставлен в живых. Однако когда он закашлялся и приложил ко рту платок, гул резко стих — зрители увидели, что на платке проступили пятна крови. В гробовой тишине Педру велел дирижеру начинать. Как и Боливар, Педру был болен туберкулезом — сказались годы лишений и борьбы. Он угасал, но еще успел побывать в Порту в последний раз — там его ждал восторженный прием горожан.
В конце августа Педру принес присягу, став регентом дочери до ее совершеннолетия. Однако уже 18 сентября он отказался от регентства, объяснив свой отказ так: «Состояние здоровья… не позволяет мне заниматься общественными делами, и в такой ситуации я требую от вас сделать выбор. В своих обращениях к Господу я молюсь о благосостоянии народа».
В пятнадцать лет его дочь королева Мария II приступила к своим обязанностям. Впоследствии, когда Педру уже не покидал своей комнаты, она вручила ему «Большой крест» — самый почетный орден Крепости и Меча.