Пересечение границы с Зоной в первых двух вариантах происходит просто — машина на большой скорости пересекает заставу и углубляется в лес. В третьем варианте и в фильме — машина проскакивает за электровозом или тепловозом.
После путешествия на дрезине и небольшого отдыха начинается поход уже по Зоне. В первых двух вариантах описаний фантастических элементов в Зоне достаточно, но нет момента, когда искомое место можно увидеть недалеко. Прямой дорогой к нему идти нельзя, причем в фильме просто сказано: нельзя, а когда Писатель все же пытается идти, его останавливает некий Голос. В третьем варианте прямой путь называется дорогой чистых душ, и когда Писатель пытается идти по ней, то сначала «почти бегом идет по склону к терраске, потом шаги его замедляются, ноги начинают заплетаться, он хватается обеими руками за голову, описывает замысловатую кривую и, шатаясь, как пьяный, возвращается обратно и садится на обломок бетона». И именно после этого он произносит свой знаменитый монолог: «Я весь изранен. Обругает какая-нибудь сволочь — рана…» В фильме он произносит это в споре с Профессором об эксперименте, здесь же ясно показано: самобичевание Писателя происходит из-за воздействия Зоны.
В третьем варианте Голос останавливает Профессора в другом месте — когда он первым вызывается идти через некий зал.
Вообще же третий вариант и уже собственно кинофильм не показывает ничего фантастического. По мнению кинорежиссера, это было правильно — не отвлекать зрителя необычайными зрелищами. Может быть, именно поэтому «Сталкер» так и остался непринятым широким зрителем и нашел понимание у высшей касты киноискусства.
В первых же двух вариантах фантастических элементов во время похода по Зоне хватает.
«Комариная плешь». В первом варианте есть не только ее изображение («Ниже по склону, метрах в тридцати-сорока лежит обширная проплешина, начисто лишенная растительности, гладкая и даже отсвечивающая на солнце, как мутное стекло. Посередине ее красуется что-то вроде большой металлической лепешки, в которой только по вдавленным в проплешину лопастям можно узнать остатки вертолета»), но можно и увидеть ее в действии, что весьма напоминает схожие события в повести:
Несколько первых метров гайка летит по обычной дуге, а потом словно кто-то невидимый срывает ее с траектории, и она вкось, со страшной скоростью уходит влево по прямой и врезается в почву в метре от края проплешины.
<…>
— Простите, Виктор. Могу я вас попросить…
— Ну?
— Разоритесь на одну гайку. Бросьте в самый центр.
— Зачем это тебе? — осведомляется Виктор подозрительно.
— Просто я хочу посмотреть. Никогда этого не видел. Только в кино.
— Хм… Что ж… Так ведь она до центра и не долетит, наверное…
— А вы киньте повыше.