В 1982 г. обстановка в Афганистане заметно осложнилась. Вооруженные выступления против государственной власти стали принимать все более массовый характер. Почти половина уездов и волостей северных провинций ДРА оказались под контролем оппозиции. Основные коммуникации, провинциальные и уездные административные центры были блокированы моджахедами, экономические объекты парализованы. Все это требовало принятия дополнительных и более решительных мер в борьбе с вооруженной оппозицией.
В начале года советское руководство расширило зону ответственности пограничных войск до 90–100 км вдоль всей советско-афганской границы и на Памире. Эта зона включала все провинциальные центры севера страны, основную рокадную дорогу вдоль границы и высокогорные районы Бадахшана и Тахара.
Была значительно увеличена группировка спецподразделений пограничных войск. КСАПО получил 7 вновь сформированных мотоманевренных групп, которые в ходе серии операций были введены в Афганистан и размещены в 6 провинциальных центрах на севере страны.
В этот же период в пограничных войсках было создано 7 десантно-штурмовых маневренных групп (ДШМГ) А с формированием отдельного авиаполка в г. Мары и отдельной авиаэскадрилии в г. Душанбе, а также с привлечением к боевым действиям авиации Восточного пограничного округа значительно возросли маневренные возможности спецподразделений пограничных войск.
Всего спецподразделения погранвойск к июлю 1986 г. имели 28 ММГ. 20 погранзастав размещались в 55 гарнизонах на афганской территории. В боевых действиях было задействовано более сотни БТР и БМП.
В широкомасштабных действиях погранвойска тесно взаимодействовали с соединениями афганских вооруженных сил, уже представляющими собой боеспособные формирования и способные противостоять крупным формированиям оппозиции. Как правило, в операциях погранвойск принимали участие 2–3 пехотных батальона на БТР, оперативные роты и батальоны Царандоя и агентура ХАДа. Результатом проводимых операций являлось постоянное увеличение числа так называемых отрядов (комитетов) защиты революции. Например, в 1984 г. только в зоне ответственности пограничных войск действовало 210 таких отрядов, по 20–50 бойцов в каждом.
В 1982–1986 гг. спецподразделения погранвойск провели более 800 операций как самостоятельных, так и совместно с частями 40-й армий и афганских вооруженных сил. Особенно интенсивными они были в горных районах, где базировались или укрывались мятежники. Здесь боевые действия, по существу, велись постоянно.
В этот период пограничники прикрывали и сопровождали транспортные колонны, обеспечивали ввод (вывод) войсковых подразделений, участвовали в ликвидации караванов с оружием и боеприпасами. Последовательное или одновременное блокирование и чистка обширных районов расположения вооруженных формирований оппозиции и их горных баз являлись характерными способами действий погранвойск для основного периода их участия в афганской войне.
Таких образом, во второй (основной) период участия погранвойск в афганской войне в пограничных войсках была создана группировка специальных подразделений и авиации, способная проводить крупномасштабные оперативно-боевые действия в расширенной зоне их ответственности с высокими результатами.
Однако надежды на стабилизацию обстановки ДРА с пребыванием в ней советских войск не оправдались. Советские регулярные войска, втянутые в гражданскую войну, оказались не подготовленными к партизанской тактике наступательных и оборонительных действий душманов. Приобретение опыта контрпартизанской войны сопровождались ощутимыми потерями. «Интернациональная помощь» афганскому правительству осуществлялась без учета исторических и национально-этнических особенностей страны, методами и средствами, не соответствовавшими уровню общественного сознания коренного населения.
Для обеспечения безопасности, советско-афганской границы и предотвращения бандитских действий снова были прикрыты с афганской территории советские города и населенные пункты Кушка, Термез, Пяндж, Московский, Хорог и ряд других, а также все мосты и переправы. Для этой цели выделялись специальные подразделения. Заставы и погранотряды усилили личным составом, артиллерией, в том числе и реактивной и боевой техникой. Округ получил дополнительно вертолеты и самолеты.