В 1940 г. ледокол участвовал в обеспечении перехода Северным морским путем немецкого вспомогательного крейсера «Комет», а с 17 августа по 7 сентября провел через льды подводную лодку Щ-123, впервые в истории перешедшую из Кольского залива на Дальний Восток.
Начало войны застало судно на ремонте в Мурманске. 8 августа 1941 г. была создана Беломорская военная флотилия, а в ее составе – Ледокольный отряд под командованием известного полярного капитана К. С. Бадигина.
Еще при проектировании судов на них планировалась установка вооружения по мобилизационному проекту (три 130-мм и четыре 76-мм орудия, а также пулеметы). Но во время войны состав вооружения ледоколов неоднократно менялся.
На «Иосифе Сталине» первоначально установили штатное вооружение, но уже в ноябре 130-мм пушки, отправленные для установки на береговых батареях, созданных на Соловках, заменили на два 76-мм орудия. В 1942 г. для усиления противовоздушной обороны количество вооружения увеличили, затем его состав еще несколько раз менялся, и к 1943 г. на ледоколе были установлены четыре 100-мм орудия, 14 автоматов «Эрликон» и 6 пулеметов ДШК.
15 января 1942 г. у острова Сосновец во время бункеровки лесовоза «Правда» ледокол подвергся налету вражеской авиации. Одна из бомб пробила палубу котельного отделения и произвела серьезные разрушения палубы и котлов, погибло 4 человека, 17 получили ранения. Только через 10 часов экипаж смог ввести в действие 6 котлов, но этого оказалось недостаточно, и на базу ледокол пришел на буксире парохода «Правда». В Молотовске (ныне Северодвинск) судно поставили на ремонт, но острая необходимость в ледоколах вскоре заставила активно использовать его в течение всей навигации. До середины октября он работал в восточном секторе Арктики, а затем ушел на капитальный ремонт в США, откуда вернулся к лету 1943 г. Осенью 1943 г. в составе конвоя АБ-55 «Иосиф Сталин» перешел из Тикси в Молотовск. Зимой 1943–1944 гг. он работал (вместе с другими ледоколами) на Белом море, проведя 160 судов. Продолжалась работа в Арктике и в 1944 г. Нужно отметить, что каждая операция по переходу ледоколов в Арктику и обратно тщательно обеспечивалась боевыми кораблями Северного флота. Это было связано с тем, что немногочисленные ледоколы ценились буквально на вес золота.
В кают-компании ледокола «Иосиф Сталин»
В 1954 г. «Иосиф Сталин» передали в состав Владивостокского морского арктического пароходства и поставили на ремонт, который продлился пять лет. Главный двигатель переоборудовали для работы на жидком топливе, установили вертолетную площадку, значительно изменилась архитектура надводной части: появились более развитая надстройка и одна труба вместо двух. 25 декабря 1958 г. ледокол получил новое название – «Сибирь».
До 1971 г. он обеспечивал регулярное судоходство в Восточном секторе Арктики и дальневосточных морях. В 1971 г. «Сибирь» передали Сахалинскому геологоразведочному управлению, а в ноябре 1973 г. списали из судов действующего флота и продали на слом в Гонконг.
Ледокол «Сибирь» (бывший «Иосиф Сталин») после модернизации
«В. Молотов» заложили в 1940 г. На 22 июня 1941 г. его готовность составляла лишь 79 %, и только благодаря усилиям экипажа ледокол был выведен из акватории завода на Неву, пущена энергетическая установка и поставлено вооружение. 8 августа 1941 г. «В. Молотов» был зачислен в класс вспомогательных крейсеров, а в октябре вошел в состав Отряда особого назначения. До декабря 1941 г. судно проводило караваны до острова Лавенсаари (ныне Мощный) и обратно. В декабре «В. Молотов» получил серьезные повреждения от взрыва на мине и попаданий артиллерийских снарядов. Аварийные работы по устранению повреждений выполнялись на Балтийском заводе до 15 апреля 1942 г.
В апреле судно включили в Отряд вооруженных ледоколов. Летом практически весь личный состав перевели на берег, в части морской пехоты. После прорыва блокады Ленинграда в феврале 1944 г. «В. Молотов» передали Главному управлению Северного Морского пути, и он начал работать в Восточном секторе Арктики. В 1958 г. ледокол переименовали в «Адмирал Макаров». В 1966 г. его передали в ГДР, где он выполнял ледокольные работы на Балтике. После вступления в строй нового ледокола «Штефан Янцен» надобность в «Адмирале Макарове» отпала, и в 1967 г. он был продан одной из немецких фирм для разборки на металл.