Позже, когда Пигафетта прибыл в Италию, по просьбе папы Климента VII и великого магистра Мальтийского ордена Филиппа Вилье де Лиль Адана, он изложил историю кругосветной экспедиции вторично, но на этот раз в конспективной форме. Копии его конспективного отчета были посланы затем многим знатным лицам, и в том числе Луизе Савойской, матери французского короля Франциска I. Последняя поручила некоему Жаку Антуану Фабру перевести сочинение Пигафетты на французский язык. Благодаря этому копии отчета дошли до нас не только на итальянском, но и на французском языке. Две рукописи XVI века хранятся в Париже, в Национальной библиотеке. Итальянский текст находится в библиотеке Амвросия в Милане.
Пигафетта умер около 1534 года в Виченце, в доме на Лунной улице, на котором еще в начале XIX века красовался девиз: «Нет розы без шипов».
Не ограничившись сочинением Пигафетты, мы воспользовались и другими сохранившимися источниками, которые дали возможность проверить и дополнить его описания. Среди этих источников большую ценность представляет письмо Максимилиана Трансильванского (секретаря Карла V) епископу Зальцбургскому от 23 октября 1522 года, а также донесение Антониу де Бриту, командира португальской эскадры, захватившей в плен на Молуккских островах экипаж одного из кораблей Магеллана.
Флотилия Магеллана состояла из пяти кораблей: «Тринидад» («Троица») водоизмещением в 110 тонн, на котором развевался флаг адмирала; «Сан-Антонио» водоизмещением в 120 тонн, под начальством инспектора флота Хуана де Картахены; «Консепсион» («Зачатие») водоизмещением в 90 тонн, под начальством Гаспара де Кесады; «Виктория» («Победа») водоизмещением в 85 тонн, под начальством казначея флота Луиса де Мендосы, и «Сант-Яго» водоизмещением в 75 тонн, под начальством «кормчего его высочества» Жуана Серрана (этот последний был братом Франсишку Серрана, друга Магеллана, о котором уже говорилось выше).
Четверо из пяти капитанов и почти все кормчие были португальцами: Магеллан, Дуарти Барбоза и Иштебан Гомиш – на «Тринидаде»; Луиш Аффонсу де Гоеш и Вашку Галлегу – на «Виктории»; Жуан Лопиш Карвалью и Жуан ди Акуриу – на «Консепсион»; Жуан Серран и Жуан де Мефрапиль – на «Сант-Яго» и другие. Всего в составе экспедиции из 265 человек было 37 португальцев, 30 итальянцев, 19 французов, несколько фламандцев, немцев, сицилийцев, англичан, негров и представителей других национальностей, вплоть до малайца Энрике, раба Магеллана, привезенного им в Европу из Индии. Преобладали, разумеется, испанцы.
Один из упомянутых офицеров, Иштебан Гомиш, был послан впоследствии Карлом V на поиски северо-западного морского пути и прошел в 1524 году вдоль берегов Северной Америки от Флориды до Род-Айленда, а может быть, и до мыса Код. Но в истории первого кругосветного плавания он оставил по себе дурную славу: в трудный час Иштебан Гомиш самовольно отделился от флотилии и 6 мая 1521 года вернулся в Севилью. Желая оправдать свое дезертирство, он обвинил Магеллана в тяжелых преступлениях; эти обвинения были посмертно сняты с Магеллана только после возвращения уцелевших участников экспедиции.
По тем временам предприятие было организовано превосходно. При подготовке экспедиции были учтены и использованы все средства, которые были тогда в распоряжении мореплавателей. Перед отплытием Магеллан отдал последние распоряжения капитанам и кормчим и сообщил световые сигналы «с той целью, чтобы корабли не отделялись друг от друга во время бурь и в ночную пору».
Утром в понедельник 10 августа 1519 года флот снялся с якоря в Севилье и спустился по Гвадалквивиру до Санлукарде Баррамеда, где и были закончены последние сборы. 20 сентября корабли вышли в открытое море и взяли курс на юго-запад. Спустя шесть дней они были уже у Канарских островов и, пристав к острову Тенерифе, запаслись водой и дровами. Но едва только флот отплыл от этих островов, как между Магелланом и Хуаном де Картахеной начались разногласия, приведшие затем к самым пагубным последствиям.
Хуан де Картахена, считая себя равным по власти Магеллану, решительно запротестовал, когда корабли от Канарских островов повернули на юг. Он заявил во всеуслышание, что капитан-генерал нарушает королевские инструкции. Картахена настаивал, чтобы Магеллан сообщил ему маршрут, которого он намерен придерживаться. На это ему было сказано, что капитан-генерал вовсе не обязан отчитываться в своих действиях перед подчиненными.
«В понедельник 3 октября, в полночь, – пишет Пигафетта, – мы плыли на всех парусах на юг и вступили в открытый океан, пройдя между Зеленым мысом и примыкающими к нему островами, расположенными на 14°30' широты. Таким образом мы шли много дней вдоль берегов Гвинеи или Эфиопии, где находится гора под названием Сьерра Леоне, расположенная на 8° широты, испытывая и противные ветры, и штили, и дожди без ветра, пока не достигли экватора, причем в течение шестидесяти дней беспрерывно шел дождь».