«Россия училась говорить, читать и писать по-русски по книгам и журналам, издаваемым в Москве», - писал поэт Петр Вяземский. Но деятельность просветителя и книгоиздателя не ограничивалась только Москвой. Желая видеть грамотными своих соотечественников, он содействует открытию в семнадцати городах России первых книжных магазинов. По его инициативе выходят более тысячи названий книг. Его старанием в России впервые издаются сочинения Бомарше, Вольтера, Дефо, Мольера, Свифта, Руссо, Шекспира, сотни произведений отечественных писателей. Книгоиздатель привлекает к работе просвещеннейших людей России. В переводе исторических трудов принимает участие А. Н. Радищев. Первое периодическое издание для детей - «Детское чтение для сердца и разума» - редактирует Карамзин. Основоположник русской агрономии А. Т. Болотов работает над «Экономическим магазином». Оценивая деятельность Новикова, Белинский писал: «Царствование Екатерины II было ознаменовано таким дивным и редким у нас явлением, которого, кажется, еще долго не дождаться нам, грешным. Кому не известно, хотя бы понаслышке, имя Новикова? Как жаль, что мы так мало имеем сведений об этом необыкновенном и, смею сказать, великом человеке!»
В университетской типографии печатались и масонские книги. Встречались члены первой московской масонской ложи в усадьбе на Тверской. Здесь же в 1782 году им пришла мысль организовать благотворительно-просветительное «Дружеское ученое общество». Целью общества было заявлено распространение в России «истинного просвещения» следующими путями: «делать общеизвестными правила хорошего воспитания, издавать полезные книги, выписывать из-за границы способных учителей или воспитывать русских преподавателей». Среди членов общества (числом почти 50 человек) мы находим довольно известные имена, то были профессор Шварц, сенатор Лопухин, князья Юрий и Николай Трубецкие, архитектор Баженов, князь Черкасский, директор московского почтамта Ключарев, физик Страхов и многие другие. И конечно, Михаил Херасков.
Для отправления масонских ритуалов Херасков сочиняет гимн «Коль славен наш Господь в Сионе», положенный на музыку Дмитрием Бортнянским. Обретя широкую популярность, он некоторое время считался неофициальным гимном Российской империи. А Херасков встал на одну из высших ступеней в масонской иерархии. В 1775 году в Петербурге его посвятили в одну из лож Рейхелевской системы, а в 1780 году в Москве он уже в качестве члена-основателя принимает участие в тайной новиковской ложе «Гармония». Позднее он уже член директории восьмой Провинции (т. е. России) и член ордена Злато-Розового Креста, а также ритор Провинциальной ложи.
Звуки херасковского гимна, доносившиеся из усадьбы на Тверской, дошли наконец и до Петербурга. Активная деятельность московских масонов во главе с Новиковым стала раздражать Екатерину II. Все больше тень неприятия стала падать и на его друга Хераскова. В 1790 году московский главнокомандующий князь Прозоровский, занимавшийся расследованием деятельности Новикова, доносил: «Херасков, кажется, быть куратором в университете не достоин».
Большой удар по московским масонам произвел арест Новикова в апреле 1792 года. Как главного и активного члена ордена «вольных каменщиков», участвующего в преднамеренной антигосударственной деятельности, его подвергают унизительным допросам и обыскам. Допрашивали просветителя в здании Тайной канцелярии у Мясницких ворот, там же, где содержался арестованный Емельян Пугачев. Руководил допросами Новикова князь Прозоровский. Ничего от Новикова не добившись, он писал в Петербург находящемуся там в ту пору прокурору С. И. Шешковскому: «Я сердечно желал бы, чтобы вы ко мне приехали, я один с ним не слажу!» С Новиковым «сладила» императрица. Она приказала, чтобы он подписался под отказом от своих убеждений и признал их ложными и вредными. Но Николай Иванович не отрекся от своего мировоззрения.
По указу Екатерины II Новиков был заключен на 15 лет в Шлиссельбургскую крепость, в ту камеру, где ранее находился малолетний император Иоанн Антонович, убитый охраной во время попытки поручика Мировича освободить его. Императрица повелела провести публичное сожжение изданных Новиковым книг, а собрали их по книжным магазинам более 18 тысяч экземпляров! Усугубило гнев императрицы и обнаружение в доме Новикова тайной типографии, в которой печатались масонские книги.
Новиков упросил Екатерину II разрешить ему взять в камеру книгу - Библию, которую он в заключении выучил наизусть. Учил он Библию четыре года, после чего по личному ходатайству архитектора Баженова перед новым императором Павлом I Новикова отпускают из крепости. Но этих нескольких лет хватило с лихвой, чтобы не сломленный екатерининскими вельможами человек превратился в больного и безвольного старика.