Но служба генерал-адмирала прошла не без огорчений, так как царь одинаково строго относился ко всем чинам флота. В 1714 г. над Апраксиным было назначено следствие по доносу, обвинявшему его в злоупотреблениях по подрядам для казны. Злоупотребления действительно открылись, но Апраксин виновен в них не был. Виновными оказались его подчиненные, которые пользовались в корыстных целях постоянными разъездами генерал-адмирала по службе. И тем не менее Апраксин был оштрафован государем на громадную сумму. В 1718 г., когда Апраксин крейсировал в Финском заливе, имея свой флаг на корабле «Москва», он опять был отдан под суд «за злоупотребления». При этом генерал-адмирал был арестован и приговорен к лишению имущества и достоинств, но в уважение прежних заслуг наказание государем было ограничено денежным взысканием. Наконец, в 1723 г.
При Петре Великом ни высокий сан, ни военные заслуги, ни родство не избавляли провинившихся или даже заподозренных в преступлении по службе от следствия, суда и наказания. Даже такой, казалось бы, ничтожный проступок, как отсутствие 62-летнего генерал-адмирала на увеселительной водяной ассамблее, не остался без воздействия. После смерти Петра Великого старый генерал-адмирал имел несчастье видеть упадок флота.
10 ноября 1728 г. первый генерал-адмирал Российского флота граф Федор Матвеевич Апраксин скончался и был погребен в московском Златоустовском монастыре.
При Петре Великом Адмиралтейств-коллегия как высший орган управления военно-морским ведомством действительно работала под председательством генерал-адмирала.
После кончины императора коллегия обратилась в безответственное учреждение. Флот быстро пришел в упадок, денег на него не отпускалось, корабли ветшали в гавани и не ремонтировались. Все чаще раздавались голоса высокопоставленных чиновников о бесполезности флота и возможной полной его ликвидации. Но к счастью, у власти были и такие люди, которые свято хранили заветы Петра, глубоко понимали цели и стремления Великого Моряка. Одним из таких сподвижников, «птенцов гнезда Петрова», был Андрей Иванович Остерман.
Сын пастора из местечка Бохум в Вестфалии, молодой студент Остерман был перевезен в Россию К. И. Крюйсом в 1704 г. Он быстро научился русской речи и из Генриха Иоганна был переименован в Андрея Ивановича. Немец по национальности, Остерман отдал России все свои силы и способности; его удивительное упорство в осуществлении предначертаний и планов Петра Великого во многом спасло Российский флот. Когда однажды Остерман извинялся за ошибки в русской речи, объясняя их тем, что он не русский по происхождению, один из главных его противников, Бестужев, ответил ему в присутствии других:
В царствование Екатерины I А. И. Остерман был членом Верховного тайного совета и после смерти генерал-адмирала Ф. М. Апраксина был назначен председателем Воинской морской комиссии
8 период царствования Анны Иоанновны Остерману был пожалован графский титул, и он фактически стал руководить внешней и внутренней политикой России.
9 ноября 1740 г. А. И. Остерман был пожалован званием генерал-адмирала и вступил в полное управление Морским ведомством, оставаясь по-прежнему во главе Коллегии иностранных дел.
Не будучи моряком по профессии, Остерман пользовался советами и указаниями лучших и опытнейших русских моряков. Одним из них был адмирал граф Николай Федорович Головин, остававшийся президентом Адмиралтейств-коллегий с 1733 г. до падения Остермана.