Исследование предстояло провести в полевых условиях, с ограниченным набором лабораторного оборудования. Вирус, на поиски которого приехали ученые, начал стремительно косить членов экспедиции. Клещевым энцефалитом заболели вирусолог Валентин Соколов и лаборант Евгения Гнедышева. Во время вскрытия умершего лесоруба заражается ученик Льва Зильбера Михаил Чумаков. Через 20 лет силами Чумакова начнется история освобождения мира от вируса полиомиелита, а пока 28-летний вирусолог тяжело переносит клещевой энцефалит и выздоравливает благодаря приготовленной товарищами сыворотке, но болезнь унесла с собой слух и активность правой части тела исследователя. Со временем острая инфекция перешла в хроническую болезнь, которая протекала пожизненно. Зная это, Чумаков завещает после смерти вскрыть свое тело и исследовать персистировавший в течение 56 лет вирус.
Несмотря на трагические происшествия, участники экспедиции продолжали искать причину эпидемии. Лев Зильбер, тщательно изучивший больничные записи, приходит к мысли, что единственный связывающий больных факт – укус клеща, в каждом случае примерно за две недели до проявления симптомов. Совместив данные о времени появления первых заболевших – в начале мая, и последних – в конце августа с графиком активности клещей, он окончательно убеждается в этой мысли. Не откладывая и не дожидаясь дальнейших подтверждений, Зильбер разрабатывает рекомендации по поведению в тайге.
Эти рекомендации спасут множество людей от заражения. Но в разгар экспедиции сам Зильбер вместе со своими ближайшими помощниками – руководителем южного отряда Александрой Шеболдаевой и эпидемиологом Тамарой Сафоновой – будет арестован. Причиной станет анонимный донос по ложному обвинению в распространении японского энцефалита на Дальнем Востоке и планах заразить им жителей Москвы через водопровод. Лев Зильбер проведет в лагерях много лет, продолжая работать и спасать жизни, и будет освобожден только в 1944 году.
Тем временем участники экспедиции из мозга и ликвора (жидкость, омывающая головной и спинной мозг человека) погибших от энцефалита больных впервые выделили и описали вирус клещевого энцефалита. В 1938 году Елизавета Левкович и Анатолий Смородинцев создают вакцину от нового заболевания. Она представляет собой инактивированную формалином суспензию ткани мозга мышей, зараженных штаммом Софьин дальневосточного субтипа вируса КЭ.
После опытов на белых мышах авторы препарата проверяют безопасность вакцины на себе, а в дальнейшем – еще на десяти волонтерах. В 1939 году вакцину опробуют в качестве профилактических прививок для участников дальневосточной экспедиции и населения оборского очага клещевого энцефалита в леспромхозе недалеко от Хабаровска. В последующие три месяца вакцина покажет высокую эффективность: среди 925 привитых было два легких случая энцефалита; в группе сравнения (у непривитых) на 1185 человек диагностировано 27 случаев заболевания, в большинстве тяжелых, в том числе семь с летальными исходами. Эта вакцина будет применяться в СССР вплоть до 1958 года.
После открытия на Дальнем Востоке клещевого энцефалита продолжились широкомасштабные исследования заболевания в СССР и начались за границей. Осенью 1938 года на юге Приморского края была расшифрована вспышка осеннего комариного энцефалита, получившего название «японский».
Несмотря на очевидную эпидемиологическую эффективность, созданная в 1938 году вакцина имела побочные действия: в ней содержалось некоторое количество балластной мозговой ткани мышей, и как следствие случались единичные гиперергические (от лат.
В 1960-х годах ученые разработали технологию изготовления вакцины на основе убитого дальневосточного штамма Софьин с использованием культуры клеток куриных эмбрионов. В то же время в НИИ вакцин и сывороток города Томска (в 1988 году преобразован в НПО «Вирион») стали готовить культурную вакцину на основе штамма Пан западного субтипа вируса КЭ. Позднее, в 80-е годы, «Вирион» переходит на выпуск культуральной вакцины КЭ на основе штамма 205 дальневосточного субтипа.