В ходе беспорядков разъяренная толпа убила Лжедмитрия I и сотни непрошеных гостей – поляков. Шуйский снова целовал крест и клялся, что на престоле самозванец. В результате он вышел из интриги победителем и в 1606 году был «выкрикнут» русским царем.
Новому царю пришлось лавировать, угождать всем. В результате он не угодил никому. Хитрый царь первым делом разослал по стране грамоту, в которой клеймил своего предшественника не только как самозванца, но и еретика и чернокнижника, которому адские силы помогли на время захватить власть. Шуйский откровенно заявлял, что признал Лжедмитрия только для того, чтобы избавиться от Годунова, а потом низложил его, открыв себе дорогу к престолу.
В мае 1608 года правительственные войска потерпели тяжелое поражение от отрядов Тушинского вора – Лжедмитрия II, и Москва оказалась в осаде. Положение спас близкий родственник царя, 23-летний князь, талантливый полководец – Михаил Васильевич Скопин-Шуйский.
Вместе с войсками он очистил Русские земли от отрядов мятежников, и в марте 1610-го армия Скопина-Шуйского торжественно вступила в Москву. Жители радостно приветствовали своего освободителя, оказывая ему царские почести, видя в нем нового государя. Но меньше чем через месяц на пиру по случаю победы спасителю Отечества внезапно стало плохо, и после 2 недель страшных мучений он скончался.
После его внезапной смерти по Москве поползли зловещие слухи о причастности к его гибели его дяди – царя Василия Шуйского, увидевшего в народном герое возможного претендента на царский престол. Поговаривали, что Михаил был отравлен женой брата царя – Екатериной. Именно она по указу царя подала ему золотую «заздравную чашу» с вином, в которую был подмешан яд.
Прославленного героя похоронили в почетном Предтеченском приделе у южной стены Архангельского собора. Сделав химический анализ останков Скопина-Шуйского современные ученые подтвердили, что талантливого полководца действительно извели ядом.
После смерти любимого героя народная ненависть к В. Шуйскому усилилась, и 17 июля 1610 года он был свергнут с престола, насильно пострижен в монахи и отвезен «как военный трофей» в Польшу, где вскоре скончался. Там его и похоронили. Только в 1635 году по просьбе нового царя Михаила Федоровича Романова поляки уступили останки бывшего государя для перезахоронения в Москве, в царской усыпальнице кремлевского Архангельского собора.
Рядом с надгробием царя В. И. Шуйского расположены три так называемые неизвестные гробницы. Они без надписей, нет даже преданий о том, кто в них погребен, только в разное время их приписывали разным людям.