Рано утром 18 августа 1789 г. Джонс покидает Санкт-Петербург. После непродолжительной остановки в Варшаве для встречи с генералом Т. Костюшко, соратником по Войне за независимость Соединенных Штатов, он направляется во Францию. По пути были еще Вена, Амстердам и некогда враждебный Лондон. Кстати, в Лондон Джонс заезжает по коммерческим делам. С 1783 года ему принадлежит монопольное право на использование в Великобритании коры черного американского дуба. Кора применялась в качестве красителя для шерстяных и фланелевых тканей, и ее использование в текстильном производстве получило широкое распространение.
Из Амстердама Джонс пишет письмо Д. Вашингтону. В нем он объясняет президенту цель своей службы в русском флоте и еще раз обращает внимание на необходимость Соединенным Штатам иметь военный флот, прежде всего для обеспечения торгового судоходства в Средиземном море: «Если бы мы имели достаточно сильный флот, мы бы чувствовали себя в Европе, и в Средиземном море в частности, значительно увереннее».
Д. Вашингтон не ответил сразу, хотя и поблагодарил Джонса через госсекретаря Т. Джефферсона. Его ответ, полученный почти год спустя, был сухим и формальным. Президент сообщал Джонсу, что при разработке мер по защите судоходства от берберийских пиратов его предложения будут учтены: «Если обстоятельства позволят нам создать для действий у берегов Алжира, Туниса и Триполи достаточно сильный флот, который защитит американских граждан и их интересы, то такой флот непременно будет создан». В заключение Вашингтон писал: «Хотя я и не высказывал своего мнения о Вашей службе в русском флоте, но скажу, что с точки зрения наших будущих интересов, а также по ряду других соображений, я рад, что теперь Вы свободны». Эта фраза, хотя она и звучала достаточно неопределенно, была воспринята адмиралом как возможность его будущего назначения командующим американской эскадрой в Средиземном море.
Джонс знал, что к началу 1791 года грабежи берберийских корсар в Средиземном море и даже в Атлантике до Азорских островов стали настолько ощутимы, что правительство Соединенных Штатов решило наконец действовать. Оно планировало создать эскадру по крайней мере из двух фрегатов и двух вооруженных шлюпов, чтобы отправить ее в Средиземное море. Эскадра должна была не только демонстрировать американский флаг, но и освободить содержащихся в плену американских моряков. Увы, практически ничего из этого так и не получилось. Вскоре госсекретарь Джефферсон напишет о встретившихся финансовых трудностях и попросит информировать его об обстановке на Средиземном море и в Европе. Между прочим Джонсу предлагалось прозондировать возможность привлечения для борьбы с пиратами Франции и Голландии. В заключение Джефферсон писал: «Президент просил меня передать, что нет необходимости говорить о том, кому из морских офицеров было бы поручено командование эскадрой в Средиземном море, если бы Соединенные Штаты смогли создать такую эскадру». Ответ Джонса госсекретарю звучит определенно. Теперь он убежден, что против пиратов в
Средиземном море американцы должны действовать самостоятельно и не рассчитывать на чью- либо помощь в Европе: «Я уверен, что храбрый командующий эскадрой смог бы проучить дея Алжира даже без атаки его столицы, просто потопив два или три пиратских судна».
Надо сказать, что к моменту получения писем от Вашингтона и Джефферсона Поль Джонс уже почти полгода живет в Париже. Сюда он приехал 30 мая 1790 года. К сожалению, здоровье адмирала не улучшалось. Врачи считали, что начавшаяся еще в России пневмония не проходит. Они категорически возражали против его возвращения в Россию, даже на Черное море. Предписанный режим звучал строго: летом — Париж, зимой — юг Франции.
Чем занимался адмирал в Париже? Основных занятий было два. Во-первых, Джонс начал писать воспоминания. В виде коротких заметок их публиковала газета «Point du Jour», ставшая впоследствии официальным органом Законодательного собрания Франции. В полном объеме воспоминания увидели свет только после смерти автора. Они были изданы в Лондоне в 1848 году в виде двухтомника и назывались «Воспоминания Поля Джонса, в прошлом контр-адмирала Российского флота, кавалера военного ордена «За заслуги» и русского ордена Святой Анны, составленные из подлинных заметок и корреспонденции, содержащие оценку его службы под командованием князя Потемкина и подготовленные к публикации лично им самим». Во-вторых, Джонса увлекла политическая жизнь Франции. Она действительно была бурной. Адмирал постоянно встречался с самыми различными политическими деятелями Великой французской революции: Робеспьером, Дантоном, Карно, Камбоном, Котоном и многими другими. Его ближайшими друзьями стали Лафайет, Мирабо и бывший посол Франции в России Сепор.