По поручению императрицы статс-секретарь Безбородко дополнительно сообщил Брюсу, в каком порядке дело должно слушаться в Палате уголовного суда. Палате предлагалось выяснить у Радищева лишь четыре вопроса: 1) он ли сочинитель книги; 2) в каком намерении сочинил ее; 3) кто его сообщники; 4) чувствует ли важность своего преступления. Делу опасались дать широкую огласку, поэтому подробности, относящиеся к содержанию книги, Палате уголовного суда обсуждать не полагалось, а материалы следствия, произведенного в Тайной экспедиции, в суд не направлялись. Вместе с указом в палату был передан только один экземпляр книги. От себя Брюс добавил, чтобы при чтении указа в суде даже канцелярские служащие не присутствовали.
Для вынесения Радищеву смертного приговора Палате уголовного суда хватило десяти дней — это произошло 24 июня 1790 года. Приговор составлен пространно, но даже для того времени довольно примитивно. Вначале в нем дословно воспроизводится указ императрицы, определение о порядке ведения суда, вопросные пункты и ответы на них писателя, показания некоторых свидетелей, сведения о службе Радищева, ссылки на статьи законов и тому подобное. Приговор заканчивался так: «
Пока шло следствие в Тайной экспедиции, пока дело рассматривалось в Палате уголовного суда, нервы Радищева были напряжены до предела — он совершенно не мог спать. Противоборство с Шешковским отнимало у него последние силы.
В одном из писем Александр Николаевич заметил, что разум его был «в не действие почти приведенный». Тем не менее дух его не был сломлен. Шешковский, как и многие судейские того времени, был бессовестным мздоимцем. Свояченица Радищева Елизавета Васильевна Рубановская, распродав кое-что из имущества, почти каждый день передавала Шешковскому подарки и справлялась о здоровье Александра Николаевича. Изредка удавалось передать ему и записочку. Камердинер Козлов привозил обычно от Шешковского лаконичный ответ:
«
Приговор был объявлен Радищеву сразу же после его вынесения. В завещании детям, написанном 25 июля, и дополнении к нему от 27 июля видно, в каком тяжелом состоянии ожидал писатель решения своей участи. Нависшая угроза была столь реальной, что нельзя было не понять, какие суровые испытания могут выпасть на его долю. И когда смертный приговор был объявлен, у него, как выдох, вырвалось одно потрясающее слово, которым он начал свое завещание: «
В заточении, борясь с отчаянием и безысходностью, Радищев все-таки находит в себе силы заниматься литературным трудом. В крепости он пишет повесть «Филарет Милостивый». Пишет долгими бессонными ночами, в перерывах между допросами. Свою рукопись он передает Шешковскому с просьбой переслать ее детям.