Принципы медицинской этики, сформулированные Гогенгеймом в Базеле, сочетают в себе универсальные положения и сиюминутные фразы, написанные в приливе минутного гнева. По сравнению с базельским текстом медико-философские экзерсисы в книгах «Парамирум» и «Парагранум» составляют единую теоретическую схему и, взятые в комплексе, образуют стройную систему. Философия, необходимая для любого врача (V, 271), изложена здесь в убедительной и доступной форме. Не следует думать, что философия в данном случае выступает своего рода пропедевтикой в медицинское образование. Скорее она венчает и оформляет его. В одной из базельских лекций, прочитанных на латыни, рассказывается об отношениях медицины и философии: «Там, где заканчивается врач, начинается философ… тем самым философ рождается из врача, а не врач из философа» (V, 338). По мнению Гогенгейма, это правило наглядно демонстрирует себя на практике: «Из лечения проистекает философия, а не наоборот» (IV, 120). По Гогенгейму, только практическим путем можно было приобрести столь ценимую им опытность, познать истинную философию, войти в понимание природы, научиться видеть корни болезни и распознавать способы их врачевания. О том, что Гогенгейм фактически отождествлял философию с практикой, говорит его определение всякой опытной науки как labor sapientiae, когда основой практических навыков выступает дух мудрости, «который и формирует наш опыт» (III, 238). Интересно выдержанное в истинно пифагорейском духе замечание о том, что путь к величайшему чуду философии, определяемой как labor sapientiae, пролегает через молчание и терпение. В молчании врач устремляется к познанию тайн природы, которые раскрывают себя в философии. В этом смысле философы выступают у Гогенгейма как «инспираторы субтильных сущностей» (III, 238).
Эти замечания, включенные в книгу «О долгой жизни», выдержаны в русле мистической традиции западного мира. При этом речь идет не о какой-то эзотерической науке, требующей специального посвящения, но о состоянии человека, благоговейно внимающего шепоту природы. Гогенгейм призывает следовать за внешними признаками вещей и, постепенно проникая внутрь, добираться до «основы». Термин «основа» Гогенгейм употребляет для обозначения некой манифестирующей себя данности, сущность которой скрыта от посторонних глаз. «Основа» имеет много общего с «пониманием болезней, которым должен обладать всякий врач». При этом «если основа открывается вне философии, она заведомо ложна, поскольку наш разум, заключенный в черепной коробке, слишком слаб, чтобы своими собственными усилиями сформировать врача» (VIII, 70). В силу своих недостатков разум способен самостоятельно познать лишь поверхностные логико-диалектные причины, впитать в себя книжную ученость, овладеть способностью спекулятивного мышления – словом, сделать все то, на что способен «острый ум фантазии». Возможностям разума подвластна лишь голая «внутренняя философия», которая в представлении Гогенгейма является скорее «химерой», чем истинным знанием (VIII, 141). Первый и самый важный компонент знания настоящего врача «не скрывается в философии человека, но формируется в процессе вдумчивого и опытного созерцания неба, земли, воды, воздуха… различных минералов и плодов, черпается из впечатлений и приобретается с годами» (VIII, 143). Путь к основам проходит через глаза, уши, вкусовые и обонятельные рецепторы. Ступивший на него должен в полном молчании, следуя пифагорейской традиции, созерцать окружающий мир. Комета, землетрясение и радуга, стоявшие у истоков многих пророчеств Гогенгейма, могут служить примером внимательного вслушивания в тайны природы. «Чтобы постичь философию врачевания, нужно всем своим существом участвовать в созерцании природы. Величественный вид Рейна и шум его вод могут многое сказать глазам и ушам мудрого и внимательного человека. Вслушиваясь в окружающий мир, свистящий шепот морского ветра и далекие отзвуки водопадов, наполняются знанием уши. Пробуя на вкус мед и желчь, становится мудрее язык. Обоняя многообразие запахов, исходящих от вещей, исполняется премудрости нос. Все, что находится за пределами этого знания, сообщаемого самой природой, противоречиво и ненадежно» (VIII, 70).