Драка на съезде предстояла нешуточная. Из воспоминаний П.Е. Дыбенко: «На съезде придется выдержать неравный бой: против маленькой группы большевиков будут выступать ревельцы, представители коалиционного правительства, заместитель военного и, морского министра Лебедев, делегация черноморцев во главе с лейтенантом Вербовым и лжематросом Баткиным, с ними же комиссар Керенского Онипко и враждующие соседи — Гельсингфорсский Совет. Антонов-Овсеенко подбадривает. С ним мы разработали тактику нашей группы во время съезда и мероприятия для обработки делегатов. Решено прибывающих делегатов из Ревеля разместить в общежитии вместе с кронштадтцами и поручить кронштадтцам обработку ревельцев. К выступлению Лебедева пропустить побольше матросов с «Республики» и «Петропавловска» и в нужный момент сорвать его речь. Черноморцам не давать решающего голоса».
Сам съезд начался 25 мая в Гельсингфорсе и работал две недели. Всего собралось 220 делегатов от всех военно-морских баз и, корабельных соединений и береговых частей. В советское время писали, что более трети делегатов были большевиками и им сочувствующие, около четверти — эсеры, меньшевики и анархиста, а остальные — беспартийные. Однако понятие «сочувствующе» это большая натяжка. В то время, когда даже членство в партиях матросы меняли по несколько раз в неделю, а порой и по несколько раз в день, после очередного оратора на митинге, серьезно говорить о неких сочувствующих не приходится. Думается, что большевиков на съезде было не больше, чем представителей их конкурентов по политической борьбе.
Как и следовало ожидать, представители всех революционных партий развернули на съезде упорную борьбу за упрочение своих позиций. Съезд, как председатель Центробалта, открыл Дыбенко. Однако первоначально в президиум его не выбрали. Против списка Центрабалта весьма яростно выступили представители Ревеля и других баз южного берега Балтики. В итоге долгих споров и ругани президиум съезда возглавил эсер с крейсера «Адмирал Макаров» Рубанин, а его товарищами (т. е. заместителями) стали Дыбенко и матрос Маркин. Едва началась работа съезда, сразу же возникли серьезные разногласия между делегатами. Ревельцы потребовали от съезда доверия Временному правительству и выполнения всех приказов военного и морского министра Керенского. Ревельцев поддерживали представители Петрограда и Або. Однако большинством голосов их претензии были отклонены. Этот день был посвящен отчетам Центробалта за месяц его существования. Чтение отчета “О взаимоотношениях Центробалта со штабом флота” Дыбенко перемежал с нападками на командующего флотом и его штаб, обвиняя их в игнорировании Центробалта, а также на Гельсингфорский Совет, проводивший политическую линию меньшевиков. Из-за этого Рубанин едва не подрался с выступавшим. Разобиженный Дыбенко, в знак протеста, демонстративно покинул президиум, обложив напоследок председателя отборным матом. Однако предложенная Дыбенко резолюция была съездом все же принята. Отныне Центробалту официально предоставлялось право контролировать деятельность командующего и его штаба.
Затем и председатель Рубанин так же был смещен со своего поста. На его место избрали более нейтрального командира линкора «Андрей Первозванный” эсера — капитана 2 ранга Лодыжинского. Центробалту все же удалось устоять, хотя порой перепалки грозили перейти врукопашную.
Из воспоминаний П.Е. Дыбенко: «…Огласили регламент. Взялись за повестку дня съезда. Опять споры. Требуют поставить утверждение устава Центробалта вторым вопросом. Невыгодно для нас. Провалят. Пока не устали, да и достаточно не обработаны, ревельцы будут придираться к каждому слову. Пришлось прибегнуть к обману и хитрости, ударить по самолюбию, и особенно ревельцев: как же такой важный вопрос будем решать без А.Ф. Керенского, который обещал приехать на съезд?. Согласились. Кричат: «Правильно!» Отстояли свое».
Дыбенко откровенно хвалится, как он ловко хитрил и обманывал на съезде своих оппонентов. Какая же здесь большевистская честность и революционная справедливость.
Камнем преткновения стало предложение большевика Николая Маркина утвердить жесткую вертикаль подчинения судовых комитетов Центробалту, которое так и не утвердили. Снова схватились за грудки Рубакин с Дыбенко. Эсер Рубакин всячески поносил и Центробалт, и лично Дыбенко, обвиняя последнего в любовных шашнях с большевичкой Коллонтай и в предательстве общематросских интересов в пользу узко большевистских. Но драку снова удалось предотвратить, а большинством голосов съезд все же высказался за доверие к Центробалту.