При низких грузовых тарифах неизбежна была дефицитность транспортных предприятий. В целом в течение восстановительного периода тарифные ставки превышали уровень 1913 г. примерно на 25—30%1068
. Это превышение вызывалось ростом эксплуатационных издержек железнодорожного транспорта вследствие сравнительно низкой производительности труда, роста заработной платы, изношенности основных фондов транспорта и большими расходами на ремонт подвижного состава. Но так как в общем объеме перевозок была высока доля перевозок по пониженным тарифам, то средний уровень тарифов на массовые индустриальные грузы устанавливался ниже себестоимости перевозок. Кроме того, положение транспорта усугублялось несоответствием тарифов уровню товарных цен. Если тарифы к 1924 г. выросли по сравнению с 1913 г. только на 26%, то товарные цены — на 70% (по номиналу). Вследствие этого в первые годы нэпа транспорт не окупал своих издержек по перемещению грузов и испытывал дефицит собственного бюджета. Третья часть всех перевозок железнодорожного транспорта производилась по тарифам, уровень которых был ниже себестоимости1069. Но покрытие дефицита НКПС ассигнованиями из государственного бюджета не могло сохраняться постоянно, поэтому с 1 января 1925 г. железнодорожные тарифы были повышены. Наиболее существенное повышение тарифов было произведено 1 января 1925 г. и 15 апреля 1926 г., но оно не коснулось грузов тяжелой промышленности. Тарифы на каменный уголь, руду, чугун, железо, минеральные удобрения сохранились без изменений.Существенный недостаток тарифной системы восстановительного периода состоял в установлении экономически неоправданных провозных плат за перевозки на железнодорожном и речном транспорте. Так, тарифы на дальние расстояния по железным дорогам были значительно ниже, чем на речных путях. Действовавшая тарифная система вызывала неоправданное переключение грузов с речного транспорта на железнодорожный, вследствие чего резко снизился грузооборот речного транспорта. Чтобы не усугублять дефицитность речного транспорта, тарифы на его перевозки поддерживались на уровне, зачастую превышающем железнодорожные. Вследствие этого во многих случаях перевозки по железной дороге были дешевле, чем перевозки прямым водным путем или в смешанном железнодорожно-водном сообщении. Были недостатки и в построении тарифов для коротких расстояний, которые на железных дорогах были чрезмерно высокими, результатом чего явилось слабое развитие смешанных железнодорожно-водных сообщений (речных и морских). Для исправления такого положения и стимулирования смешанных перевозок в 1925 г. были снижены железнодорожные тарифы на короткие расстояния. В этих же целях были снижены подвозные тарифы на хлеб, доставляемый по железным дорогам к речным пристаням, и развозные тарифы на хлеб, отправляемый от речных пристаней на железные дороги.
Изменение экономической политики и организации работы транспорта вызывало соответствующие преобразования в области его управления. По декрету ВЦИК и СНК от 28 июля 1921 г. все железнодорожные и водные пути сообщения на территории Российской Социалистической Федеративной Советской Республики объединялись в одну общую всероссийскую сеть путей сообщения и находились в полном ведении и распоряжении Народного комиссариата путей сообщения РСФСР1070
. В составе НКПС было образовано Центральное управление речного транспорта и Госторгфлот, ведавший морским транспортом.Однако в связи с введением нэпа переход к режиму работы по принципу самоокупаемости требовал оживления хозяйственной деятельности местных органов транспорта. Поэтому положением «О Правлениях железных дорог», утвержденным СТО 31 мая 1922 г., были созданы Правления железных дорог, которым предоставлялась большая самостоятельность и инициатива в деле коммерческой эксплуатации дорог и их хозяйственной деятельности. В соответствии с принципами хозрасчета Правления дорог имели право заключать коммерческие сделки и другие подобные операции. Правления дорог могли непосредственно согласовывать свою деятельность с работой отраслей народного хозяйства, что более тесно увязывало планы перевозок и потребности промышленности в них.
Перестройка управления водным транспортом оказалась более сложным организационным мероприятием, чем изменение управления железными дорогами. Частичная денационализация флота и передача части судов различным организациям и частным лицам затрудняли и делали практически невозможным руководство работой флота из единого центра. Для рационального использования флота и подсобных к нему средств на местах были созданы государственные речные пароходства, объединившие в 1922 г. более 72% самоходного и 44% несамоходного наиболее крупного флота1071
. Во главе пароходств были поставлены правления, подведомственные НКПС.