Уставщик Троице-Сергиева монастыря Феофан, украшенный „сединами добрыми старец", более полустолетия проживший в монастыре и более сорока лет ведавший в нем уставом богослужения, возмутился и воспротивился указаниям, которые начал давать Дионисий. Еще более оскорбился выдающийся мастер церковного пения и чтения, троицкий головщик (руководитель хора) Логин Корова, когда Дионисий позволил себе поучать его в музыкальной области. Остроумный, не лазающий за словом в карман музыкант не без яда отвечал:
Когда же Дионисий стал распоряжаться на клиросе (где стоял церковный хор), Логин выразился еще резче:
Начало исправления Дионисием с товарищами По-требника Логин воспринял как прямое покушение на свое дело - ведь в Смуту, при Шуйском, именно он готовил к печати церковные уставы. Среди книжников начались споры, сопровождавшиеся взаимными оскорблениями. О том, насколько запальчиво вели себя противники, свидетельствует, например, высказывание Логина, в ярости назвавшего „хитрость грамматическую и философство книжное" еретичеством.
Так считали, конечно, не все противники Дионисия и его товарищей, но тон, взятый Логином, был близок сердцам многих представителей высшего духовенства и незамедлительно нашел отклик. Вскоре обнаружился и повод, чтобы „обличить" Дионисия, который внес изменение в молитву на водоосвящение. Из фразы „Прииди, Господи, и освяти воду сию Духом твоим и огнем" справщики вычеркнули окончание:,,и огнем". Дионисий с товарищами (по-видимому, справедливо) сочли, что это добавление ошибочно, привнесено писцами. Но многие, пользовавшиеся Потребником с добавленными словами, искренне считали, что Святой Дух - это огонь. Таково было народное поверье, особенно близкое сердцу ремесленников, имевших дело с огнем. Так верил и Антоний Подольский.
Литератор не устоял перед искушением обличить „ересь" Дионисия и его товарищей. Антоний написал обширный богословский трактат „О огне просветительном" (известный в изложении Ивана Наседки)22. Вооруженные этим обоснованием своей позиции, противники Дионисия воспрянули духом. Уставщик Феофан, гимнограф Логин и троицкий ризничий дьякон Маркелл донесли церковным властям, что в Троице-Сергиеве монастыре свила гнездо ересь: сам архимандрит с Арсением Глухим и другими монахами „Духа Святого не исповедуют, яко огонь есть" и вообще хотят вывести огонь из мира! Машина церковного суда закрутилась…
В Москве, где ждали возвращения из плена царского отца, чтобы „избрать" его на патриарший престол, во главе церковной иерархии стоял крутицкий митрополит Иона. По его повелению объявленные еретиками люди были схвачены и доставлены в столицу. В течение четырех дней Дионисия с товарищами „с бесчестьем и позором" приводили из места заключения на патриарший двор, по дороге издеваясь над ними и избивая их. Затем „расследование" было перенесено в Вознесенский монастырь, в келью царской матери Марфы Ивановны, некогда насильно постриженной в монахини.
Никто не задавался вопросом, какое отношение пожилая монахиня имеет к вопросам богословия, - она представляла собой власть, и этим все было сказано. В судилище над Дионисием с товарищами особенно ярко проявилось единодушие духовной и светской власти в деле преследования инакомыслящих: они шли рука об руку по беззаконному пути тирании. При этом ученые люди, представляя свои споры на суд невежд, способствовали взаимоистреблению. На этот опасный путь ступил и Антоний Подольский, трактат которого использовался невежественными и жестокими судьями как жупел. В горячке спора с Дионисием Антоний явно не вспоминал часто повторявшиеся Хворостини-ным слова, что „лучше биту быть, а не бить".
Напротив, проповеди Антония Подольского собирали толпы народа, особенно ремесленников. Они поджидали провода арестованных, чтобы осыпать закованных в кандалы людей плевками и грязью, избивали их, вопили оскорбления и улюлюкали. Но Дионисий проявил величайшее мужество и несгибаемую твердость духа. Он улыбался под плевками толпы и скованными руками благословлял издевающихся над ним. На патриаршем дворе, в келье царицы-инокини, на освященном соборе он много часов защищал свою позицию учеными аргументами, терпеливо разъясняя необходимость сравнения многих списков для исправления отечественной церковнослужебной литературы, несмотря на явное непонимание судей, заранее решивших расправиться с ним. Даже малодушие товарищей (в частности, Арсения Глухого), испугавшихся расправы и искавших оправданий, не смутило Дионисия. Он продолжал стойко защищать истину.