Здесь сражение могло завершиться, но Шеер решил повернуть назад. Возможно, он хотел прийти на помощь поврежденному легкому крейсеру "Висбаден", который отстал от основной группы, а возможно, потому что посчитал, что сможет пройти за кормой у флота Джеллико, продолжавшего свое наступление в сторону Гельголандской бухты, в то время как сам он отступал через Скаггерак в Балтику. Джеллико, тем не менее, вновь отдал приказ своей эскадре сбавить ход, в результате чего германские дредноуты, следовавшие на северо-восток, столкнулись с британцами, направлявшимися на юго-восток, и попытались оттеснить их назад, отрезав путь к отступлению. Кроме того, в момент столкновения британская эскадра развернулась в ряд, а немцы двигались колонной; такая относительная позиция, известная под названием "Т", была весьма выгодна для британцев. Они могли использовать большее число своих орудий, чем корабли германского флота, шедшие один за другим и поэтому представлявшие собой легкую цель. Десять минут артиллерийской перестрелки, за которые немцы получили в общей сложности 27 попаданий крупнокалиберных снарядов, а британцы — только два, убедили Шеера вновь повернуть прочь в темноту, сгущавшуюся на востоке, оставив свои линейные крейсера и легкие корабли прикрывать его отступление в "смертельной скачке". Исходившая от них угроза торпедной атаки заставила Джеллико также повернуть прочь — в чем его впоследствии не раз упрекнут. Пока он осуществлял поворот, Шеер успел значительно оторваться от него, оставив между своими дредноутами и погоней расстояние в 10 миль. Многие германские корабли, включая эскадру уязвимых додредноутов, остались, чтобы прикрыть отступление Шеера. Они провели серию сражений, начавшихся в сумерках и продолжившихся ночью, которые также принесли им потери. Это, впрочем, можно было сказать и о британских крейсерах и миноносцах, которые сражались с ними. Утром 1 июня Шеер привел свой флот домой. Его потери составили: один линейный крейсер, один додредноут, четыре легких крейсера и пять миноносцев. Джеллико, хотя и оставил за своим флотом господство на Северном море, потерял три линейных крейсера, четыре броненосных крейсера и восемь миноносцев. В сражении погибло 6094 британских и 2551 немецких моряков.
Столь значительная разница в потерях позволила Кайзеру настаивать на своей победе. Шеер, его корабли и их личный состав, несомненно, были на высоте, в то время как это сражение выявило серьезные недостатки как британского кораблестроения, так и тактических приемов. В особенности это касалось связи между отдельными кораблями и между эскадрами. Битти не смог быстро в точно передавать сообщения в ходе столкновения, и орудия дредноутов направлялись неэффективно. Тем не менее Ютландское сражение не окончилось победой Германии. Хотя Флот открытого моря потерял меньше судов, чем Гранд-Флит, его уцелевшие корабли пострадали гораздо сильнее; в результате соотношение тяжелых сил изменилось с 16:28 до 10:24. В подобных обстоятельствах он не мог рискнуть бросить вызов Гранд-Флиту в течение нескольких месяцев, а когда, наконец, возобновил вылазки, то не осмеливался выйти за пределы внутренних вод. Вопреки общепринятому убеждению, Ютландское сражение не стало также ни последним походом германского флота, ни его последней битвой. После этого еще была битва между немецкими дредноутами и британскими линейными крейсерами в районе Гельголанда 17 ноября 1917 года, в то время как Флот открытого моря прошел до юга Норвегии 24 апреля 1918 года. Тем не менее самая точная характеристика Ютландской битвы была сделана германским журналистом, назвавшим ее нападением на тюремщика, за которым последовало возвращение в тюрьму. Бездеятельность и недовольство должны были в конечном счете привести к серьезным беспорядкам в экипажах кораблей Шеера. Они начались в августе 1917 года и достигли своей кульминации в полномасштабном мятеже в последний ноябрь войны. После 1 июня 1916 года попытки Германии одержать победу на море могли проводиться только через применение подводных лодок.